Les clones de la Clone Force 99 étaient à l'origine un commando de 4 clones qui furent génétiquement modifiés par les Kamonians afin de donner à chacun des compétences particulières. Ces modifications leur permirent de devenir une escouade reconnue dans toute l'armée clone, devenant plus puissante que tout un bataillon de clones réguliers. (dits clones reg) Cependant, ces modifications engendrèrent certaines conséquences regrettables pour les Kaminoans. Celles-ci avaient fait des membres de cette équipe des clones imprévisibles qui pouvait avoir tendance à ne pas obéir aux ordres. Cela leur valut le titre de clones défaillants. Pour ces caractéristiques, l'escouade aimait se faire également appeler la Bad Batch.

Leur numéro d'escouade semblait être tiré du fait que tous les clones défaillants portaient le chiffre 99 dans leur matricule : CT-9901 pour Crosshair et CT-99 pour le clone de maintenance de Kamino.

Membres connus :

• Hunter : Leader de la Clone Force 99, il avait pour spécialité la traque et l'orientation.
• Tech : Informaticien du groupe, il était capable de pirater n'importe quel ordinateur.
• Wrecker : Mastotonde du groupe, il pouvait détruire n'importe quel obstacle sur son passage avec sa force supérieur à celle d'un Wookie.
• Crosshair : Sniper du groupe, il pouvait atteindre n'importe quelle cible en mouvement à plus de 10 klicks de sa position.
• Echo : Initialement membre de la 501e Légion, Echo intégra les rangs de la Clone Force 99 après la bataille d'Anaxes. Son physique de cyborg lui permettait de pénétrer aisément dans les systèmes informatiques tel un droïde astromécano. Il était aussi le stratège du groupe.
• Omega : Fille clone, elle intégra les rangs de l'escouade après l'avènement de l'Empire pour fuir l'Empire sur Kamino. Elle était dotée d'une incroyable capacité d'adaptation et grandissait à un rythme normal.
• Gonky : Droïde d'alimentation de l'escouade. Lui aussi était défaillant comme tous les membres de son équipe. Son système d'alimentation était défectueux et irréparable, ce qui pouvait poser problème pour son utilisation.

Manoeuvres :

• Manoeuvre 82 : Manoeuvre appelée onde de choc, était une manoeuvre où Wrecker devait protéger ses frères d'arme tandis que Crosshair devait faire exploser une grande lancée par Hunter en fonction des coordonnées transmises par Tech pour faire un maximum de dégats.
• Manoeuvre dite de Félucia : Manoeuvre où l'escouade, en situation difficile, devait parvenir à prendre le contrôle d'un droïde de combat ennemi afin que ce dernier se retourne contre ses anciens alliés.

Faits d'armes :

Soldats de la République :

Pendant la guerre des clones, la Bad Batch a pu être déployée sur le monde de Kuat. Là-bas, l'escouade a entrepris une mission où il s'agissait de prendre d'assaut un groupe de séparatiste. Pour mener à bien la mission, l'escouade employa une tactique "rentre dedans", où ils ont tout simplement foncé dans le tas. Cette stratégie atypique leur permit de réussir leur mission. Plus tard, ils furent envoyés sur Yalbec Prime pour mettre à bas une insurrection de droïdes sur la planète. Une fois leur mission terminée, ils durent affronter des Yalbec mâle à cause de Wrecker qui avait attaqué la reine en tentant de lui arracher son dard. Il s'avéra par la suite que ces créatures voulaient simplement s'accoupler avec eux. A la fin de cette mission, ils furent contacter par le Commandant Cody avec qui ils avaient déjà pu travailler avec lui par le passé. Le commandant les appela en renfort afin d'infiltrer une base de communication sur la planète Anaxes. Menés par Rex, la Clone Force 99 parvint jusqu'à son objectif et c'est pendant cette mission que Tech, qui s'était infiltré dans les ordinateurs séparatistes, comprit que les données stratégiques ennemies provenaient d'un signal en direct donné par un être humain depuis la planète Skako Minor. Rex comprit qu'il s'agissait de son ancien frère d'armes Echo, car celui-ci avait donné son matricule lorsque Tech le lui demanda. Ainsi, cela expliquait pourquoi la République perdait la guerre sur la planète: Echo anticipait toutes les manoeuvres de la République car il les connaissait.

