Fondée en 350 avant la Bataille de Yavin, la Fédération du Commerce se donnait au départ comme objectif de rassembler les multiples industries à grandes échelles, les conglomérats, les sociétés anonymes et les guildes minières, autour d'un même ensemble commercial plus fort. Cependant, comme tout conglomérat attiré par l'appât du gain et des bénéfices, la Fédération du Commerce commença à devenir de plus en plus sclérosée autour de ses ports d'attaches comme Neimoidia, Cato Neimoidia, Deko Neimoidia, Koru Neimoidia et Dorvalla, ainsi que la Bordure Extérieure entière qui était dépendante d'elle. Elle devint culturellement influente et l' Alphabet de la Fédération du Commerce se répandit très largement quand elle fut sur le devant de la scène politique - même s'il ne remplaça jamais l' Aurebesh. Le conglomérat inondait l'espace républicain de son argent, au point que le partenariat avec les autres grandes puissances commerciales constituait un lobby assez puissant pour tenter de faire pression sur le Chancelier Suprême Valorum afin d'établir un monopole commercial.

En l'an 33 avant la Bataille de Yavin, Valorum certifia clairement que la Fédération du Commerce ne pourrait jamais devenir un monopole au nom de la liberté d'entreprise pour tous, un des points de la Constitution de la République Galactique. Mais les réclamations de la Fédération n'allaient pas de soi : elles correspondaient surtout au développement de l'emprise de Darth Sidious sur le conglomérat commercial, notamment sur son Viceroi, Nute Gunray, couard comme tous les membres de la race des Neimoidiens. Le Seigneur Noir de la Sith souhaitait utiliser la Fédération pour ses plans de conquête du pouvoir. Pour cela, il utilisait à la fois le Front Nebula, le pire ennemi de la Fédération, et cette dernière. Le combat devait mener au déchirement du Sénat Galactique autour de la question du monopole commercial. Ainsi, Palpatine recommanda à Valorum de créer, non pas une commission, mais une conférence commerciale.

Cette conférence devait se passer sur Eriadu et réunirait les membres les plus éminents du Sénat, de l'Ordre Jedi mais aussi, et surtout, les membres du Directoire de la Fédération du Commerce. Ce dernier était l'organe central de la direction du conglomérat qui rassemblait autour d'une table ronde les membres des espèces représentées : un Neimoidien, en la personne de Gunray, quatre humains avec les représentants de Kuat, Balmorra, de Filve et d'une autre planète, ainsi qu'un Gran et un Sullustéen. Le plan de Sidious était en fait de supprimer le Directoire pour tenir Gunray dans sa main. Pour cela, un agent double du Front Nebula devait tirer à côté d'un Droïde de Combat modifié afin de déclencher un capteur qui émettrait un relais vers ses autres confrères droïdes. Lorsque le capteur se déclencha, les droïdes, à l'intérieur du bouclier de protection des sièges alloués au Directoire, massacrèrent leurs membres. Gunray s'éleva seul au rang de Viceroi.

Parallèlement à ces évènements, la Fédération du Commerce avait déjà commencé à s'armer contre les pirates et les terroristes comme les membres du Front Nebula. Pendant la Guerre Hyperespatiale de Stark, les premiers Droïdes de Combat avaient été dessinés et crées mais étaient devenus rapidement instables du fait de la faiblesse de leurs capteurs optiques disposés uniquement sur un champ. Plusieurs d'entre eux furent responsables de la mort du Maître Jedi Tyvokka. Un Droïde de Combat plus petit, plus maniable, dépliable et rangeable à merci fut créé. Les cargos spatiaux de classe Lucrehulk furent modifiés pour devenir des instruments de combat, de même qu'ils intégraient un ordinateur de contrôle des droïdes pour permettre l'invasion de planètes ou pour faire pression sur ces dernières par une formidable flotte d'invasion. Avec l'aide de Sidious, Gunray reçut le soutient des Colicoids et des Xi Char des Ingénieries Haor Chall pour créer des Chasseurs Droïdes automatisés et des Barges de débarquement.

