Une légende disait que Mace Windu fut pris dans une embuscade tendue par quatorze tueurs Gank, qui le surpassaient par le nombre d'armes. Bien entendu, aucun Maître Jedi ne pouvait éviter tous ces tirs en même temps, mais Windu regarda chaque Gank au fond des yeux, une main placée sur son Sabrelaser, et articula ces quatre mots : " C'est votre décision. " Un par un, les Ganks lâchèrent leurs armes. Vraie ou fausse, cette histoire contribua à faire grandir la légende de Mace Windu. Il possédait une personnalité magnétique, ce qui lui donnait une certaine autorité. Il avait rarement besoin d'utiliser la Force pour persuader les autres et il lui suffisait de parler au Sénat ou à une armée pour obtenir satisfaction.

Les dons de Windu pour le combat étaient toujours en balance : il ne se projetait jamais trop loin et ne baissait jamais sa garde. Il pouvait être redoutable au combat, puisqu'il utilisait une forme de combat au sabre qu'il avait lui-même inventé : le style Vaapad ou forme VII, du nom d'un prédateur de la planète Sarapin. Membre de l'Ordre Jedi depuis sa plus tendre enfance sur Haruun Kal, il est le descendant d'un clan Korun, ou ghosh : les Windu. Les Korun étaient les descendants de Jedi qui s'étaient autrefois écrasés sur la planète jungle, connue pour son humidité extrême, ennemie des composants des vaisseaux. Les Jedi ne purent jamais redécoller et durent s'établir sur la planète. Mace Windu était connu parmi son peuple pour avoir ranimé de nombreux chiens akk, des prédateurs sur lesquels comptaient les Korun pour leurs troupeaux. Lorsqu'il fut découvert, il fut instruit en temps que Padawan et participa à une mission sur Wroona à bord d'un vaisseau primitif du nom de Temblor. Plus tard, il fut envoyé par la République faire la police durant la Révolution Arkanienne et se battit contre le mercenaire renégat Arkanien connu sous le nom de Gorm. En tant que Maître Jedi, il combattit bravement durant le Conflict de Stark.

Le Maître Windu aida pour entraîner une douzaine de jeunes étudiants dans le Temple Jedi de Coruscant. Après avoir secouru la jeune Depa Billaba de pirates qui avaient tué ses parents, il assista tout particulièrement la jeune fille dans son entraînement. Bien entendu, celle-ci devint une grande Jedi, siégeant comme son ancien Maître au Conseil des Jedi. En effet, Mace Windu avait rejoint le Conseil à l'âge de 28 ans, ce qui faisait de lui le plus jeune Maître que l'Ordre ait jamais compté. A l'âge de 40 ans, juste avant la Bataille de Naboo, il reçut des informations concernant les Yinchorri, une espèce résistante aux manipulations mentales Jedi, qui se préparaient à une campagne de conquête. Mace Windu rassembla une équipe de Jedi, dont plusieurs membres du Conseil, et les mena dans le système de Yinchorr. Personne ne réalisa que cette attaque avait été orchestrée par le nouvel ennemi de l'Ordre Jedi, Darth Sidious. Beaucoup de Jedi périrent, dont le membre du Conseil Micah Giiett. Windu recommanda Ki-Adi-Mundi pour le siège vacant de Giiett au Conseil.

Lors du blocus de la planète Naboo par la Fédération du Commerce, le Chancelier Valorum demanda à Mace Windu d'envoyer des négociateurs Jedi pour mettre fin au blocus. Le Jedi envoya son vieil ami Qui-Gon Jinn et son Padawan, Obi-Wan Kenobi. Jinn revint bientôt avec de nouveaux éléments : les Sith étaient à présent de retour et sur Tatooine, il avait découvert un jeune homme dont le potentiel n'avait été alors jamais découvert. Windu avait depuis longtemps suspecté que la balance de la Force était sur le point de se rompre, et pensait que la magie des Sith pouvait une nouvelle fois faire basculer l'Ordre dans les abysses. Comme de nombreux Jedi, il crut en la Prophétie de l'Elu, qui devait ramener cette balance à l'équilibre. Mais Windu était beaucoup plus concerné par l'apparition -puis la disparition- de ce Darth Maul et ses compétences en matière de combat au sabre. Sur Malastare, Windu mit fin à une dispute entre deux factions et mit donc fin aux plans machiavéliques des terroristes Lannik qui souhaitaient provoquer une guerre civile. Les terroristes utilisaient des chiens akk du monde natal de Mace Windu, Haruun Kal, ce qui mena le Maître Jedi et Depa Billaba sur Nar Shaddaa, dans le Circus Horrificus, où ils découvrirent le trafic et y mirent fin.

