Lorsque la corporation des Supertanker Pulsar fut près de passer sous la houlette de la fédération du Commerce, la décision finale vint d'un jeune officier Neimoidien, qui fut gratifié de titres comme " près de ses sous " et " charitable, mais regardant sur ses dons ". Pulsar fut racheté pour des crédits républicains symboliques et passa sous le Directoire de la Fédération du Commerce. Le jeune officier du nom de Nute Gunray eut une promotion. Il devint alors le Viceroi du Commandement de la Fédération du Commerce, leader du Cercle Intérieur des Neimoidiens. Il fut alors décrit comme " ambitieux et prudent ". Lorsqu'un jour Nute Gunray fut contacté par un Seigneur Sith du nom de Darth Sidious qui lui promit que les Neimoidiens régneraient sur la fédération du Commerce, Nute Gunray ne se sentit plus de joie. Darth Sidious lui offrit sur un plateau un cargo à la cargaison lucrative sur Dorvalla. Mais Nute Gunray restait encore l'un des sept membres du Directoire. Les autres membres quatre humains, un Sullustéen et un Gran avaient d'autres visions commerciales que celles de Gunray sur l'expansion des zones de libre-échange sur les mondes de la Bordure.

Tout changea lors du sommet commercial sur Eriadu présidé par le Chancelier Valorum. Darth Sidious s'était arrangé pour que tous les membres du Directoire de la Fédération du Commerce soient assassinés sauf Nute Gunray. Le Viceroi devint de facto le seul chef incontesté de la Fédération du Commerce et nomma d'autres Neimoidiens à sa tête. Rune Haako, Daultay Dofine et Hath Monchar devinrent les collaborateurs de Gunray. Le Lieutenant Haako s'occupait des forces armées de la Fédération et l'assistant du Viceroi. Le Capitaine Dofine commandait les forces aériennes et l'Ambassadeur Hath Monchar était chargé de représenter la Fédération au Sénat Galactique.

L'armée de la Fédération fut équipée de Droïdes de Combat, de chars, de Chasseurs Droïdes et de STAPs. Gunray ouvrit des négociations avec les Colicoids pour obtenir des légions de Droïdekas. Monchar découvrit que la construction de cette nouvelle armée n'était pas, comme l'avait dit le Viceroi, pour protéger ses cargos mais bien pour obliger les planètes à se tomber sous sa coupe. Gunray envoya alors un chasseur de primes pour faire taire Monchar : l'apprenti de Sidious, Darth Maul. Après cette trahison, Sidious poussa Gunray à prendre le contrôle de la route commerciale Perlemiane depuis Brentaal et jusqu'à la route Hydiane.

C'est alors que Darth Sidious décida du blocus de la planète Naboo. Il apparut plus simple que Gunray ne l'eut cru. Sidious lui promit que la défiance face à la Fédération du Commerce au Sénat Galactique provoquerait une scission et amènerait le soutien forcé des planètes sur les routes commerciales. Malheureusement pour le Viceroi, le blocus fit plus d'écho que prévu. Mais Gunray avait peur de Darth Sidious, puisqu'il était aussi couard que tous les Neimoidiens. Il ne se décida pas à ordonner le repli de la flotte de la Fédération.

Nute Gunray flanqué par Rune Haako et Darth Maul dans le Palais de Theed.

Le blocus de Naboo

Finalement, Gunray ordonna l'invasion de Naboo. L'opération se passa normalement, sans opposition de la part des Naboo et encore moins des Gungans. Il cria " Victoire ! " lorsque la planète tomba. Cependant, Darth Maul s'avéra inutile et la Reine de Naboo, Amidala, humilia Gunray depuis sa salle du trône. Daultay Dofine mourut lorsque le Vaisseau de Contrôle des Droides, le Profiteur, explosa en orbite. L'armée droide s'éteignit et la victoire fut assurée aux Gungans. Nute Gunray et ses collaborateurs furent incarcérés sur Coruscant en l'attente de leur procès.

Le Chancelier Suprême Palpatine avait promis de les livrer à la justice, mais la Court de Justice fit peu pour punir l'influence des leaders de la Fédération du Commerce. Même après quatre procès à la Court Suprême, Gunray reprit sa position de Viceroi, sous la condition que la Fédération rende son matériel de guerre et de ne plus chercher à se créer une armée à l'avenir. Quelques sénateurs influents clamèrent qu'il ne fallait plus que les Jedi cherchent à enquêter sur les agissements de la Fédération. Un an après la Bataille de Naboo, Gunray chercha à éliminer la sénatrice Padmé Amidala. Lorsque le Comte Dooku lui proposa un poste au sein de la Confédération des Système Indépendants, le Viceroi lui demanda en échange de faire assassiner Padmé Amidala et Dooku envoya Jango Fett, le meilleur chasseur de primes de la galaxie.