Suite à cette mission, le commando se proposa pour s'infiltrer dans le vaisseau de l'amiral Trench afin qu'Echo puisse s'infiltrer dans le réseau ennemi et saboter les droïdes de combat. Lorsque cette mission se termina par un succès, impressionnés par les compétences de l'ancien clone Reg, la Clone Force 99 proposa une place à Echo dans leur équipe, agrandissant ainsi leurs rangs.

Dans la même année, la Bad Batch fut envoyée sur Felucia puis plus tard appelée en renfort par un Padawan du nom de Caleb Dume sur la planète Kaller. L'escouade arriva juste à temps pour sauver le bataillon du Maitre Billaba de tout un régimant de droides de combats. Après quoi Hunter proposa à la Jedi de partir affronter la seconde vague d'ennemies qui approchait. C'est avec son accord qu'ils partirent aux côtés du jeune Padawan. Alors qu'ils s'apprétaient à continuer la bataille, l'ordre 66 fut transmis à tous les soldats clones de la galaxie. Devant leurs yeux, la Maitre Jedi Depa Bilaba fut alors exécutée par les forces du commandant Grey. Grâce à leurs mutations génétiques, la puce inhibitrice placée dans le cortex des clones n'avait pas pour effet de neutraliser les effets de leur cortex pré frontal et de favoriser l'attitude agressive et obéissante des clones. Ainsi, ils ne comprirent pas ce qu'était l'ordre 66 et n'éliminèrent pas le jeune Padawan, le laissant ainsi s'échapper. Tech ne comprit cela que lorsqu'ils furent de retour sur Kamino pour comprendre ce qu'il se passait.

Pendant leur séjour sur Kamino, les membres de la Bad batch comprirent que la république et les Jedi n'étaient plus et qu'ils étaient à présent soldat de l'Empire galactique. Comme tous les clones, ils participèrent à La grande réévaluation afin que l'Empire détermine si il avait encore besoin des soldats clones. La démonstration de la Clone Force 99 lors de son exercice d'évaluation impressionna grandement l'amiral Tarkin qui redoutait néanmoins leur désobéissance. Ainsi, pour s'assurer de leur loyauté, la Clone Force 99 fut envoyée sur Onderon pour mater une insurrection. L'escouade pensa qu'il s'agissait d'une insurection de séparatistes mais lorsqu'ils comprirent qu'ils devaient éliminer des civils, Hunter donna l'ordre d'abandonner la mission malgré les réticences de Crosshair qui voulait suivre à tout prix les ordres donnés par Tarkin. De retour à leur navette, le Maraudeur, Tech avoua à l'équipe qu'Omega était elle aussi un clone augmenté comme eux. ( Hormis Echo.) Comprenant qu'Omega était alors en danger Hunter décida de retourner sur Kamino pour la retrouver et la sauver.

De retour sur Kamino, Tarkin fit enfermer l'escouade pour trahison. Pendant leur séjour en cellule, Crosshair subit des modifications par Lama Su et Tarkin pour accroître les effets de la puce sur lui. Du côté du reste de l'équipe, ces derniers parvinrent à s'échapper de leur cellule avec Omega. Ce ne fut que lorsqu'ils s'apprêtèrent à rejoindre leur navette que Crosshair arriva dans le hangar pour les affronter et les mettre aux arrêts. Cette escarmouche sonna un nouveau départ pour l'escouade. Celle-ci avait gagné un nouveau membre tout en perdant un autre en désertant l'armée de l'Empire.

