Dans les semaines suivant la fin de la Bataille de Malachor V, Revan et Malak se rendirent de nouveau sur Dantooine, non pas pour redevenir Jedi, mais pour enquêter sur les traces de ruines qu'il avait trouvé sur Malachor: celles d'une ancienne civilisation qui avait bâti une bâtiment incroyable, capable de produire des vaisseaux à l'infini. Les enregistrements trouvés dans les ruines leur apprirent l'existence de la Forge Stellaire. Pour la retrouver, il leur fallait assembler plusieurs morceaux d'une Carte Stellaire qui, une fois complétée, donnerait la position de la Forge. Une fois la carte assemblée, Revan et Malak prirent les titres de Seigneurs Noirs de la Sith. Revan devint le maître et Malak son Apprenti Sith.

Ils construisirent alors une immense flotte de guerre pour détruire la République et faire renaître le défunt Empire Sith anéanti par les Jedi. Cette guerre allait être surnommée Seconde Guerre des Sith ou Guerre Civile des Jedi par les historiens contemporains. Plus dévastateur encore que celui mené contre Exar Kun et Ulic Qel-Droma, ce conflit attira vers le Côté Obscur de nombreux Jedi hypnotisés par le grand charisme de Revan. Balayant chaque attaque de la flotte Républicaine, Revan remportait victoire sur victoire, à tel point que les médias Républicains annoncèrent une grande menace et que de nombreux citoyens rejoignent le Seigneur Noir pour faire partie de ses soldats. Comment, dès lors, croire à la victoire? Les Jedi étaient loin d'être sans ressource, surtout depuis que la jeune Bastila Shan s'était entraînée à la Méditation de Combat, un pouvoir développé deux siècles auparavant pour pouvoir surprendre les flottes ennemies et mettre des atouts du côté de la République.

Mais malgré ce pouvoir, la République ne pouvait rien faire contre la production incessante de vaisseaux de la Forge Stellaire alors que les chantiers navals Républicains produisaient en cinq fois moins. En accord avec le Conseil des Jedi, la République décida de monter une embuscade à Revan avec un commando mené par Bastila Shan et plusieurs autres Jedi.

La padawan Bastila Shan face à Darth Revan

Il était évident que la jeune Jedi ne ferait pas le poids contre un Seigneur Noir de la Sith, mais le destin en décida autrement. Conformément à la tradition Sith, Malak choisit ce moment pour tirer sur le vaisseau amiral de son ancien maître afin de l'éliminer avec les Jedi. Alors que Revan s'effondrait sur le pont de son vaisseau amiral, grièvement blessé, Bastila Shan créa un lien avec lui afin de le garder en vie. Ramené devant le Conseil des Jedi, tous les Maîtres Jedi utilisèrent la Force pour « reprogrammer » son esprit et faire de lui un homme nouveau, effaçant toutes traces de son passé de Seigneur Noir.

Bastila Shan quelques instants après la chute de Revan

Mais Malak était toujours vivant et menait la vie dure à la République, contrairement à Revan qui laissait le choix aux planètes conquises de le rejoindre librement ou être annexées par la force. Malak préférait d'abord anéantir puis annexer par la force, tout en traquant les Jedi où qu'ils soient. Surtout Bastila Shan, qui continuait de lui donner du fil à retordre à bord de l'Endar Spire, son vaisseau amiral. En orbite de la planète Taris, Malak retrouva le vaisseau de la Jedi et le détruisit, avec Revan, Carth Onasi et Bastila Shan à son bord. Fort heureusement, ces trois derniers réussirent à s'en tirer et se crashèrent sur la planète dans des capsules de sauvetage. Hélas, ils furent séparés. Revan et Carth se mirent à la recherche de Bastila dans les bas fonds de la cité de Taris. Un gang de malfrats, les Vulkars Noirs, avaient retrouvé Bastila et l'avaient emprisonnée. Revan arriva à son secours. Ils s'enfuirent de la planète avec de nouveaux compagnons : Mission Vao, Zaalbar, Canderous Ordo et T3-M4 à bord de l'Ebon Hawk, un vaisseau volé à Davik Kang, le patron d'une association de malfrats nommée l'Echange. Alors qu'ils décollaient, Malak ordonna le bombardement orbital de la planète, espérant ainsi tuer Bastila Taris fut anéantie. Le groupe de l'Ebon Hawk, sous la direction de Revan, se dirigea vers Dantooine afin que l'ancien Seigneur Noir de la Sith puisse redevenir un Jedi, malgré l'opposition de certains membres du Conseil des Jedi. Mais Bastila réussit à convaincre ses membres les plus récalcitrants, sans que Revan efface l'animosité qui lui était dû. Peu après avoir redécouvert les bases de la culture Jedi, l'ancien Seigneur Noir et Bastila se rendirent dans les ruines d'un temple Rakata, la civilisation qui avait construit la Forge Stellaire. Ils y découvrirent le premier morceau de carte, avant de trouver ceux de Kashyyyk, Tatooine, Manaan et Korriban.