Sur Geonosis, Gunray rencontra Dooku et les autres représentants venant de l'Union Technologique, la Guilde du Commerce, l'Alliance Corporative et le Clan Bancaire Intergalactique, pour entamer des pourparlers sur une organisation militaire. Gunray fournit alors de nouveaux droides de combat ainsi que des Super Droides provenant des fonderies de Geonosis, pour être sûr que l'armée de la Fédération soit la seule sur le champ de bataille et pour qu'il puisse s'attribuer la victoire si tel était le cas. Les Geonosiens capturèrent Padmé et les deux autres Jedi et Gunray supplia presque Dooku de les livrer dans l'arène aux monstres qui les dévoreraient. Le Viceroi se sentit perdu lorsque les Jedi et les clones arrivèrent à temps pour sauver la sénatrice et les deux Jedi, et encore plus lorsque son million de droides de combat fut anéanti par la Grande Armée de la République. Une fois encore, il préféra prendre la fuite.

La Guerre des Clones

Capturé à son propre piège

Nute Gunray, sur Rodia

Pendant les nombreux conflits de la Guerre des Clones, Nute Gunray resta naturellement en retrait et se focalisa sur les moyens de capturer ou de faire assassiner Amidala à laquelle il n'avait pas pardonné l'affront ayant eu lieu sur Naboo des années plus tôt. Gunray parvint notamment à faire emprisonner la sénatrice en la faisant tomber dans un piège sur Rodia, avec l'aide du sénateur Onaconda Farr. Le vice-roi aurait pu enfin voir mourir la Naboo si il n'avait pas été distrait par un faux Jedi incarné par Jar Jar Binks et s'il n'avait pas été trahi au dernier moment par le sénateur de Rodia. Pris au piège à l'issue du conflit, Nute Gunray fut capturé par les forces républicaines et embarqué à bord d'un croiseur sous escorte Jedi pour rallier Coruscant, où il allait devoir répondre de ses crimes de guerre.

Cependant, Nute Gunray connaissait trop de secrets de la Confédération des Systèmes Indépendants pour que ses leaders ne laissent courir le risque que le neimoidien ne vende des informations capitales. Juste après sa capture, Sidious ordonna au Comte Dooku de déployer les moyens nécessaires pour récupérer le vice-roi ou au pire le faire taire durablement avant qu'il ne rejoigne Coruscant. Dooku décida d'envoyer Asajj Ventress pour infiltrer le Star Destroyer Venator qui transportait Gunray. A bord du vaisseau, Nute Gunray était sous la bonne garde des Jedi Luminara Unduli et de Padawan Ahsoka Tano. La pression mentale qu'elles exerçaient sur Gunray allait presque réussir à faire parler le neimoidien lorsque le croiseur fut attaqué par les Séparatistes. Luminara quitta bientôt son poste pour aider les clones à repousser les assauts droïdes ce qui laissa Ahsoka seule lorsque Ventress arriva aux blocs de détention. Gunray était presque libéré lorsque Luminara vint aider la Padawan à repousser l'agent de Dooku qui entretemps fit exploser les bombes qu'elle avait placées dans le vaisseau. Les deux Jedi quittèrent finalement les blocs pour combattre la Jedi Noire ce qui laissa Gunray en seule compagnie du Commandant Gree et du Capitaine Argyus des Commandos du Sénat. Profitant de la situation, Argyus révéla sa véritable nature d'agent double en libérant Gunray. Gree s'opposa et mit hors d'état de nuire le capitaine mais le clone fut assommé par le neimoidien. Le vice-roi put ensuite prendre la fuite avec le capitaine à bord d'un Croiseur Républicain où ils furent bientôt rejoints par Ventress. Cette dernière assassina Argyus, qui avait eu l'audace de rabaisser son implication dans la libération, sous les yeux de Nute Gunray.

La fin des Séparatistes

Trois années plus tard, alors que la Guerre des Clones arrivait à sa fin, Nute Gunray fut très désappointé que le Comte Dooku soit tué par Anakin Skywalker. Sidious contacta Grievous pour qu'il évacue les leaders Séparatistes, dont Nute Gunray, sur Mustafar. Mais Gunray s'opposa "fermement" à Grievous en lui reprochant d'avoir laissé Dooku se faire tuer et ainsi décapiter le mouvement. Grievous n'avait que faire des propos de ce couard et lui ordonna de suivre les autres pour Mustafar.

Une fois sur la planète, Sidious contacta Gunray et les autres leaders pour les informer que Darth Vader, son nouvel Apprenti Sith, allait bientôt venir les récompenser. Le profit, voilà quelque chose qui ne pouvait qu'exciter Gunray, Neimoidien vampirisant. Mais la récompense fut toute autre : la mort, pour tous. Il vit tous ses collègues se faire tuer les uns après les autres et alors que Vader s'avançait vers lui, le Neimoidien le supplia pour qu'il lui laisse la vie sauve. Mais le Seigneur Noir des Sith n'en avait que faire, et donna un coup sec de Sabrelaser en travers du corps de Nute Gunray.