Aayla Secura était une Twi'lek à la peau bleue née sur Ryloth. Les maîtres Quinlan Vos et Tholme découvrirent la petite Twi'lek alors qu'elle n'avait qu'un an. Quinlan décida de la prendre sous son aile huit ans après sa découverte et ils vécurent une dizaine d'années en tant que Maître et Padawan. Lors d'une mission sur Ryloth, le baron Pol Secura (l'oncle d'Aayla) drogua Quinlan et sa Padawan, leur faisant perdre la mémoire. Pol garda Aayla prisonnière et lui donna des doses régulières de glitteryll pour la maintenir amnésique. Vos, qui s'était retrouvé sur Nar Shaddaa, revint sur Ryloth et trouva Aayla dans la maison de son oncle. Mais celle-ci, encore amnésique, ne reconnut pas Quinlan. Hors d'elle, elle lança un éclair de force sur son Maître et son oncle, les projetant par-dessus le balcon. Vos parvint à éviter la chute, mais Pol n'eut pas cette chance. Aayla s'enfuit de Ryloth. Sa colère et sa haine se tournèrent alors vers Quinlan Vos, qu'elle accusa d'avoir tué son oncle. Cette haine l'empêcha à ce moment de se rappeler de son passé.

La route d'Aayla la mena sur Kiffex, un monde prison. Elle y rencontra le Jedi Noir Volfe Karrko, qui utilisa son pouvoir pour convaincre la jeune Twi'lek d'être son alliée. Aayla aida donc le Jedi qu'elle avait rencontré... Puis elle retrouva son ancien maître, qu'elle affronta. Mais Vos refusa de combattre sa Padawan et Aayla refoula sa haine au plus profond d'elle-même, comprenant ainsi l'erreur qu'elle avait faite. Volfe la frappa alors mais perdit la vie dans un combat contre Quinlan Vos.

Une fois de retour sur Coruscant, le Conseil Jedi (pas de virgule) estima qu'Aayla et son Maître s'étaient trop approchés du Côté Obscur et décida de les séparer. Aayla reçut alors un nouveau maître, Tholme, tandis que le Maître Jedi Plo Koon l'aida à faire ressurgir son passé pour mieux le combattre. Maître Yoda, de son côté, lui dit qu'elle s'était trop approchée du Côté Obscur, et, pour se faire pardonner, elle construisit un sabre à lame bleue (à la place de l'ancien à lame rouge) pour symboliser son désir de rompre avec le passé. Aayla Secura retourna avec son Maître sur Ryloth pour régler un conflit entre les cinq plus grands clans : ce conflit avait débuté avec la mort de Pol Secura cinq ans auparavant. Au cours du conflit, Tholme fut enlevé avec Lon Secura - l'autre oncle d'Aayla, et le successeur de Pol - par des guerriers Morgukai. Ils partirent après pour Ord Mantell, suivis de près par Aayla, pour enfermer Tholme et Lon au repère des Niktos.

Sur place, la Jedi retrouva son ancien maître, Quinlan Vos, poursuivi par des chasseurs de primes. Aayla s'en débarrassa et Vos resta avec son ancienne Padawan pour retrouver Tholme. Arrivé sur les lieux, le vaisseau de Aayla se fit abattre par les Morgukai. Mais quand ces derniers inspectèrent l'épave, les Jedi les éliminèrent. Une fois débarrassés d'eux, ils entamèrent une longue traversée dans le désert pour arriver au repère des Nikto. Sur le chemin, une confrontation avec le Morgukai nommé Bok les attendait ainsi que son père Tsyr. Les deux Jedi vinrent finalement à bout de leurs adversaires et Vos fut blessé, mais Aayla l'aida à continuer le chemin.

Une fois dans la forteresse, c'est le Morgukai du nom de Tsyr qui les combattit. Pendant que Vos luttait contre Tsyr, Aayla fut chargée de trouver les prisonniers. Cependant, le combat tourna au désavantage de Vos quand Bok, qui avait survécu au combat précédent, se joignit à Tsyr. Pendant ce temps, Aayla trouva son maître et son oncle. Alors que Tholme lui conseilla de quitter la planète, Aayla décida de porter secours à Vos. Elle réussit à tuer les Morgukais et retourna au Temple Jedi sur Coruscant. Le Conseil Jedi estima alors que Aayla Secura avait passé les épreuves et elle devint Chevalier Jedi.

Plus tard, elle fut l'une des 200 Jedi à participer à l'intervention pour sauver la sénatrice Amidala, le Jedi Obi-Wan Kenobi et son Padawan, Anakin Skywalker. Elle résista jusqu'à l'intervention des soldats clones et de maître Yoda pour ensuite guider son propre peloton de clones à la bataille. Elle fut l'une des rares survivantes de la bataille de Geonosis avec Mace Windu et quelques autres...

Un mois après les évènements survenus sur Geonosis, Aayla fit équipe avec Ylenic It'kla pour retrouver un scientifique Séparatiste qui s'avéra être en réalité... Nejaa Halcyon! Aayla fut ensuite envoyée par Maître Tholme sur une station spatiale nommée "La Roue" pour retrouver son premier maître, Quinlan Vos. Ce dernier s'occupait d'un service d'espionnage chargé de surveiller les Séparatistes. Mais depuis peu, il ne donnait plus d'informations. Aayla le trouva rapidement, mais Quinlan Vos regretta de ne pas avoir pu avertir la République des opérations sur Geonosis. Ils partirent donc à la recherche d'informations sur les Séparatistes. Ils trouvèrent Khaleen, qui avait volé un disque important contenant des données sur la prochaine cible: Kamino.