Escouade fugitive :

Après avoir quitté Kamino, Hunter décida de rejoindre Saleucami afin de retrouver Cut Lawquane, un clone déserteur qui serait sûrement en mesure de leur apprendre la manière dont ils pourraient s'y prendre afin de vivre tels des fugitifs en toute discrétion. Avec les contrôles renforcés par l'Empire, la famille de Cut voulut quitter Saleucami pour rejoindre un monde plus sûr. Hunter proposa alors leur aide pour quitter la planète. C'est avec facilité que Tech et Echo parvinrent à pirater le système de l'Empire pour créer de faux codes d'identités permettant ainsi à la famille du clone de quitter la planète sans qu'il ne se fasse arrêter. En effet, l'Empire venait d'instaurer une campagne d'identification qui demandait à tout citoyen d'échanger ses anciens crédits contre des nouveaux, leur permettant d'acquérir un code d'identification pour se faire recenser. Pendant cette mission, l'escouade faillit perdre Omega, qui s'apprêtait à partir avec les Lawquane, mais finalement, elle décida de rester auprès de la Clone Force 99.

Après une escarmouche spatiale pour quitter la planète, le vaisseau subit de nombreux dégâts et Echo tenta de réparer au mieux la navette. Cependant, le condensateur de la navette avait été touché et cela les fit quitter l'Hyper-espace, les faisant finalement se crasher sur la lune Ordo. Alors que Tech et Echo avaient remplacé la pièce, l'équipe se la fit dérober par un dragon de la lune Ordo. Wrecker, qui commençait à subir les effets de sa puce inhibitrice, ne put accompagner Hunter et Omega chercher la pièce. Ce fut finalement Omega qui réussit à récupérer la pièce et qui permit aux clones de quitter la lune.

Alors qu'ils tentèrent de trouver un monde sur lequel ils pourraient couler de jours heureux, la navette de la Clone Force 99 n'eut pas assez de carburant pour se rendre sur la planète choisie par Hunter: Idaflor. Alors l'équipe n'eut d'autres choix que de se rendre sur la lune de Pantora pour trouver du carburant. Là-bas, ils se firent traquer par la chasseuse de primes Fennec Shand car le gestionnaire de hangar: Raspar Six avertit cette dernière de leur présence. C'est avec grande difficulté que les membres de l'escouade parvinrent à semer l'humaine. Celle-ci avait réussi à battre au corps-à-corps Hunter ainsi que Wrecker, et ce n'est qu'après une course-poursuite en air-speeder que Hunter réussit à la semer en faisant exploser son véhicule avec un Pyro Denton. Pour quitter la planète, l'escouade dut faire appel à trois droïdes astromécanos qui étaient sous la responsabilité d'un droïde de protocole du nom de CG-67.

Afin de connaître l'identité de la chasseuse, Echo invita l'équipe à se rendre sur Ord Mantell afin de retrouver Cid, une informatrice qui fut jadis du côté des Jedi. Pour obtenir cette information, le commando dut libérer une jeune rancor du nom de Muchi, capturée par des Zygerriens. Une fois la mission terminée, Cid expliqua à Hunter de l'identité du chasseur de primes qui les pourchassait. Pendant cette mission, la Bad batch délivra également deux Fallen dont une enfant ainsi qu'un humanoïde à la peau saumonée. Finalement, la Clone Force 99 décida de rester vivre sous la protection de Cid, en échange, ces derniers devenaient ainsi ses mercenaires. Pour première mission en tant que tel, Cid les envoya sur Corellia afin de récupérer la tête d'un Droïde Tacticien T dans une usine de destruction. Alors que la mission semblait parfaitement bien se dérouler, les Soeurs Martez firent leur apparition et tentèrent de voler l'objet recherché par l'équipe. Pendant leurs affrontements, les ouvriers de l'usine les repérèrent et activèrent l'alarme de sécurité, faisant ainsi venir de très nombreux droïdes de police sur leur position. Pendant l'escarmouche, Wrecker perdit connaissance après s'être fait toucher plusieurs fois, à cause des effets de sa puce inhibitrice qui prenait petit à petit le contrôle du clone et qui le perturbait. Ce n'est que lorsque son équipe sembla être pris au piège que Wrecker revint sur-le-champs de bataille pour les aider, se faisant ainsi apprécier de Rafa. Pour se sortir de là, Trace eut l'idée de pirater le droïde tacticien T pour contrôler tous les droïdes de combat présents dans l'usine afin qu'ils neutralisent leurs adversaires. Pendant la reprogrammation, Tech téléchargea les données contenues dans le droïde dans un Cylindre codé. La manœuvre réussit et l'escouade ainsi que les deux sœurs purent quitter la planète. Cependant, ce fut un échec pour la Bad Batch car Hunter prit finalement la décision de donner le cylindre codé à Rafa, pour servir leur noble cause plutôt qu'à la donner à Cidd pour la revendre à un inconnu.

