Désormais à la tête des vestiges des Légions de la Sith de l'Empire Sith de Revan suite à sa prise de pouvoir à la fin de la Première Guerre Civile des Sith, Darth Nihilus, assisté par Darth Sion et Darth Traya, parvint à franchir le cap dont tous les Sith rêvaient depuis la Grande Guerre de la Sith: annihiler l'Ordre Jedi. Pour ce faire, il développa les Assassins Sith, des Jedi convertis au Côté Obscur après avoir été vraisemblablement capturé. Leur mission était de traquer et tuer les Jedi où qu'ils se trouvent, de manière à épurer leur Ordre d'une manière très efficace. Des milliers de Jedi périrent de cette façon, réduisant quasiment à un millier, voire plusieurs centaines, le nombre de Jedi. Lors du Conclave de Katarr, en 3 952 avant la Bataille de Yavin, Nihilus sortit de l'hyperespace à bord du Ravager et bombarda la planète. Les grands Maîtres Jedi périrent sur la planète, fauchant irrémédiablement la résistance des ennemis des Sith: Dorak, Vandar Tokare et Zhar Lestin furent parmi les morts.

De même, Darth Sion emprisonna Lonna Vash sur Korriban et la soumit à la torture jusqu'à ce qu'elle en meure. Enfin, lorsque Darth Traya, également connue sous le nom de Kreia, se révéla une nouvelle fois au grand jour, elle tua Vrook Lamar, Zez-Kai Ell et Kavar sur Dantooine. Mais c'était sans compter sur l'intervention de la nouvelle grande figure de l'Ordre Jedi, l'Exilé Jedi, qui tua les trois Seigneurs Sith et fit renaître de ses cendres le défunt Ordre, qui ne comptait plus qu'une centaine de membres.