Le commandant 2224, nommé Cody pour les intimes, fut personnellement entraîné par le clone Alpha lorsque celui-ci revint sur Kamino. Cody s'avéra être une recrue particulièrement réceptive aux ordres et à la stratégie militaire. Commandant fort discipliné et intelligent, Cody fut rapidement promu commandant de la Grande Armée de la République. Le clone Alpha venait de voir une nouvelle génération de clones ARC grandir : des commandants d'élite, parmi lesquels avaient grandi Cody. Alpha envoya personnellement Cody auprès du Général Obi-Wan Kenobi, lequel l'accueillit à bras ouverts, espérant trouver un nouvel ami en remplacement d'Alpha. Cody s'avéra être vraiment à la hauteur des espérances de Kenobi, puisqu'ils firent de nombreuses missions à eux deux ainsi qu'avec Anakin Skywalker au sein du 212ème Bataillon d'Attaque.

Cody, Kenobi et Skywalker participèrent ensemble à la Bataille de Christophsis au cours de laquelle les Séparatistes parvinrent à isoler les forces républicaines de leurs renforts et de leur soutient tactique en orbite. Cody et ses hommes, accompagné du Capitaine Rex et de sa compagnie, combattirent vaillamment jusqu'à ce que Skywalker et sa nouvelle padawan Ahsoka Tano ne parviennent à désactiver les boucliers énergétiques des séparatistes.

Cody participa à de nombreuses autres opérations sur le terrain notamment sur Rendili, Kooriva, Maramere et Boz Pity, mais l'une de ses missions les plus réussies fut celle sur Cato Nemoidia. Grâce à lui, les Jedi purent infiltrer le monde-capitale des Neimoidiens pour tenter de capturer Nute Gunray. Même si la capture ne se fit pas, Cato Nemoidia, dernier bastion des Séparatistes dans le Noyau, tomba dans la main de la République. On présenta alors Cody, Kenobi et Skywalker comme la crème de la République, les "Héros Sans Peur" et les champions. Cody commandait aussi la flotte du Cercle Ouvert, une flotte de croiseurs Venator qui parcourait la Bordure Extérieure contre les Séparatistes.

Obi-Wan Kenobi et Cody en briefing avant Utapau

Alors que le Général Grievous, leader des Séparatistes, avait été repéré sur Utapau, Obi-Wan Kenobi et le commandant Cody furent envoyés sur la planète afin de le débusquer et d'éliminer ensuite toutes les forces Séparatistes. Kenobi partit en premier, et Cody resta à bord du croiseur Venator menant la flotte du Cercle Ouvert.

Cody reçoit l'Ordre 66

Un peu plus tard, Cody arriva avec ses clones dans le canyon d'Utapau où étaient les troupes Séparatistes, ainsi que le Général Kenobi contre Grievous. Il mena ses troupes dans les niveaux inférieurs où se situaient l'essentiel des droïdes de la Confédération. Mais lorsque Kenobi dona la chasse à Grievous, Cody vit le sabrelaser de son ami lui tomber sous le nez, et décida de lui rendre un peu plus tard lorsqu'il le reverrait. Il indiqua alors à Mace Windu par communication holo que Obi-Wan Kenobi pistait le Général Grievous, puis avertit lorsque le Jedi abattit le général droïde en mettant fin à la Guerre. Lorsque Obi-Wan se présenta à lui, Cody fut soulagé de revoir son ami et lui rendit son sabrelaser.

Mais les évènements sur Coruscant se précipitèrent. Palpatine ordonna alors l'Ordre 66 qui devait voir la fin de tous les Jedi dans la Galaxie. Cody fut le premier averti. Il pesta contre lui-même pour avoir rendu son sabrelaser à Kenobi, puis ordonna à un artilleur d'un AT-TE de tirer sur son ancien ami. Il vit alors le Jedi faire une chute dans le canyon, mais ne le crut cependant pas mort, c'est pour cela qu'il intensifia les patrouilles afin de tuer le Jedi comme l'Empereur l'avait ordonné.