Rien n'arrête les Jedi. Si on ne les éradique pas jusqu'au dernier, la guerre n'aura pas de fin. La destruction du Temple Jedi sera ta première tâche. Fais ce qui doit être fait, Seigneur Vader.

__Palpatine

Suite à son ascension au titre de Seigneur Noir des Sith, Darth Vader eut pour mission d'accomplir les tâches demandées par son nouveau Maître Sith, Palpatine, afin de faire émerger nouveau régime impérial. Palpatine envoya son nouvel apprenti détruire le Temple Jedi et ses occupants, éradiquant ainsi toute la résistance Jedi empêchant l'ascension des Sith au pouvoir. Pour soutenir militairement Darth Vader, la 501ème Légion de Clones, dispersée à travers la galaxie en combat, fut regroupée sur Coruscant de toute urgence.

Les clones envahissent le temple.

Le chevalier noir arriva donc au Temple Jedi accompagné d'un régiment de milliers de soldats clones totalement soumis aux ordres du Sith par le Chancelier. Les Jedi furent totalement pris par surprise, conformément aux désirs de Palpatine, le maître du jeu. Vader garda avec lui un détachement de la 501ème Légion et entreprit, en premier lieu, d'éliminer les Jedi les plus expérimentés présents à ce moment dans le temple (bien que la plupart des puissants Jedi fût dispersé sur d'autres mondes de la galaxie).

En chemin, l'Apprenti Sith tua tous les Jedi et les Padawans qu'il croisa. Dans la Salle du Conseil, où s'était réfugié un très jeune groupe d'étudiants, Sors Bandeam reconnut Anakin Skywalker, l'un de ses plus grand héros de l'Ordre Jedi, et crut qu'il était venu pour les sauver des clones. Ce n'est que lorsque Vader alluma son sabrelaser qu'il réalisa qu'il en était tout autrement.

Darth Vader affronte Cin Drallig tout en étranglant Bene.

Cin Drallig et le groupe de Padawans qu'il protégeait durent également faire face à Darth Vader et aux Clones. Drallig, qui avait apprit la mort de trois de ses apprentis (Serra Keto, Bene et Whie Marleaux), tenta tout ce qu'il pouvait pour sauver ses élèves des attaques meurtrières des soldats de la République. Vader parvint à le tuer de sa lame. Le reste des apprentis le rejoignit dans la Force peu après.

La 501ème Légion avait inexorablement abattu les derniers Jedi qui résistaient à l'envahisseur. La Main de l'Ombre termina le travail. Il en profita pour développer ses nouveaux pouvoirs Sith et devenir, coups après coups, l'apprenti parfait de Palpatine, le Commandant Suprême de l'Ordre Nouveau bientôt déclaré. Les heures de combat défilaient et les Jedi tombaient les uns après les autres. Le Temple Jedi était à feu et à sang, ce qui ne passait pas inaperçu aux yeux de la population : le temple en flammes brillait comme un enfer dans cette longue nuit de l'Ordre 66.

Enfin, sous le commandement de son Maître Sith Darth Sidious, Vader reprogramma la balise Jedi et activa le code de rappel, annonçant que la guerre était finie et que tous les Jedi devaient immédiatement revenir au temple, ou dans la gueule du loup, en l'occurrence.

Pendant ce temps, à travers la galaxie, tous les Jedi qui participaient à la Guerre des Clones furent trahis par leur commandant clone qui venait de recevoir l'Ordre 66. Bien qu'ils furent en nombre très réduit, quelques Jedi survécurent au traquenard, dont Obi-Wan Kenobi sur Utapau, et Yoda aidé par les Wookiees sur Kashyyyk.

Bail Organa vit les flammes émaner du Temple Jedi. Il demanda des explications au capitaine de son équipage personnel, Raymus Antilles. Il s'avérait que la Cellule de Crise du Sénat avait appliqué la loi martiale et que les Jedi étaient maintenant considérés comme des rebelles.

Face à ces menaces, Bail ordonna à Antilles de préparer le décollage de son vaisseau, le Tantive IV. Pour en savoir plus sur cette conspiration, le Sénateur d'Alderaan posa son speeder sur une plateforme d'atterrissage du Temple et fut presque instantanément intercepté par le Commandant Appo et ses hommes. Bail demanda l'accès au temple mais il se le vit refuser par des clones menaçants. Organa accepta de dégager les lieux mais, alors qu'il embarquait dans son speeder, il assista à la triste mort du jeune Zett Jukassa qui tenta en vain de s'échapper en tuant le commando. Comme les clones avaient reçu ordre de ne laisser aucun témoin, ils firent feu en direction du Sénateur. Ce dernier parvint à quitter le bâtiment et rejoindre Antilles ainsi que le Tantive IV. La situation était critique.

Après s'être assuré que la survie de quelques Jedi, le sénateur décida de se rendre dans le système de Kashyyyk et de secourir Maître Yoda. Peu après, ce fut Obi-Wan Kenobi qui contacta le Tantive IV et qui rejoignit le groupe. Les deux Jedi avaient remarqué que le code de rappel avait été activé. Soupçonnant un piège, ils décidèrent de se rendre temple pour désactiver le signal. Cela pourrait surement sauver quelques Jedi.

Les cadavres de clones et de Jedi jonchent la Chambre des Milles Fontaines.

Obi-Wan et Yoda établirent un astucieux plan pour s'infiltrer dans le bâtiment. Obi-Wan, déguisé en mendiant, apporterait un bébé (Yoda) aux clones, prétendant qu'il s'agissait là d'un bébé Jedi. Le plan fonctionna parfaitement : lorsque les clones vérifièrent si la véracité des affirmations du mendiant fou, Yoda dégaina son sabrelaser et les pourfendit, libérant un accès au Temple Jedi. Pendant ce temps, les clones étaient livrés à la tâche d'identifier les cadavres qui jonchaient les couloirs du temple. Pendant leur patrouille, certains de ces clones rapportaient d'étranges rapports, signalant qu'ils auraient entrevu une robe qui disparaissait au détour d'un couloir, ou encore des bruits étranges. Les membres de la légion commencèrent à soupçonner le bâtiment d'être hanté. En réalité, ce n'était que des stratagèmes élaborés par Obi-Wan et Yoda pour éloigner les clones et éviter ainsi le combat. Les deux Maîtres atteignirent furtivement la balise, tuèrent les clones assassins qui la protégeaient, et changèrent le code, indiquant aux Jedi survivants, si jamais il en avait encore, de ne surtout pas revenir au Temple. Afin de découvrir l'identité du responsable de cette tuerie, Obi-Wan fouilla les scanners de sécurité interne malgré l'avis contraire de Yoda. Son cœur se brisa lorsqu'il vit son ancien apprenti, Anakin Skywalker, tuer impitoyablement Cin Drallig et ses Padawans, avant de s'agenouiller devant Darth Sidious.

Le dernier espoir des Jedi était de détruire les deux Sith avant que la galaxie ne tombe définitivement entre leurs mains. Obi-Wan se chargerait d'Anakin tandis que Yoda s'occuperait du nouvel Empereur.