La première phase des soldats clones correspondait au premier type d'armure utilisée, comprenant un casque avec une visière en « T » et correspondant aux exigences de Jango Fett quant à ses origines Mandaloriennes. Cependant, cette armure était loin d'être confortable, surtout à cause de la vision réduite qu'elle offrait. Le clone, dans son armure, n'avait pas grand attirail pour voir ou ne pas être vu. Du fait de l'intensification des batailles de plus en plus meurtrières, le Chancelier Suprême Palpatine décida qu'il fallait changer les armures afin qu'elles correspondent à une exigence plus militaire. Il ne faut pas croire que le futur Empereur cherchait par là à limiter les pertes en clones. Tout cela faisait partie d'un plan qui consistait à éliminer les Jedi à travers le fameux Ordre 66. Qui dit nouvelle armure, dit nouveaux clones. La Grande Armée de la République fut remaniée pour que chaque bataillon ou corps soit mené par un Général Jedi Sénior et ce, dans n'importe quel endroit de la galaxie. Il semblerait que chaque nouveau commandant clone incorporé dans ces unités ait subi un lavage de cerveau afin d'éliminer les membres de l'Ordre Jedi, une fois les plans de Palpatine sur la bonne voie.

Techniquement parlant, la visière en " T" fut remplacée par deux lentilles polarisantes, des senseurs rajoutés et, pour les commandants, des macro-jumelles pouvant se rabattre sur le casque et améliorer l'aspect tactique. Chaque nouveau bataillon ou corps, dorénavant commandé par un Commandant Maréchal clone tel que le Commandant Bly ou le Commandant Bacara, s'était vu attribuer une nouvelle couleur. Ce qu'il faut comprendre, c'est que la Phase II est une phase intermédiaire entre l'armure des soldats clones du début de la Guerre des Clones et celles des stormtroopers de l'Empire Galactique, qui comprent davantage d'éléments de l'armure de la phase II que de la I.

La 127ème Aile de Cannonnières Corps spécialisé dans le débarquement des forces de la Grande Armée de la République, les pilotes de la 127ème Aile de Canonnières avaient pour habitude d'être aux commandes des Canonnière d'Assaut Républicaine de type LAAT/i (la fameuse canonnière modifiée des soldats ARC utilisée sur Hypori), LAAT/t, LAAT/c et LAAT/v. Sa première mission fut de débarquer à la fois les soldats clones sur le terrain et les RT-TT lors de la Bataille de Geonosis. Son rôle fut de plus en plus important au fur et à mesure que la Guerre des Clones se répandait dans la galaxie, la tactique de guerre de la République consistant à déployer ses troupes le plus rapidement afin de prendre l'ennemi au dépourvu.

La 2ème Compagnie Aéroportée Appartenant à la Compagnie du 212ème Bataillon d'Attaque, la 2ème Compagnie Aéroportée était spécialisée dans l'attaque rapide des forces ennemies. Ses soldats disposaient d'armures renforcées de type Kama et de casques permettant de respirer en haute atmosphère. Commandée par le Commandant Cody, cette compagnie a notamment combattu sur Cato Neimoidia et sur Utapau, contre l'armée droïde du Général Grievous. Parmi les nombreuses escouades existantes, on peut par exemple citer l'escouade Parjai, qui signifie victoire en Mandalorien.

Le 212ème Bataillon d'Attaque Il s'agit du bataillon du Commandant Cody, symbolisé par la couleur orange. Supervisés par le Général Obi-Wan Kenobi et le Commandant Anakin Skywalker, Cody et ses hommes étaient installés dans la flotte de l'Open Circle (Cercle Ouvert), composé exclusivement de Star Destroyer Venator. L'une des plus belles batailles de l'histoire du 212ème Bataillon fut celle de Cato Neimoidia. Cody et les pilotes de l'Escadron Sept du Commandant Odd Ball réussirent une percée dans la forteresse de Nute Gunray, soit disant imprenable. Malheureusement, ils ne réussirent pas à capturer le Vice-roi de la Fédération du Commerce. A la fin de la Guerre des Clones, Kenobi fut envoyé sur Utapau afin d'arrêter le Général Grievous. Il fut rejoint un peu plus tard par Cody et ses hommes. C'est sur cette planète que Darth Sidious ordonna à Cody d'exécuter l'Ordre 66, afin de tuer Kenobi. Ce dernier, malgré le tir de barrage de l'artillerie, parvint à s'en sortir

