La Destruction de Peragus eut lieu cinq années après la Guerre Civile des Jedi, au cours de la Seconde Guerre Civile des Jedi. La destruction du complexe fut causée par l'arrivée à bord de la station de l'Exilée Jedi, accompagnée de T3-M4 et de Kreia,

Le cargo de la Jedi, qui avait été attaqué par le Harbinger, avait réussit à fuir jusqu'au champ d'astéroïde de Peragus II. Grâce à l'aide de T3-M4 et 3C-FD, le cargo put atteindre le complexe mais les réjouissances furent de courte durée. En effet, alors qu'elle essayait de quitter Peragus en compagnie d'Atton Rand, Kreia et T3-M4, un croiseur de classe Hammerhead vint s'amarrer à la station.

Le Harbinger tente de stopper l'Ebon Hawk

Ne pouvant rejoindre le hangar de l'Ebon Hawk qu'en passant par le Harbinger, l'Exilée et ses compagnons rencontrèrent de nombreux Assassins Sith ainsi que leur maître, Darth Sion. Kreia décida de faire face au Seigneur Noir des Sith tandis que l'Exilée et Atton rejoignaient T3 avant de rallier le cargo. Kreia perdit sa main gauche dans la confrontation mais parvint à rejoindre l'équipage de l'Ebon Hawk, qui put finalement fuir Peragus.

Pourtant, Darth Sion n'en resta pas là et, aux commandes du Harbinger, se mit à poursuivre l'Ebon Hawk pour détruire celle qu'il considérait comme la dernière des Jedi. Cependant, aucun des tirs ne parvint à toucher le cargo. Au contraire, tous les tirs allaient frapper les astéroïdes de Peragus qui, chargés de carburant, explosèrent sous la chaleur émise par les lasers. Ceci déclencha une réaction en chaîne qui détruisit complètement le champ d'astéroïdes et le complexe minier de Peragus.

Peragus sur le point d'exploser

Sion n'était pas parvenu à détruire l'Ebon Hawk qui passa en hyperespace pour rejoindre Telos IV. On ne sait pas ce qu'il advint du Harbinger mais on suppose qu'il ne fut que gravement endommagé. La Destruction de Peragus eut également pour conséquences de stopper l'approvisionnement de la Station Citadelle qui dépendait de ce carburant pour pouvoir rester en orbite autour de Telos. On sait que, plus tard, le problème serait réglé par l'Exilée Jedi qui signerait un contrat avec Vogga le Hutt pour qu'il approvisionne la station à partir de Sleheyron.