La Confédération était le nom de l'union créée entre les séparatistes s'opposant aux lois de l'Alliance Galactique en +40. Celle-ci était formée par Corellia, Commenor et Bothawui à la Fin du Blocus de Corellia. La Confédération ne tarda pas à attirer de nouveaux mondes dans son sillage, en les faisant peu à peu quitter le système politique et les territoires de l'Alliance. La création de la Confédération donna un nouveau souffle à la guerre. Corellia, auparavant seule et acculée par le blocus, venait de se regrouper avec de puissants alliés disposant chacun de forces militaires et navales importantes. Grâce à des moyens décuplés, la Confédération partit rapidement en croisade contre les intérêts de l'Alliance Galactique.

Soucieuse de présenter une force de combat unie, un Commandant Suprême des Armées fut nommé en la personne de Turr Phennir. Ce dernier eut pour mission de rassembler les différentes forces des systèmes membres dans le but de former une grande flotte capable de combattre la marine de l'Alliance Galactique. Phennir organisa également la première attaque. Elle fut basée sur une campagne de désinformation prévoyant une réunion « secrète » des principaux acteurs de la Confédération, sur une station en orbite de Gilatter 8. De nombreux agents de l'Alliance s'y infiltrèrent dont Jacen Solo, Luke Skywalker ou encore Mara Jade Skywalker. Le système fut bouclé par la flotte de l'Alliance commandée par l'amiral Cha Niathal.

Il s'agissait en fait d'un leurre et les convives présents dans la station n'étaient que des acteurs. L'Alliance parvint de justesse à évacuer la station puis le système avant que le piège ne se referme sur eux. Pour l'Alliance, cela ne ressemblait pas à une défaite. Concernant la Confédération, il s'agissait cependant d'une grande victoire confirmant son statut et sa puissance grandissante. Un peu plus tard, Dur Gejjen prépara un plan pour faire tomber l'Alliance Galactique. Ce dernier proposait un cessez-le-feu à l'Alliance et l'idée de lui faire croire à la fin de la guerre. Après plusieurs mois de paix, la Confédération rassemblerait à nouveau ses forces, afin de mener une attaque fulgurante sur Coruscant, puis ainsi renverser l'Alliance Galactique !

Le plan fut adopté et Gejjen le mit à exécution en contactant Cal Omas, pour un conciliabule secret où ils discuteraient d'une alternative à la guerre. Gejjen fut cependant assassiné lors de cette rencontre sur Vulpter par Ben Skywalker, sous les ordres de Jacen Solo et de la Garde de l'Alliance Galactique. Après la mort de Gejjen, personne ne se porta volontaire pour succéder au titre de Premier Ministre et de leader de la Confédération, en estimant qu'il s'agissait d'un poste à risques. Pour trouver une alternative à cela, un triumvirat fut instauré pour assurer la gouvernance politique et militaire de la Confédération. Les premières actions du nouvel organe dirigeant furent de trouver plus de soutien pour faire face à leurs opposants. Ils louèrent notamment les services de Mandaloriens à prix d'or et cherchèrent également à acquérir leurs chasseurs derniers cris, le Bes'uliik produit par MandalMotors.

Parallèlement, de nouveaux alliés vinrent gonfler les rangs de l'organisation parmi lesquels les Clans Hutts, qui leur assurèrent une victoire écrasante face à l'Alliance au cours de la Bataille de Balmorra. Mais cette savoureuse victoire n'eut d'égal que l'écrasante défaite subite seulement quelques jours plus tard à la Bataille de Kuat. Les forces de la Confédération furent en grande partie décimées au cours d'une longue bataille sanglante, ce qui les força à réduire leur implication dans la guerre, qui dérivait désormais sur le conflit entre Darth Caedus et la toute nouvelle Coalition Jedi. Peu de temps après, les flottes de la Confédération participèrent à l'encerclement des forces de Caedus au cours de la Bataille de Kashyyyk. A l'issue de cette coopération, la Confédération et la Coalition Jedi signèrent un pacte de non-agression jusqu'à ce que leur ennemi commun, Darth Caedus, ne soit éliminé. Mais les nombreuses défaites de la Confédération avaient provoqué la perte d'une grande partie de ses moyens militaires, ce qui l'empêcha de prendre réellement part à la suite du conflit. Ses forces furent encore plus mises à mal au cours de la Bataille de Centerpoint et de la Seconde Bataille de Fondor. La Confédération porta néanmoins un important soutien à la Coalition aux cours des Batailles de Nickel One, mais leur présence n'empêcha pas la Coalition de subir une cuisante défaite.

A l'issue de la guerre, après la mort de Darth Caedus au cours de la Bataille de Shedu Maad, l'Alliance Galactique, désormais dirigée par la toute nouvelle Chef d'Etat Natasi Daala, et la Confédération s'entendirent pour mettre un terme aux hostilités et à la Seconde Guerre Civile Galactique. La Confédération ne fut cependant pas dissoute et demeura intacte, ses mondes partisans refusant de retourner dans le giron de l'Alliance.