Les Marines Galactiques

Il s'agit du groupe de combat du Commandant Bacara, plus particulièrement appelé le 21ème Corps Nova de la 4ème Armée de Secteur, c'est-à-dire celle de la Bordure Extérieure et reconnaissable grâce aux épaulettes droites de couleur violette. Le Général Sénior était Ki-Adi-Mundi, qui mena les Marines sur de nombreuses planètes afin de les libérer du joug Séparatiste: Rhen Var, Aargonar, New Bornalex (les Marines Galactiques se mirent en avant lors de cette bataille et reçurent une distinction militaire après que leur prototype d'armement les ait lâché et pour avoir combattu à mains nues des super droïdes de combat de type B-2), Boz Pity et enfin Mygeeto, où Maître Mundi trouva la mort après l'exécution de l'Ordre 66. L'armure d'un Marine était assez particulière. Elle comprenait une sorte de voile thermique, lui permettant de résister à la fois à la neige et aux températures les plus élevées comme sur Saleucami ou Aargonar. De plus, les Marines avaient hérités de l'entraînement des clones ARC, ainsi que leur armure, l'armure Kama, ainsi que d'un casque composé d'une antenne permettant d'être en permanence relié avec un quartier général mobile. Avec la création de l'Empire, l'armure des Marines inspira celle des Snowtroopers.

Le 41ème Corps d'Elite

Commandés par le Commandant Gree, les soldats du 41ème corps d'Elite étaient reconnaissables grâce à leurs armures de couleur verte de. Ce régiment d'élite était supervisé par le Général Sénior Yoda, secondé par la Jedi Luminara Unduli. Il était chargé de toutes les missions de reconnaissance sur les planètes inconnues et les bastions Séparatistes jusqu'à l'arrivée des renforts. Ces planètes avaient souvent des climats difficiles et étaient réputées imprenables. Les tactiques de guérilla du 41ème étaient connues dans toute la galaxie, notamment par le fait de s'allier avec les autochtones afin de leur apprendre à combattre aux côtés des clones. Pour faire tomber les bastions, le 41ème Corps d'Elite disposait de tout un attirail ultramoderne, comprenant des AT-RT et des A-6 Juggernaut afin battre en brèche l'ennemi. Le 41ème utilisa ces tactiques pour anéantir les Séparatistes sur Kashyyyk, en s'alliant aux Wookies. La bataille fut rude mais elle fut tout de même emportée par la République Galactique, qui allait devenir quelques temps plus tard l'Empire Galactique. Lorsque le Commandant Gree reçut l'ordre d'exécuter l'Ordre 66, il ne s'attendait pas à ce que Yoda sente la mort de ses amis à travers la Force. Il fut ainsi décapité et Tarfful, le Général Wookie, ordonna la résistance armée. Palpatine chargea alors le Corps d'Elite de pacifier la planète.

Le 327ème Corps Etoilé Le Commandant Bly était aux commandes de cette unité, reconnaissable de part sa couleur jaune. Il était assisté du Commandant Deviss de la compagnie K. Le Général Jedi Sénior Aayla Secura, assistée de Barriss Offee, commandaient l'ensemble des troupes. Ce corps était l'un de ceux qui donnaient le plus de résultats quant à la prise de planètes occupées par les Séparatistes. On peut par exemple citer Honoghr, où Secura et Bly affrontèrent les puissants Noghris ainsi que Quinlan Vos afin de récupérer un databloc contenant des renseignements sur la production d'un agent bactériologique, New Holstice (son lieu de garnison), Anzat, Dromund Kaas et enfin Felucia, où Secura et Offee perdirent toutes deux la vie après que les clones aient exécutés l'Ordre 66, conformément aux volontés du nouvel Empereur.

Le 91ème Groupe de Reconnaissance Commandé par le Commandant Neyo, le 91ème avait été dispersé un peu partout sur Saleucami afin de traquer, grâce à leur moto-speeder BARC, et d'éliminer les éventuelles poches de résistances des droïdes de la Fédération du Commerce qui auraient pu rester en "vie", malgré la meurtrière Bataille de Saleucami. Les clones étaient reconnaissables grâce aux ronds rouges peints sur le plastron de leurs armures, ainsi que sur le côté droit de leurs casques. Cette armure fut plus tard utilisée par le groupe des Assassins Clones, démontrant ainsi à quel point le 91ème pouvait être un groupe d'élite. Le Général Sénior Stass Allie commandait cette unité sur Saleucami, jusqu'à ce qu'elle soit éliminée par les hommes de Neyo après l'exécution de l'Ordre 66.

La 501ème Légion

La 501ème Légion correspondait à l'élite de l'élite. Les clones les plus doués étaient transférés dans cette glorieuse unité, chargée de la protection de la planète-capitale Coruscant. Dirigée par le Commandant Appo, cette unité était reconnaissable de part sa couleur d'armure, le bleu foncé. Elle combattit avec courage lors de la Bataille de Coruscant, marquée par le débarquement de nombreuses troupes Séparatistes sur le sol de la capitale, qu'elle repoussa et extermina. L'unité accompagna Anakin Skywalker, devenu Darth Vader, dans sa mission d'anéantissement de l'Ordre Jedi, au sein même du Temple Jedi. De nombreux clones y périrent, notamment après le Massacre, par les lames du Sabrelasers de Zett Jukassa, qui parvint à blesser le Commandant Appo, d'Obi-Wan Kenobi et Yoda. Sous l'Empire Galactique, la 501ème Légion fut renommée le Poing de Vader.

