Darth Sidious a bien mené son plan. Tout semble clair et précis dans son esprit et l'Ordre Jedi, qui ne se doute de rien, va être la proie de la revanche des Sith, depuis Darth Bane. La Guerre des Clones, depuis la Bataille de Geonosis et bien avant avec la Confédération des Systèmes Indépendants du Comte Dooku, était un vaste plan complexe où trahison, espions et agents doubles se partageaient le gâteau sur le dos des Jedi. Ces derniers, bien entendu, ignoraient ce qui allait leur arriver. Bien sûr, ils savaient qu'un Seigneur Noir de la Sith rôdait sur Coruscant depuis qu'Obi-Wan Kenobi et Anakin Skywalker avaient découverts son identité. Mais à part cela, ils ignoraient qu'il s'agissait du Chancelier Suprême Palpatine.

Histoire

Environ quelques semaines après la Bataille de Jabiim, Palpatine ordonna secrètement à ses agents de confiance d'importer les cylindres Spaarti de Kamino et les méthodes de clonage des Kaminoens dans un laboratoire secret de Coruscant. Ces nouveaux clones devinrent les futurs Gardes de Coruscant sous le commandement du Commandant Thire, ainsi que la 501ème Légion sous la direction du Commandant Appo. La mémoire des clones fut altérée pour que ces deux dernières unités n'exécutent que les ordres venant directement de l'office du Chancelier. Petit à petit, ce laboratoire secret fut utilisé pour modifié la mémoire des autres clones sous prétexte que ces derniers pourraient effectivement devenir de plus en plus agressifs, à l'instar des Clones ARC.

Ainsi, en même temps qu'ils obéiraient aux ordres de Palpatine, l'Ordre 66 ne correspondrait pas à un affrontement mental entre un ordre et un contre-ordre. Les clones continueraient à servir fidèlement les Généraux Jedi jusqu'au déclic de l'Ordre 66 qui balayerait les derniers représentants de l'Ordre Jedi. Contrairement à ce qu'une rumeur populaire insinuait, l'exécution de l'ordre de Darth Sidious ne correspondait pas aux 66 Maîtres Jedi restants, puisqu'ils étaient déjà plus de 70 durant les Sièges de la Bordure Extérieure, sans compter les autres Chevaliers et Padawans qui les accompagnaient.

L'Ordre 66 était adressé directement depuis la console de communications privée de Palpatine dans son bureau à destination des Commandants clones, puis ensuite sur les comlinks militaires des autres soldats clones qui vaquaient à leurs différentes missions. De cette façon, peu de clones pouvaient échapper à leur mission assigner à leur inconscient, celui de trahir et de tuer ceux qu'ils avaient servis pendant si longtemps. Les cibles prioritaires étaient les membres du Conseil des Jedi, puis les autres Jedi conformément au besoin de revanche des Sith, tous engagés dans les Sièges de la Bordure Extérieure. Pour commencer, Sidious demanda à son nouvel Apprenti Sith, Darth Vader, alias Anakin Skywalker qui avait tourné le dos à la Prophétie de l'Elu, qui venait juste de succomber au Côté Obscur après que ce premier lui ait promis de lui apprendre les secrets de Darth Plagueis, de se rendre au Temple Jedi, siège de l'Ordre, pour y éliminer avec l'aide de la 501ème Légion tous ses anciens camarades serviteurs du Côté Lumineux, afin d'empêcher l'éventuelle prise de contacts avec les Maîtres du Conseil. Ce fut l'Attaque du Temple Jedi.

Une fois Vader parti, Palpatine se rendit à sa console de communications privée et contacta la liste des Commandants Clones engagés dans la guerre. La méthode se constituait ainsi: Sidious disait: "Commandant X, exécutez l'Ordre 66" et le clone de répondre: "Ce sera fait, Monseigneur."

Les Jedi: les survivants et les morts

Voici la liste des Jedi survivants à l'Ordre 66, et ceux qui en sont morts.

Jedi abattus :

• Plo Koon (sur Cato Neimoidia par le Capitaine Jag)
• Ki-Adi-Mundi (sur Mygeeto par le Commandant Bacara et ses Marines Galactiques)
• Stass Allie (sur Saleucami par le Commandant Neyo)
• Aayla Secura (sur Felucia par le Commandant Bly et ses hommes)
• Jedi morts au cours de l'Attaque du Temple Jedi : Bene, Whie Malreaux, Jurokk, Cin Drallig, Olana Chion, Zett Jukassa, Serra Keto, Jocasta Nu, Tru Veld

Jedi ayant survécus (liste non exhaustive) :

• Yoda (sur Kashyyyk, parvient à s'enfuir pour Dagobah)
• Obi-Wan Kenobi (sur Utapau, parvient à s'enfuir pour Tatooine)