La Second Flotte fut confiée à l'Amiral Hiram Drayson, un proche de Mon Mothma natif de Chandrila tout comme elle. Mais l'Amiral Ackbar lui adjoignit trois de ses protégés pour mieux le surveiller : Kalback, Nammo et Ragab. Cette flotte des Forces de Défense de la Nouvelle République devait protéger le monde-forteresse de Mon Calamari et ses précieux chantiers navals des incursions de la Marine Impériale. Drayson envoya une partie de sa flotte sur Emmer, un monde-forteresse de l'Empire Galactique, et remporta une éclatante victoire, notamment grâce aux Y-Wing du Colonel Horton Salm. Cependant, des espions des Renseignements Impériaux découvrirent la route hyperspatiale pour se rendre de Hast jusqu'à la planète des Mon Calamari. Les flancs des néo-républicains dégarnis par l'absence de la Seconde Flotte, l'Amiral impérial Llon Banjeer, allié au puissant seigneur de la guerre Zsinj, parvint à mettre en place une force hétéroclite de transporteurs de Chasseurs TIE et Bombardiers TIE, effectuant un raid sur les chantiers navals de Hast. Une trentaine de vaisseaux capitaux des Forces de Défense furent détruits ou gravement endommagés - dont l'Emancipator et le Liberator -, obligeant par là même un repli de Drayson et prodiguant un répit supplémentaire à Treuten Teradoc et Zsinj.

En l'an 5 après la Bataille de Yavin, Drayson s'empara de Felucia. La Seconde Flotte mit un terme aux Massacres Stenax, en infligeant une cuisante défaite aux aliens en orbite de Tharkos, quand ceux-ci menacèrent d'envahir la Gordian Reach. En +6, l'Amiral Ragab fut défait par Zsinj à Paqualis et l'Amiral Nammo fut nommé à la Troisième Flotte des Forces de Défense.

En l'an 8, après la libération d'Elom, la Seconde Flotte prit ses quartiers en orbite de la planète. Lors de la Crise de la Flotte Noire, elle remplaça la Première Flotte des Forces de Défense dans la défense de Coruscant. L'Amiral Tolokus fut dépêché pour renforcer la Cinquième Flotte avec ses Forces d'Intervention Boulier et Teresa. Lors de l'Invasion Yuuzhan Vong, stationnée sur Ralltiir, la flotte échoua à ralentir les forces extragalactiques de s'emparer de Coruscant. Après la fondation de l'Alliance Galactique, Garm Bel Iblis commanda la flotte.