La 65ème Légion des Troupes de Chocs Les troupes de chocs étaient des unités spécialisées dans la traque des ennemis de la République. Sorte de supers espions, ils étaient chargés de débusquer et d'arrêter tout ce qui pouvait sembler suspect sur les mondes de la République. C'était sur Coruscant que le plus grand effectif était basé, commandé par le Commandant Thire et reconnaissable par sa couleur d'armure proche du rouge sang. Cette unité avait été créée peu après le désastre de la Bataille de Jabiim et la loi sur la Sécurité Planétaire, visant à renforcer les patrouilles auprès des organismes gouvernementaux, dans les grandes avenues, les places et les plateformes d'atterrissage des vaisseaux diplomatiques. Peu après l'exécution de l'Ordre 66, Palpatine s'aperçut que Yoda n'était pas mort. Les deux ennemis s'affrontèrent au sein même du Sénat Galactique. Yoda perdit l'équilibre et tomba vers le sol de la rotonde. L'Empereur ordonna alors la traque du Maître Jedi à Thire qui déploya ses troupes tout autour du Sénat. La 65ème Légion conserva sa couleur rouge sous l'Empire mais changea de nom pour devenir les Gardes de Coruscant.

Bataillon de Lanciers Même si la Guerre des Clones supposait des turbolasers, des tirs, des morts et des canons à ions, les Lanciers possédaient une sorte d'esprit chevaleresque. Ils se "lançaient" à l'assaut des ennemis dans un duel à mort, mais en face à face. Pour équiper ces clones-chevaliers, la République leur avait fourni des motos-speeder Aratech 105-K ainsi que des lances Verpines renforcées par du duracier. Ces lances permettaient de détruire un maximum de droïdes avec l'effet de surprise. Ces derniers étaient toujours disposés en colonnes, facilement infiltrables par des motos-speeder lancées à pleine vitesse.

Le 7ème Corps des Cieux Conformément à la tradition Mandalorienne, chaque guerrier était équipé d'un jetpack, comprenant un lance-missile intégré sur le dessus. Appartenant au même Corps que le 327ème Corps Etoilé, le 7ème fut équipé de jetpacks au milieu de la Guerre des Clones. Leur mission était simple: survoler le territoire ennemi, s'y infiltrer, espionner voire éliminer des cibles potentielles, puis repartir avec un vaisseau volé aux Séparatistes (le jetpack n'était pas équipé d'un réservoir permettant le retour du soldat clone). Bon nombre de clones spécialisés en démolition et des snipers ont été incorporés dans cette unité. On reconnaissait ces clones grâce à leurs armures Kama de couleur vert clair.

Voici une liste exhaustive d'autres unités moins glorieuses, moins connues que les précédentes, mais tout aussi importantes, de la Grande Armée de la République et inclues dans le 327ème Corps Etoilé (dans l'ordre du nombre de soldats): Escouade Serre Commandée par le sergent Green (matricule CT-53/21-8778).

Seconde Unité Commandée par le lieutenant Barr (matricule CT-41/14-0301), cette unité était composé de 4 escouades, soit 32 clones, mais aussi 4 médecins, qui avaient pour particularité d'être rapidement opérationnels et pouvant se déplacer afin de donner les premiers soins aux blessés. Cette unité travaillait en coopération avec la Compagnie Bacta.

Compagnie Bacta Commandée par le capitaine Tyto (matricule CT-52/89-9204), cette compagnie avait pour objectif premier de soigner les blessés sur le champ de bataille, en coopération avec les guérisseurs Jedi, notamment Barriss Offee, Sirrus ou Stass Allie. La compagnie Bacta était composée de 4 unités, soit 144 soldats, dont des médecins-soldats humains et des infirmiers de terrain, tels que des brancardiers, qui évacuaient les clones blessés (les cas les plus graves en priorité) vers les cuves bacta situées à l'arrière.

Bataillon Chauve-Faucon A l'origine commandé par le Commandant Deviss, il fut repris par le major Twelve (matricule CT-12/12-0068).

101ème Régiment Il était commandé par la Commandant Jedi Wookie Danyawarra, qui avait survécu on ne sait par quel miracle à l'explosion du transporteur Jedi chargé de régler le conflit sur Virgilia 7.

7ème Légion Commandée par le Commandant Sénior A'den (matricule CT-80/88-3009), la 7ème Légion avait pour particularité de n'avoir aucun Jedi à sa tête

2ème Armée de Secteur Composée de 4 corps, l'Armée était dirigée par le Général Jedi Sénior Ry-Gaul. Il commandait le 327ème Corps Etoilé.

Armée de Système Alpha Le commandement supérieur était attribué au Haut Général Jedi Mace Windu, qui avait sous sa responsabilité deux armées de secteurs, soit 294 912 soldats.