3 943 années avant la fin de la Guerre des Clones et la Grande Purge des Jedi, l'Ordre Jedi avait déjà été au bord de la destruction après les évènements de la Guerre Civile des Jedi et à cause de la Seconde Guerre Civile des Jedi, au cours de laquelle les Sith refirent surface pour annihiler les derniers Jedi.

Première Purge des Jedi

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La Première Purge des Jedi débuta en 3 952 avant la Bataille de Yavin et se termina l'année suivante, en 3 951 BBY. Elle atteignit son apogée lors de l'attaque de Nihilus sur Katarr et se termina par la mort de Kavar, Zez-Kai Ell et Vrook Lamar sur Dantooine.

Conclave de Katarr

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Sous l'impulsion d'Atris, le Conclave de Katarr avait réuni plusieurs des derniers membres du Conseil des Jedi afin qu'ils puissent parvenir à analyser la menace qui tuait les Jedi un à un. Cependant, Atris laissa filtrer des informations qui poussèrent Darth Nihilus à interrompre la rencontre.

Destruction de Katarr

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Katarr fut détruite par Darth Nihilus lorsqu'il vint se nourrir de l'essence de la Force des Miraluka et des Jedi présents lors du Conclave précédent. Son pouvoir était si intense qu'il détruisit la colonie des Miraluka ainsi que la planète elle-même.

Destruction de Peragus

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Aprèsle retour de l'Exilée Jedi dans l'espace républicain, elle fut rapidement attaquée par Darth Sion qui s'en prit à celle qu'il considérait comme la dernière des Jedi. Après une première échauffourée, il la retrouva sur Peragus dont il provoqua la destruction.

Bataille de Khoonda

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Se mettant à la recherche des derniers Jedi survivants, l'Exilée se rendit sur Dantooine à la recherche de Vrook Lamar. Cependant, en le sauvant des griffes d'Azkul, elle poussa ce dernier à déclencher plus tôt que prévu la bataille de l'avant-poste de Khoonda.

Guerre Civile Onderonienne

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L'Exilée Jedi se rendit également sur Onderon à la recherche du Maître Jedi Kavar et fut impliquée malgré elle dans de nombreux conflits opposant le général Vaklu et ses partisans à la Reine Talia et les royalistes.

Bataille de Telos IV

Détail des opérations : ici Après que le colonel Tobin ait donné des informations à Darth Nihilus, informartions selon lesquelles une Académie Jedi se trouverait sur Telos, le Seigneur Sith mit en branle son armada et lança l'attaque sur la Station Citadelle.

Affrontement final sur Malachor V

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Darth Traya se révéla et tua Zez-Kai Ell, Vrook Lamar et Kavar. Puis elle se rendit sur Telos IV, peu avant la fameuse bataille, pour y corrompre Atris. Elle s'échappa pour son ultime destination : Malachor V et l'Académie de Trayus pour reprendre le pouvoir et attendre l'Exilée Jedi, qui ne tarda pas à venir pour décider du destin de la Galaxie, ainsi que de la Force elle-même.