Quinlan Vos copia le disque, et Khaleen partit rendre l'original à Zenex, un Séparatiste Falleen. Ainsi, les Séparatistes ne pouvaient pas savoir que leur plan était connu. Au cours d'une confrontation, le Falleen utilisa ses phéromones pour influencer Vos et Secura, mais la Twi'lek était une Jedi trop puissante pour se laisser battre si facilement. Elle lutta contre l'emprise de Zenex et le tua avec son sabre laser. Ensuite, Quinlan Vos utilisa un tour Jedi pour faire croire au messager chargé d'envoyer le disque qu'il avait fait son travail. La mission terminée, Aayla rentra sur Coruscant.

Aayla combattant Aurra Sing

Aayla Secura combattit aussi à la Bataille de Kamino avec les nombreux Jedi chargés de la défense du centre de clonage, notamment le Maître Tsui Choi, Kossex. Elle se battit dans les airs afin d'empêcher la plus grande partie des vaisseaux Séparatistes d'envahir la base. Elle fit ensuite partie de la mission sur Devaron avec Tholme, T'ra Saa, Kit Fisto et la Femme Sombre. Elle se fit passer pour une princesse de Ryloth mais la Femme Sombre fut démasquée par Aurra Sing, et la tueuse de Jedi entreprit de tuer les Jedi. Après avoir neutralisé la Femme Sombre et Tholme, Aurra Sing fit face à Aayla Secura qui, après avoir senti le lien de Tholme et de la Femme Sombre disparaître, était devenue un peu hystérique. Secura se battit avec bravoure contre Sing, au point qu'elle la battit et l'abandonna inconsciente sur le sol. Secura découvrit finalement que les deux Maîtres Jedi n'étaient pas morts. Quelque temps après, Aayla reçut sous ses ordres un commandant clone nommé Bly pour la seconder dans une mission difficile et cruciale : récupérer une arme biologique conçue par les Séparatistes, la toxine Trihexalophine 1138. Le vaisseau de la Confédération des Systèmes Indépendants qui transportait cette terrible arme fut intercepté par le croiseur commandé par Aayla en orbite de la planète Honoghr. Mais le combat fut si intense que les deux bâtiments se posèrent en catastrophe sur la planète. Comble de malchance, les autochtones, les Noghris, s'emparèrent du pack contenant la toxine et éliminèrent les équipages survivants des deux vaisseaux, sans distinction. Ils emmenèrent ensuite le pack scientifique dans un temple sacré construit jadis par les Ratakas.

Bly et Aayla se rendirent au Temple et parvinrent à récupérer le pack grâce à l'aide inattendue de Quinlan Vos, l'ancien maître de Secura. Bly, de par son conditionnement, tenta d'éliminer Quinlan Vos, qui était à cette époque considéré comme traître après avoir rejoint les rangs des Séparatistes. Mais Aayla lui interdit de tirer sur son ancien maître, un ordre auquel le Commandant Bly ne put qu'obéir...

Aayla et Bly s'interposèrent lorsque Quinlan Vos chercha à récupérer la toxine Séparatiste. Bly tira sur Vos mais Aayla l'empêcha de le tuer, permettant à son ancien Maître de s'échapper. Dès lors, le commandant clone se méfia des relations entre Maître et Padawan Jedi, et des conséquences qu'elles purent avoir sur le jugement de son général. Après la bataille de Belderone, Aayla et Bly furent envoyés sur Felucia durant les derniers jours de la guerre, pour capturer la Présidente Shu Mai. Avant de foncer sur leur objectif, le Général Jedi et le Commandant clone se rendirent à la prison de Nigkoe pour délivrer deux Jedi : Barriss Offee et Zonder. Mais hélas pour eux, Shu Mai avait déjà quitté la planète depuis longtemps pour Utapau. En compagnie d'Aayla se trouvait la jeune Ekria, sa nouvelle Padawan, spécialisée en piratage informatique. Son aide fut précieuse pour secourir Barriss.

Leur principal objectif envolé, Bly et Aayla reçurent alors une nouvelle mission: détruire toutes les forces droïdes sur la planète Felucia, et libérer la planète des Séparatistes (si possible...). Mais alors que la mission se déroulait dans de relatives bonnes conditions, les évènements sur Coruscant se précipitèrent et Darth Sidious, alias Palpatine, lança l'Ordre 66, obligeant les soldats clones à tuer immédiatement les Jedi, leurs anciens alliés. Comme tous les autres, le commandant Bly reçut l'Ordre 66 alors qu'il se trouvait aux côtés d'Aayla. Celle-ci lui demanda s'il s'agissait d'une embuscade Séparatiste à proximité de leur position. Mais Bly répondit: "Non !" et il exécuta l'Ordre de Sidious avec le reste de ses hommes présents. Malgré ses talents, Aayla ne put réagir face à la traîtrise de ses hommes et elle fut abattue par le groupe de clones autour de Bly.

Sate Pestage, qui compila les enregistrements de la mort de la Twi'lek, les modifia pour faire croire au public de l'HoloNet Impérial qu'elle avait été abattue en tentant d'empoisonner les réserves d'eau de Felucia...