Le groupe de Jedi détaché par Mace Windu pour s'attaquer aux Séparatistes sur Geonosis comportait de nombreux Maîtres Jedi. Dans ce groupe de 200 Jedi, Agen Kolar se distinguait par ses dons considérables. La Bataille coûta cher à Agen Kolar : il survécut, mais son padawan mourut dans l'arène d'exécution. Il se détacha rapidement de la mort de Tan Yuster et accepta le poste de Général de la Grande Armée de la République, comme pour oublier son chagrin. Dans l'esprit de Kolar, rendre service à la République Galactique faisait partie du travail des Jedi. Il n'avait que peu de patience pour ses murmures de dissensions dans les rangs des Jedi dès les débuts de la Guerre des Clones.

Les anciennes missions d'Agen Kolar l'avaient relégué dans la Bordure Intérieure et dans les Franges de la République, alors qu'avec la Guerre des Clones, il fut rapproché du Noyau. Le détachement de soldats clones de Kolar servit sur Brentaal IV, où le Zabrak assista Shaak Ti dans une diversion visant à attirer le gros des forces Séparatistes commandées par Shogar Tok. Ses troupes durent se rendre et le Jedi fut mis aux arrêts jusqu'à ce que Shaak Ti tue le commandant des forces Séparatistes. Agen Kolar était un guerrier et la diplomatie n'était pas son fort. Il fut envoyé sur Nar Shaddaa par le Conseil des Jedi afin de retrouver Quinlan Vos, un espion Jedi qui avait (délibérément ?) perdu contact avec Coruscant. Kolar partit pour sa mission avec la certitude que Vos était passé du Côté Obscur et servait à présent les Séparatistes. Lorsqu'il rencontra le Jedi, il fut incapable de l'arrêter et pris cet échec comme un affront et comme l'évidence que Vos était bien un traître. Peu de temps après, il aida Mace Windu à arrêter le groupe Nova Ecarlate, dirigé par Kh'aris Fenn, un Twi'lek. Mais sur Ryloth, Agen et ses compagnons découvrirent le Twi'lek assassiné par Quinlan Vos. Le Maître Jedi fut alors deux fois plus convaincu que Vos était un traître à la République et à l'Ordre Jedi.

Lorsque la Guerre des Clones arriva à sa fin, Agen Kolar se retrouva au coeur de la tourmente politique qui opposait le Chancelier Suprême Palpatine et le Conseil des Jedi, où Maître Kolar siégeait. Lorsque Mace Windu décida d'aller arrêter le Chancelier Palpatine après que celui-ci n'ait pas rendu ses pleins pouvoirs au Sénat Galactique, Agen Kolar fut de la partie avec Saesee Tiin, Kit Fisto et Mace Windu. Mais l'arrestation tourna au massacre. Palpatine s'avéra être en réalité Darth Sidious, le Seigneur Sith qui manipulait toute la République et les Séparatistes. Mais en combat contre Sidious, les talents d'Agen Kolar furent vain. Le Sabrelaser de Darth Sidious lui perfora la poitrine et Kolar n'eut le temps d'articuler que ces mots : " Ça ne fait pas mal ! "