Dix années après la Bataille de Naboo, Windu se trouva pieds et poings liés lorsque éclata le mouvement Séparatiste mené par un ancien Jedi, le Comte Dooku. Windu, Yoda et d'autres membres du Sénat Galactique, se rencontrèrent fréquemment avec le Chancelier Palpatine pour tenter de trouver une issue à ce conflit avant que la spirale ne devienne infernale. Lorsque Obi-Wan Kenobi découvrit une mystérieuse armée de soldats clones sur Kamino, le Maître Jedi décida qu'il était temps pour la République de combattre les forces Séparatistes. Il mena alors deux cents Jedi - Padawans, Chevaliers et Maîtres confondus sur Geonosis. Le Comte Dooku contre-attaqua avec ses bataillons de droïdes de combat qui décimèrent les Jedi. Ce fut l'arrivée de Yoda qui sauva les Jedi d'une mort certaine. Pour sa part, Mace Windu combattit contre Jango Fett dans l'arène d'exécution, tuant le chasseur de primes après l'avoir décapité.

Durant la Guerre des Clones, il tenta de faire revenir des dissidents Jedi qui avaient quitté l'Ordre après la boucherie de Geonosis. L'agent du Comte Dooku, Asajj Ventress, qui avait eu secrètement les coordonnées de la lune de Ruul par Sora Bulq, un ancien Maître Jedi corrompu par le Vaapad et le Côte Obscur, combattit Windu. Mais aucun des deux ne l'emporta. Après le départ de Ventress, Windu alla soumettre ses conclusions au Conseil : le Côte Obscur grandissait dans la galaxie. Quatre mois après le début du conflit, il mena les troupes clones sur Dantooine, que les Séparatistes voulaient prendre afin de pouvoir mener une contre-attaque sur Muunilinst, dont la République venait justement de faire l'acquisition. Le Maître Jedi mit fin à la carrière du tank sismique et remporta de ce fait une faible, mais notable victoire.

Deux mois plus tard, après avoir envoyé Depa Billaba sur sa planète natale, Mace Windu reçut un message très étrange de son ancienne Padawan qui semblait avoir sombré dans la folie. Il se rendit sur Haruun Kal et se qu'il y découvrit était la signification de la Guerre des Clones en elle-même : les Korunnai et les Balawai se menaient une guerre sans merci, se livrant à des massacres des deux côtés. Windu décida de mettre fin à cette guerre qui ravageait la planète. Mais il fut mis à rude épreuve : il tentait de rester dans la droite ligne du Code Jedi, pacifique, alors que la guerre sur Haruun Kal le poussait à aller dans le sens contraire. Il arrêta Depa Billaba, ramena la paix sur Haruun Kal après avoir arrêté aussi Kar Vastor, puis rentra sur Coruscant avec la certitude d'avoir mis fin à l'horreur et à la destruction. Il laissa Quinlan Vos infiltrer le camp de Dooku mais il commença à se poser des questions lorsque Vos assassina le sénateur Viento, même si ce dernier était un traître à la République.

Après les évènements survenus sur Haruun Kal, Mace Windu partit pour Null afin d'aller porter secours à Barriss Offee et la Maître Jedi T'ra Saa, après l'attaque de chasseurs de primes. Avec Agen Kolar, Saesee Tinn et Kit Fisto, il exigea la fin du groupe Nova Ecarlate mais obtint en contrepartie le nom de l'instigateur des primes sur les Jedi, un dénommé Kh'aris Fenn, ainsi que le Sabrelaser de T'ra Saa. Mais alors que les Jedi arrivaient sur Ryloth, ils trouvèrent le corps de Fenn décapité par les soins de Quinlan Vos. Après les évènements survenus sur Thustra, où les Séparatistes avaient cherché à en finir avec Yoda, il arrêta le sénateur de Thustra pour tentative de meurtre, mais le vrai instigateur, son assistant, courait toujours.

