Qui-Gon Jinn fut un membre de l'Ordre Jedi toute sa vie, passant son enfance dans le Temple sur Coruscant. Il garda secret sa planète natale. Formé par le talentueux Jedi Dooku, qui deviendrait plus tard Darth Tyranus, Qui-Gon fut un Padawan très doué. Son maître considéra même son apprenti comme le meilleur bretteur qu'il ait jamais entraîné, mais il trouvait très énervant la tendance de Qui-Gon à quitter le combat pour aller aider les créatures sans défense.

Le premier padawan de Qui-Gon Jinn fut un garçon brillant appelé Xanatos. Leur relation était forte, mais Xanatos sombra dans la haine lorsqu'il rejoignit son père, le gouverneur de Telos, qui avait réprimé dans le sang une insurrection. Trouvant qu'il n'avait pas le choix, Qui-Gon Jinn tua le gouverneur, et Xanatos, furieux, quitta l'Ordre Jedi. Qui-Gon fut obsédé par cet échec pendant des années, jusqu'à ce qu'on lui attribue l'entraînement d'un jeune Jedi de treize ans, Obi-Wan Kenobi, lors d'une mission sur Bandomeer. Ce dernier devint le second et dernier apprenti de Qui-Gon Jinn. Le jeune apprenti quitta quelques temps son Maître pour aller régler un conflit sur Melida/Daan, puis rejoignit Qui-Gon Jinn. Ils formèrent ainsi le duo le plus puissant, se battirent sur nombre de planètes de la République et finirent par capturer le rebelle Xanatos. Ils libérèrent le peuple de Telos de la corruption. Qui-Gon Jinn ne prit pas sur lui les assassinats perpétrés par son ancien élève. Durant la confrontation finale, Xanatos se suicida en se jetant dans une piscine d'acide. Qui-Gon Jinn tourna la page la plus éprouvante de sa vie.

Sous la tutelle de Dooku, Qui-Gon est devenu un incroyable épéiste.

Qui-Gon Jinn et Obi-Wan Kenobi se rendirent ensemble sur Ord Mantell, et le Maître utilisa sa connexion avec la Force pour devenir ami avec les savrips Mantelliens. Plus tard, ils partirent ensemble enquêter sur une organisation terroriste appelée le Front de la Nébuleuse, menée par la Fédération du Commerce, et qui projetait d'assassiner le Chancelier Suprême Valorum sur Eriadu. Ils démasquèrent les assassins, qui étaient en réalité les membres de la Direction de la Fédération du Commerce. Peu après, Qui-Gon Jinn et son apprenti tentèrent de régler pacifiquement le blocus de la planète Naboo. Il s'échappèrent en compagnie de la reine Amidala, vers la planète Tatooine. C'est là qu'il découvrit le potentiel d'Anakin Skywalker. Il commença alors à croire qu'Anakin était le jeune garçon de la Prophétie de l'Elu. Il réussit à libérer le jeune garçon de son statut d'esclave, après que ce dernier eut remporter une course de Pod sur la planète. Lorsque Qui-Gon Jinn présenta Anakin Skywalker au Conseil, ceux-là refusèrent qu'il puisse l'entraîner et Qui-Gon préféra passer outre leur autorité. Le combat final contre Darth Maul dans le générateur de Theed fut rapide, puissant et fatal. Qui-Gon, pourtant le meilleur duelliste de son temps, ne survécut pas longtemps aux coups du Sith. Obi-Wan vengea sa mort en tuant Darth Maul usant d'un effet de surprise. Alors qu'il allait mourir, Qui-Gon Jinn fit jurer à Obi-Wan d'entraîner Anakin Skywalker.

Qui-Gon Jinn, qui périt par le Sabrelaser de Maul, fut incinéré avec tous les honneurs au Temple Funéraire de Theed. Sur l'insistance du Chancelier Suprême Palpatine, les membres du Conseil Jedi, des dignitaires de Naboo, et l'ancien apprenti de Qui-Gon Jinn depuis plus de douze ans, assistèrent au bucher funéraire.

Obi-Wan trouva que c'était très ironique de voir le Conseil aux funérailles, qui avait considéré que le défunt Maître Jedi était instable. Par dessus tout, la longue carrière de Qui-Gon Jinn lui donna la réputation d'un solitaire qui ignorait les règles et qui suivait ce que lui dictait son cœur. Qui-Gon suivait à la règle son dicton : maintenant ou jamais, mais il n'adhéra jamais à l'idolâtrie de la force unificatrice. Ces propos face à " l'aveuglement " du Conseil Jedi provoqua une rupture entre lui, et Yoda et l'arrière-garde Jedi. Son ami Plo Koon essaya de le convaincre de rejoindre le Conseil en sa compagnie, mais Qui-Gon pensait qu'on ne le prendrait jamais à cause de sa philosophie peu orthodoxe.

Cependant Qui-Gon n'était pas mort en vain. Il avait auparavant découvert le moyen de communiquer par le biais de la Force avec des personnes encore vivantes. Lorsque Anakin Skywalker commit son premier crime en assassinant les hommes des sables sur Tatooine, Qui-Gon cria de désespoir à travers la Force de voir celui qu'il croyait être l'élu commettre un acte si abominable. Après l'Ordre 66, Qui-Gon communiqua avec Yoda alors que ce dernier méditait sur Polis Massa. Il lui transmit le secret de l'immortalité permettant de communiquer à travers la Force et même de se matérialiser. Yoda transmit plus tard ce secret à Obi-Wan, l'ancien apprenti de Jinn.