Peu après la Bataille d'Endor, la Quatrième Flotte, commandée par l'Amiral Duros Voon Massa, était stationnée dans l'Espace Bothan, en orbite de Bothawui à l'instar de la Troisième Flotte des Forces de Défense. Cette flotte devait, à l'origine, agir comme une force de réserve pour la flotte de l'Amiral Ackbar. Ce fut d'ailleurs pour cela qu'elle ne passa pas à l'action avant l'année 5 après la Bataille de Yavin. Ses opérations commencèrent par le long et terrible siège de Milagro, planète stratégique proche du Secteur Brak. Les forces terrestres de l'Amiral impérial Uther Kermen y affrontèrent celles du Général Duron Veertag pour le contrôle des industries. Sapeurs contre sapeurs dans des galeries, AT-AT contre airspeeders néo-républicains, les villes principales furent les témoins de ce carnage. Toutefois, comprenant qu'il perdait l'avantage, Kermen ordonna un Base Delta Zero sur toutes les installations planétaires, puis passa en hyperespace pour Spirana. Là, il rassembla ses forces et lança une contre-attaque contre les vaisseaux de Voon Massa, et ce alors même que la Présidente en exercice de la Nouvelle République, Mon Mothma, avait une réunion avec lui ! Le Duros repoussa l'attaque, non sans peine, puis s'empara de Spirana.

Un an plus tard, Massa affronta Kermen - désormais Suprême Commandeur des Forces Armées Impériales - en orbite de Denon. Il périt dans les affrontements et fut remplacé par Chel Dorat. Celui-ci brisa les lignes impériales, ouvrant ainsi la voie vers Byblos, Loronar et Corellia. Après la Conquête de Coruscant, la flotte reprit ses quartiers en orbite de Bothawui. Au cours de la Crise de la Flotte Noire, la Force d'Intervention du Transporteur de Flotte Endurance Intrépide, de la Cinquième Flotte, fut renforcée par les Forces d'Intervention Apex et Sandra du Commodore Farley Carson de la Quatrième Flotte. Un détachement fut également envoyé pour protéger Nanta-Ri, dans le Secteur Farlax, de peur d'une invasion de la Ligue Duskhan. Ce fut probablement à la même époque que la flotte fut dirigée par Dif Scaur, futur directeur des Renseignements de la Nouvelle République.

En +17, la flotte, confiée à Garm Bel Iblis, ne fit qu'une bouchée des forces de Natasi Daala sorties du Noyau Profond, en orbite de Columus. Ackbar, de la Troisème Flotte des Forces de Défense, avec les forces de Bel Iblis rapatriées en urgence ainsi que la Cinquième Flotte d'Etahn A'baht, parvint à reprendre Champala, puis Taris. Ils progressèrent vers Tangrene et Ketaris, emportant au passage Agamar. Peu après, la flotte de Bel Iblis contribua à la victoire survenue contre les forces de Gilad Pellaeon lors de la Bataille d'Anx Minor.

Lors de la Guerre contre les Yuuzhan Vong, on ignore à quels combats la flotte participa. Après la fondation de l'Alliance Galactique, la flotte fut confiée à Gilad Pellaeon pour la reprise de Coruscant aux envahisseurs.