Windu participa ensuite à la traque active de Darth Sidious sur Coruscant. Grâce à des informations rapportées par Obi-Wan Kenobi et Anakin Skywalker, Mace découvrit que le Seigneur Sith opérait dans un immeuble abandonné d'un quartier industriel nommé The Works. A l'intérieur, Mace et Shaak Ti découvrirent un tunnel secret reliant le bâtiment à la résidence sénatoriale du 500 Republica. Windu fut ensuite rappelé au Temple Jedi et il laissa l'investigation au Capitaine Dyne. Ce dernier découvrit finalement la cache et l'identité de Sidious en suivant la piste mais il fut tué avant d'avoir pu en informer les Jedi.

Lors de l'invasion de Coruscant par les Séparatistes, il s'occupa de la défense aérienne, laissant à son ami Saesee Tinn la responsabilité de la défense spatiale. Son nouveau modèle de chasseur abattait chasseur droïde sur chasseur droïde, jusqu'à ce qu'il se fasse abattre. Il sauta donc dans le vide de Coruscant et utilisa ensuite un chasseur droïde pour éliminer d'autres chasseurs droïdes. Avec celui-ci, il dégomma les droïdes qui cherchaient à s'infiltrer dans le Sénat et le Temple Jedi. Mace Windu vint porter secours à Yoda qui n'en avait pas tellement besoin et aux soldats clones. Il tailla en deux super droïde de combat sur super droïde de combat. Lorsqu'il se retrouva côte à côte avec Yoda, ils s'interrogèrent tous deux sur le véritable objectif des Séparatistes : Palpatine. Windu sauta dans une canonnière de la République et se dirigea vers l'emplacement du bunker secret du Chancelier Suprême. Il vit alors Palpatine embarquer dans le vaisseau de Grievous et combattit celui-ci avec la Force en assénant des coups contre la cage thoracique du Général Séparatiste. Mais cela n'y fit rien et le vaisseau s'envola avec Palpatine à son bord. Mace Windu retrouva alors Shaak Ti attaché et ses deux camarades morts. Comprenant qu'il ne pourrait pas combattre sans d'autres alliés de poids, il contact Obi-Wan Kenobi et Anakin Skywalker, qui s'empressèrent de partir pour Coruscant.

Mais Mace Windu se doutait de quelque chose. Il était sur la piste de Darth Sidious et cette piste l'amenait jusqu'au 500 de l'avenue Republica. Comment, dès lors, traquer le Sith ? L'idée d'utiliser Anakin Skywalker pour en faire un espion au sein même de la République lui traversa l'esprit. Les soupçons de Mace Windu se portaient sur Palpatine, et la relation d'Anakin avec Palpatine était l'occasion parfaite d'espionner le Chancelier. Pour cela, Mace Windu accepta Anakin Skywalker au sein du Conseil des Jedi mais ne lui donna pas le rang de Maître Jedi. Anakin Skywalker prit très mal cette décision, d'autant plus qu'il sut plus tard que le Conseil, et en particulier Mace Windu, souhaitait qu'il espionne le Chancelier. Lorsque Obi-Wan Kenobi annonça que le Général Grievous avait été tué, Mace Windu décida qu'il était temps que le Chancelier Suprême remette ses pouvoirs au Sénat. Mais lorsque Anakin Skywalker vint lui dire que Palpatine était en réalité Darth Sidious, cette arrestation sonna dans l'oreille de Mace Windu comme une mise à mort. Il fallait arrêter ce Sith avant que la République de s'effondre. Avec Saesee Tiin, Kit Fisto et Agen Kolar, Mace Windu se rendit dans le bureau du Chancelier Suprême pour venir l'arrêter.

Mais Darth Sidious, alias Palpatine, fut plus rapide. Il tua rapidement les trois camarades de Mace Windu, mais celui-ci dominait Palpatine par sa Forme VII du Combat au Sabrelaser, ainsi que sa capacité à ressentir les Points de Rupture. Le duel continua jusqu'à la baie vitrée du bureau. C'est alors qu'Anakin Skywalker arrive. Palpatine lui démontra qu'il s'agissait du fameux complot Jedi de Mace Windu contre la République. Mace Windu essaya de démontrer à Anakin que Sidious était le mal. Alors qu'il s'apprêtait à frapper le Sith une bonne fois pour toutes, Anakin lui coupa la main. Mace Windu cria et Palpatine lui envoya des éclairs de Force sur lui, puis le projeta hors du bureau, lui faisant ainsi faire une chute libre dans les abysses de Coruscant. C'est ainsi que mourut un grand Maître Jedi.