Même traqué par les Sith, il était difficile de rompre le lien qui unissait les membres du groupe de l'Ebon Hawk à Revan. Ils avaient foi en lui, comme de nombreux soldats au cours des Guerres Mandaloriennes. Il était redevenu le Jedi le plus puissant de la galaxie et semblait bien prêt à arrêter Malak avant qu'il ne fasse renaître de ses cendres l'Empire Sith. Peu après avoir assemblé les morceaux de la Carte Stellaire, les compagnons tombèrent entre les mains des Sith, à bord du Leviathan. Revan et ses amis se retrouvèrent sur le pont du vaisseau amiral des Sith avant de tuer Saul Karath et ses sbires. Mais ce dernier annonça à Carth Onasi que l'homme qui les menait n'était autre que l'ancien Seigneur Noir de la Sith. L'ancien soldat Républicain eut alors le sentiment d'avoir été trahi, non pas par Revan qui ignorait tout de lui même, mais par Bastila Shan qui leur avait menti. Mais, au moment de quitter le navire, Darth Malak les retrouva et combattit Bastila Shan. Cette dernière fut défaite et Malak la soumit à la torture pendant plusieurs jours d'affilés afin de la faire plier au Côté Obscur. Revan, quant à lui, perdit sa plus précieuse alliée, mais il savait qu'il pouvait compter sur son groupe, notamment Juhani et Jolee Bindo, deux autres Jedi. Bastila devint alors la nouvelle apprentie de Darth Malak après qu'elle avoir succombé au Côté Obscur. Elle remplaça alors le défunt Darth Bandon, tué par Revan sur Kashyyyk.

Une fois arrivé sur Rakata, la planète au-dessus de laquelle flottait la Forge Stellaire, Revan et ses compagnons se dirigèrent vers le Temple de la Forge et durent combattre Bastila.

Cette dernière demanda à Revan de revenir vers le Côté Obscur pour éliminer Darth Malak et de reprendre son titre de Seigneur Noir de la Sith pour gouverner la galaxie. Mais il refusa, préférant servir le Côté Lumineux de la Force que de se soumettre à la tentation. Bastila retourna sur la Forge Stellaire et Revan accompagné de son groupe sur l'Ebon Hawk. Ils se joignirent à la force d'assaut de la République et entreprirent d'aborder la Forge afin d'aller combattre Malak en personne. Revan, avant de combattre le Seigneur Noir, fut confronté à la jeune Jedi, qu'il réussit à détourner du Côté Obscur par son amour. La jeune femme décida d'utiliser alors son pouvoir de Méditation de Combat afin que la flotte de la République puisse remporter la victoire sur la flotte Sith.

La bataille entre la République et les Sith autour de la Forge Stellaire

L'ancien Seigneur Noir de la Sith allait rencontrer le nouveau, le maître contre l'apprenti, deux anciens amis qui allaient s'entretuer. Au cours du duel, Malak utilisait les corps de Jedi de Dantooine précédemment bombardée mis en stase afin de régénérer sa vie. Mais Revan était le plus fort, et il tua Malak. Peu après, la Forge Stellaire fut détruite par la flotte de la République, et les compagnons de l'Ebon Hawk purent s'échapper à temps.

Après la Bataille de la Forge, Revan, Bastila, Carth Onasi et tous les autres, furent accueillis comme des héros par la République et l'Ordre Jedi. Mais Revan avait compris ce qu'il avait été, et ce qui n'était pas sans poser des problèmes sur son état psychique. Pour son bien, comme pour celui de sa compagne, Bastila, il préféra couper les ponts et partir dans la Bordure Exétieure afin de refléchir sur qui il était et ce qu'il devait accomplir dans la galaxie. Bastila, quant à elle, lui annonça qu'elle attendrait son retour auprès d'elle. C'est ainsi que s'acheva la Guerre Civile des Jedi. Mais alors que la paix regagnait la République, l'ombre réapparaissait. Sur Malachor V, au sein de l'Académie Trayus, Darth Nihilus et Darth Sion s'alliaient pour le pire (mais pas le meilleur) et assemblaient une flotte pour combattre de nouveau la République. Les Sith allaient de nouveau revenir mettre à sac la galaxie, mais s'était sans compter sur la réapparition d'un autre ancien suivant de Revan: l'Exilé Jedi. Après la Guerre Civile, venait la Seconde Guerre Civile des Jedi.