Retrouvailles :

Après leur mission avec les soeurs Martez, ces dernières informèrent Rex de la présence des clones sur Ord Mantell. Soucieux de vouloir retrouver ses anciens camarades, Rex prit alors la direction de la taverne de Cid pour retrouver la Clone Force 99. Lors de ces retrouvailles, l'ancien Capitaine expliqua aux clones qu'ils devaient à tout prix faire retirer leur puce inhibitrice, car il s'agissait d'une bombe à retardement. Alors, pour se faire, Rex leur donna rendez-vous sur la planète décharge Bracca. Là-bas, ils utilisèrent le centre médical d'un ancien croiseur de la république pour effectuer les opérations. Cependant, juste avent de l'effectuer, Wrecker tomba totalement sous l'emprise de sa puce et affronta ses amis, et ce ne sera que grâce à l'intervention de Rex que le clone put être arrêté. Après cette mésaventure, toute l'équipe se fit retirer sa puce et Rex partit pour retrouver son poste au sein de la nouvelle rébellion.

L'escouade quant à elle décida de rester un peu pour récupérer de nombreuses pièces détachées afin de les offrir à Cid et ainsi de payer toutes les dettes qu'ils avaient contractés en logeant chez elle. Ce temps permit à la Guilde des ferrailleurs de contacter l'Empire pour leur informer de leur présence sur la planète. Prenant connaissance de cette information, l'escouade de Crosshair prit la direction de la planète, alors accompagné de nombreux clones. La Bad Batch eut du mal à se défaire des griffes de Crosshair qui anticipait toutes leurs actions. Alors qu'ils semblaient pris au piège dans un réacteur du croiseur qui avait été réactivé par leur ancien frère, l'équipe fit exploser la moitié du réacteur de sorte à ce qu'ils puissent se sortir de là. Le réacteur coupé en deux par l'explosion s'affaissa, redirigeant ainsi l'énergie déployée vers le bas, ce qui brûla toutes les forces clones sur place, dont Crosshair. Alors que Hunter et Omega partirent chercher la navette pour évacuer la planète, Cad Bane neutralisa Hunter et s'enfuit avec la petite. Ce n'est que grâce à un signal émit par Omega qu'ils surent où la retrouver : sur Bora Vido.

