La Nouvelle République, depuis la mort du Grand Amiral Thrawn, doit affronter un ennemi redoutable : Nil Spaar, leader de la Ligue Duskhan, le gouvernement des Yevethas basé sur N'zoth, qui a décidé de se tailler un fief épuré de toutes les autres races dans l'Amas de Koornacht. Leia Organa Solo, Présidente en exercice de la Nouvelle République, soutenue par sa famille, mais également par l'Amiral Ackbar et une faction lui étant favorable au Sénat Galactique, décide d'organiser la guerre. Celle-ci est confiée en grande partie au Général Etahn A'baht, commandant de la Cinquième Flotte des Forces de Défense.

Massacres dans l'Amas de Koornacht

Exercice grandeur nature en orbite de Bessimir

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La Purge commence

Le Général Etahn A'baht procède à un exercice baptisé Opération Coup de Marteau, destiné à tester les capacités d'attaque et de défense de sa flotte - entièrement équipée de vaisseaux de la firme Republic Engineering Corporation, tel le Transporteur de Flotte Endurance - afin d'en proposer un compte-rendu au Conseil de Défense du Sénat de la Nouvelle République. Le Général est soutenu par Leia Organa Solo et l'Amiral Ackbar.

Visite de Nil Spaar sur Coruscant

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Nil Spaar, vice-roi de la Ligue Duskhan, décide de se rendre sur le monde-capitale de la Nouvelle République, Coruscant, afin de bien faire comprendre à ses leaders, en particulier à son interlocutrice qui n'est autre que la Présidente Organa Solo, que l'Amas de Koornacht souhaite rester indépendant. Mais entr temps, le vaisseau Inébranlable découvre à bord d'un Star Destroyer Imperial I, le Gnisnal, un ordre de bataille du Commandement Black Sword mettant en évidence le manquement à l'appel de quarante-quatre vaisseaux. Ayddar Nylykerka alerte Ackbar, lequel met le directeur d'Alpha Blue, Hiram Drayson, au courant.

Le déploiement de la Cinquième Flotte

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Malgré son opposition, Leia est obligée de battre en retraite : elle approuve ses ordres initiaux, à savoir envoyer la Cinquième Flotte patrouiller dans le Secteur Farlax. Si Etahn A'baht est relevé de ses fonctions, à la suite de la tragédie de l'Astrolabe révélée par Nil Spaar devant le Sénat Galactique, et remplacé par Han Solo, ce dernier comprend les plans du Dornean : espionner les Yevethas jusqu'à ce qu'ils fassent une erreur.

La Purge Yevethane

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Nil Spaar décide de procéder aux génocides de nombreuses espèces dans l'Amas de Koornacht, dans le Noyau Profond. Mais étant parvenu à s'échapper de sa planète natale, Polneye, touchée elle aussi, un jeune pilote du nom de Plat Mallar réussit à relayer un message qui est capté par un Vaisseau de Reconnaissance Prowler de la Nouvelle République.

Nil Spaar, vice-roi de la Ligue Duskhan

Mission à bord du Vagabond Teljkon

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Proposée par le directeur d'Alpha Blue, Hiram Drayson, à Lando Calrissian, cette mission vise à déterminer quel type de vaisseau est le Vagabond Teljkon. Accompagné de Lobot, C-3PO et R2-D2, l'ancien Baron de la Cité des Nuages de Bespin se lance dans l'exploration de l'intérieur du vaisseau pour déterminer, au grand dam du colonel Ejagga Pakkpekatt, quel type de civilisation était celle des Qella.

Luke Skywalker, à la recherche de ses origines

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Luke Skywalker, contacté dans l'ancienne retraite de son père, Darth Vader, dont il avait fait un refuge, par une Fallanassi dénommée Akanah, se lance sur les traces de sa mère et de son passé. De Lucazec, en passant par Carratos et Teyr, jusqu'à l'Amas de Koornacht, le Maître du Nouvel Ordre Jedi tente de comprendre ses origines, mais sans le soutien de sa jumelle. Cette aventure le conduira jusque sur J't'p'tan, c'est-à-dire en plein cœur de l'Amas de Koornacht.

Objectif : Doornik-319

Patrouille dans le système de Wakiza

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Pour convaincre les sénateurs de l'entrée en guerre contre le vice-roi Nil Spaar, Leia Organa Solo a besoin de davantage de preuves. Etahn A'baht, sur recommandation d'Hiram Drayson, envoie des sondes dans le système de Wakiza pour capter des signaux des vaisseaux de la Ligue Duskhan et convaincre ainsi les derniers réticents.

Bataille de Doornik-319

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Affrontement particulièrement désastreux pour la Nouvelle République et sa Cinquième Flotte, la bataille de Doornik-319 constitue le premier avertissement du Conseil Dirigeant de la Nouvelle République à l'attention de la Présidente Organa Solo. Malgré cet avertissement et cette défaite contre les Yevethas, elle est convaincue que la guerre doit continuer.

Bataille de Doornik-319

Contre-attaque néo-républicaine

Assaut contre le Tampion

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Nommé Commodore des Forces d'Intervention détachées des autres flottes néo-républicaines pour la Cinquième Flotte, Han Solo s'y rend à bord de la navette Tampion. Malheureusement, la trahison du sénateur Tig Peramis et l'envoi des coordonnées de vol permettent sa capture par Nil Spaar, qui compte s'en servir comme monnaie d'échange.

Bataille d'ILC-905

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Au cours d'une patrouille dans le système d'ILC-905, la Force d'Intervention Aster du Commodore Brand découvre un chantier en orbite de la troisième planète. Les K-Wings du 24ème Escadron de Bombardement menant la marche, trois croiseurs de type Croiseur Aramadia sont détruits et le pilote Esege Tuketu, ainsi que son canonnier Skids, parviennent à détruire une grande partie du chantier. Nil Spaar, furieux, enregistre un message à l'attention de Leia, dans lequel son mari est passé à tabac.

Bataille de N'zoth

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Forte des pleins pouvoirs donnés en vertu de l'article 5 de la Charte de la Nouvelle République, Leia ordonne la contre-attaque générale. Pendant ce temps, Chewbacca, son fils Lumpawarrump et des cousins Wookiees passent à l'attaque sur le Fierté de Yevetha pour libérer Han des griffes de Nil Spaar. Quant à la Cinquième Flotte et aux forces yevethanes, elles livrent leur dernier combat en orbite de N'zoth. Les Néo-républicains sont aussi aidés par un mouvement de résistance impérial, dirigé par le Major Sil Sorannan, qui parvient à faire passer tous les vaisseaux de la Flotte Noire en hyperespace, ne laissant que les croiseurs Aramadia. Ces derniers sont finalement détruits, s'accompagnant de lourdes pertes du côté des troupes de Coruscant.