Considérée comme la "flotte personnelle" de l'Amiral et Suprême Commandeur Ackbar, la Troisième Flotte des Forces de Défense de la Nouvelle République commença la Campagne contre les Seigneurs de la guerre depuis l'Espace Bothan. Aux côtés du fer de lance que fût le Home One, figuraient le Maria du capitaine Verrack, le Justice et le Remember Alderaan. Dès le début de la campagne, Ackbar poussa jusqu'à la planète natale des Wookiees, Kashyyyk. En orbite, ses forces affrontèrent celles du Moff Hindane Darcc et du Grand Amiral Peccati Syn. Le Réseau d'Espionnage Bothan, reconnaissant de la protection offerte par la Nouvelle République, avait au préalable saboté deux Croiseur Interdictor Immobilizer-418. De fausses informations, selon lesquelles Treuten Teradoc, alors réfugié dans son fief du Greater Maldrood, se porterait au secours de Syn en cas d'attaque, furent également envoyées. Confiant, Syn jeta ses forces dans la bataille. Cependant, les talents de stratège du Mon Calamari furent nettement supérieurs. Le vaisseau-amiral impérial, le Silooth, fut détruit dans un feu croisé du Home One et du Maria. De nombreux esclaves Wookiees furent libérés et la planète donna accès à six corridors hyperspatiaux. Ainsi, l'Escadron Rogue de Wedge Antilles passa en hyperespace directement pour Brentaal, où l'Amiral Lon Isoto fut battu (et assassiné plus tard par la Directrice des Renseignements Impériaux, Ysanne Isard) et la planète capturée, de même que Soontir Fel, commandant du 181ème Groupe de Chasse.

En l'an 5 après la Bataille de Yavin, Ackbar abandonna le commandement de la Flotte pour se consacrer entièrement à son poste de Suprême Commandeur, laissant Kalback et Willham Burke se charger de Teradoc. Les détachements commandés par les Croiseurs Mon Calamari Justice et Remember Alderaan détruisirent l'avant-garde des forces du seigneur de la guerre en orbite de Togoria. Sur Contruum, planète natale d'Airen Cracken, la jonction fut faite avec la résistance locale qui fut incorporée dans les troupes régulières. Un barrage fut établi sur la Route Commerciale de Perlemia, permettant une division des forces : une branche, aux ordres de Burke, remontant vers les Mondes du Noyau, jusqu'à Brentaal, emportant au passage Colla IV et Chazwa sur l'Amiral impérial Ledre Okins ; quant à Kalback, il reçut le concours de Luke Skywalker pour mener un corps expéditionnaire sur Mindor. Une véritable boucherie orchestrée par le Seigneur Shadowspawn et ses Stormtrooper de Blackhole, au cours de laquelle Kalback perdit la vie.

En +6, l'Amiral Nammo fut nommé à la Troisième Flotte des Forces de Défense, amenant son Defiance dans la bataille. Burke, aidé de Brenn Tantor, poussa depuis Kashyyyk sur Reytha, puis Gyndine et enfin Commenor. Nammo tenta de prendre Bilbringi, mais fut mis en déroute par l'Amiral Teren Rogriss, allié à Turr Phennir, le nouveau chef du 181ème. La Troisième Flotte fut placée de part et d'autre de la Voie Hydienne, pour protéger les opérations sur Coruscant d'éventuels renforts en provenance du Pentastar Alignment du Grand Moff Ardus Kaine. Après la Conquête de Coruscant, la Troisième Flotte laissa la place à la Première Flotte des Forces de Défense de Firmus Nantz et établit ses quartiers en orbite de Kashyyyk.

En +16, Sienn Sconn et son oncle Cryle Cavv, alors à la recherche de l'agent des Renseignements de la Nouvelle République Shandria L'hnnar, offrirent sur un plateau d'argent le Super Star Destroyer de classe Executor Guardian à la Nouvelle République. Le vaisseau capital fut désigné comme vaisseau-amiral de la flotte. La même année, au cours de la Crise de la Flotte Noire, la Force d'Intervention Gemme du Commodore Poqua fut envoyée renforcer la Force d'Intervention Gemmet Cuivre du Croiseur d'Escorte Sacheen Tranchant de la Cinquième Flotte. Le Jantol et le Farlight furent envoyés protéger Wehttam, planète récemment ralliée à la Nouvelle République dans le Secteur Farlax, de peur des Yevethas.

Lors de la Dernière campagne contre les Vestiges, la Troisième Flotte s'illustra, aux côtés de la Quatrième Flotte des Forces de Défense de Garm Bel Iblis et de la Cinquième Flotte d'Etahn A'baht, lors de la Bataille d'Anx Minor ; terrible défaite impériale qui emporta sept vaisseaux de la flotte de Gilad Pellaeon et endommagea sévèrement le SSD Megador. Cette défaite permit la signature des Accords de Bastion entre Pellaeon et le Président de la Nouvelle République Ponc Gavrisom.

Lors de l'Invasion Yuuzhan Vong, la flotte fut stationnée sur Kuat mais on ignore encore dans quelle bataille elle s'illustra. Après la fondation de l'Alliance Galactique, on confia à Wedge Antilles le commandement de la flotte.