Une vie de mercenaires :

Pendant leurs services en tant que mercenaires pour Cid, l'escouade fut envoyée pour récupérer des mains du Gang des Rhokais, un reptile qu'Omega appela Ruby. Après cette mission, Cid missionna la Bad Batch de se rendre sur Raxus afin de sauver le sénateur d'une prison impériale. Comprenant qu'il s'agissait d'un ancien ennemi de la République, les clones furent révoltés de devoir mener à bien cette mission. Ils finirent néanmoins par aller au delà de leurs préjugés et sauvèrent le sénateur Avi Sing à l'aide de son droïde de protocole GS-8. Ce fut durant cette mission qu'Omega remboursa l'intégralité de la dette de l'équipe auprès de Cid en remportant d'innombrables parties de Dejarik. Plus tard, Cid leur donna des armes à vendre à la rébellion Twi'Lek formée par Gobi Glie. Pendant cette entrevue, Omega fit connaissance avec la jeune Hera Syndulla, et c'est grâce à ce premier contact que la jeune Twi'Lek pu appeler la Clone Force 99 à l'aide pour délivrer ses parents qui avaient été faits capturés par l'Empire. Hunter n'était pas convaincu par cette mission, la jugeant trop dangereuse, mais Omega sut convaincre ses frères d'aider la Twi'lek. Alors, pendant que Tech Herra et Omega attaquèrent la raffinerie de doonium impériale, Echo et Hunter partirent délivrer les parents de Hera dans un complexe. Pendant leur infiltration, le commandant clone Howzer leur vint en aide, leur permettant de s'enfuir en toute discrétion de la base alors que ce dernier était parti faire un discours de regrets envers ses soldats clones, car il ne supportait plus les agissements de l'Empire.

A leur retour de mission, la Bad Batch apprit que le criminel Roland Durand avait délogé Cid de sa taverne pour en faire son quartier général. Il s'agissait de l'ancien employé de Cid qui lui avait commandé la capture du reptile appelé Ruby. Contraints d'aider Cid au risque qu'elle divulgue à l'Empire toutes les informations les concernant Hunter et ses frères durent l'aider à comploter contre Roland. Pour ce faire, ils durent se rendre dans les anciennes mines de la ville pour passer à travers un passage secret de Cid afin de voler l'épice du dévaronien. Une fois, cela fait, les Pykes s'en sont pris à Roland, mais Cid et la Bad Batch revirent trop tôt à la taverne et croisèrent les Pykes qui leur ordonnèrent de récupérer les épices au risque de devoir tuer la jeune Omega dans le cas contraire. N'ayant guère le choix, le commando retourna dans les mines récupérer les épices après s'être battu contre une colonie d'Irlings. Cela leur permit d'éviter de contracter des dettes ou de la rancune auprès des Pykes.

Destruction de Tipoca City :

Le temps passa et Rex finit par faire appel à la Clone Force 99 pour aller sauver un clone sur la planète Daro. Peu enthousiaste à l'idée de foncer tête baissée dans une mission de sauvetage sans ne connaître aucun paramètre de mission, Hunter se fit convaincre par Echo d'écouter Rex. C'est alors qu'ils partirent sauver le clone commando appelé Gregor du complexe impérial qu'ils ont découverts sur place. A la suite de cette mission, Hunter se fit capturer par l'Empire puis rappatrié sur Kamino par Crosshair. Avant d'aller sauver leur chef, l'escouade déposa Gregor chez Cid. Une fois Hunter retrouvé, Crosshair, qui les avait pris en embuscade, leur proposa une ultime fois de le rejoindre du côté de l'Empire. Pour leur prouver sa sincérité, il n'hésita pas à éliminer les membres de son commando. Malgré cette démonstration de sincérité, la Clone Force 99 refusa de rejoindre l'Empire par convictions idélogiques différentes. Ce fut après cet échange que l'Empire bombarda la ville de Tipoca City. Avec difficulté, l'escouade, aux côtés de Crosshair rejoignit le laboratoire caché de Nala Se et utilisèrent des capsules médicales pour se faire éjecter vers la surface en toute sécurité. Pour ce faire, Azi 3 devait leur ouvrir le passage dans l'océan pour qu'ils évitent de percuter des débris de la ville détruite.

Une fois de nouveau à la surface, ayant rejoint leur navette , Hunter offrit une dernière chance à Crosshair de retrouver son équipe, mais celui-ci refusa et attendit que l'Empire revienne le chercher.