Sur ordre de Sidious , Nute Gunray, avec Lott Dod et Rune Haako, ses suivants, déploya la grande flotte d'invasion de la Fédération du Commerce afin de faire plier la planète Naboo, et notamment sa reine Padmé Amidala pour qu'elle signe un traité d'exclusivité de droits commerciaux. Bien entendu, la jeune reine n'accepta pas et Gunray, toujours sur ordre de Sidious, mit en place un plan de débarquement sur la planète et prit d'assaut la capitale planétaire, Theed, des mains des forces de défense. Malheureusement, la reine réussit à s'échapper avec l'aide des Jedi et à se rendre sur Coruscant pour plaider sa cause devant le Sénat Galactique. Ne connaissant que peu de choses à la politique, la reine ne comprit pas tout de suite pourquoi on n'envoya pas une force d'intervention contre la Fédération ni que, sous l'impulsion du représentant de la Fédération au Sénat, sa plainte se perdrait de commission en commission. Malgré tout, la Fédération commença à s'attirer les foudres de l'opinion publique et elle ne remporta pas la victoire décisive qu'elle avait espérée sur Naboo, à cause de l'intervention des Gungans et de l'explosion de son vaisseau de contrôle commandé par Daultay Dofine.

Cependant, trop couard pour refuser, Nute Gunray continua à suivre les directives de Sidious et rallia la Confédération des Systèmes Indépendants commandée par le Comte Dooku, qui s'était attiré les faveurs de divers conglomérats commerciaux comme la Fédération, qui voyaient dans la guerre contre la République Galactique un bon moyen de se faire de l'argent sur les populations et de se partager la galaxie en zone d'influence. Pour cela, Gunray voulait avant tout que Padmé Amidala souffre et demanda à Dooku de la tuer. Les chasseurs de primes échouèrent, tout comme échoua son exécution dans l'arène. Les Droïdes de Combat et les nouveaux Super Droïdes de Combat B2, qui fournissaient l'essentiel de l'infanterie des armées Séparatistes, démontrèrent à la fois leur efficacité contre les deux cents Jedi mais leur infériorité contre la nouvelle armée de la République composée de clones.

La Guerre des Clones continua de se répandre dans la galaxie et la Fédération devait davantage presser les entreprises sous son influence pour continuer de fournir un effort de guerre acceptable. La Ligue Isolationniste Quarren créa dans ses chantiers navals privés une nouvelle classe de frégate, la classe Providence, dont la célèbre Main Invisible, qui devait servir de fer de lance dans la reconquête des planètes prises par la République. Le coeur même du conglomérat, à savoir Cato Neimoidia, fut attaqué à la fin de la Guerre par Obi-Wan Kenobi et Anakin Skywalker qui étaient chargés de capturer Gunray afin de le livrer à la justice, mais ce dernier s'échappa d'extrême justesse. Roan Shryne s'empara aussi de Deko Neimoidia. Lors de la Bataille de Coruscant, au cours de laquelle la Confédération perdit Dooku, la flotte de la Fédération fut quasiment anéantie, et notamment la Main Invisible, qui symbolisait la chute des Séparatistes et l'avènement d'un nouvel ordre.

Gunray et ses proches furent forcés de fuir sur Utapau, tout comme le reste des leaders Séparatistes, pour attendre Grievous qui leur annonça qu'ils allaient être une nouvelle fois déplacés sur la planète Mustafar. Le Vice Roi tenta de s'opposer au cyborg mais ce dernier lui rabaissa rapidement son caquet. Darth Sidious, connu autrement sous le nom de Palpatine, venait désormais de se faire accorder les pleins pouvoirs par le Sénat, et la guerre, donc ses belligérants, ne lui servait plus à rien. Il ordonna à son nouvel Apprenti Sith, Darth Vader, alias Anakin Skywalker, de se rendre sur Mustafar afin de tuer tous les leaders, y compris ceux de la Fédération du Commerce. Nute Gunray tenta d'implorer Vader pour sa clémence mais il trépassa d'un coup de Sabrelaser. Il fut remplacé par un dénommé Sentepeth Findos qui signa alors un traité, sous la menace des armes des Stormtroopers impériaux, déclarant la dissolution de la Fédération et l'obligation de fournir toutes les ressources de cette dernière au nouveau pouvoir, l'Empire Galactique.