Alors que le Sénat venait tout juste de voter la taxation des routes commerciales, le Vice-Roi Nute Gunray fut outré de constater que, une nouvelle fois encore, le Sénat cherchait à mettre à mal les intérêts de la Fédération du Commerce et de ses activités, comme si la limitation de l'armement de la Fédération n'avait pas suffit ! C'est alors que Nute Gunray fut contacté par le Seigneur Sith Darth Sidious qui opérait pour la première fois depuis les ombres. Sous l'impulsion de ce dernier, en 32 avant la Bataille de Yavin, Nute Gunray décida de protester contre les préjudices que le Sénat imposait à la Fédération en organisant un blocus sur la petite planète pacifique de Naboo. De plus, afin de légaliser son occupation sur la scène politique, Gunray chercha à forcer la Reine Amidala de Naboo à signé un traité de légalisation d'occupation.

La nouvelle des agissements de Gunray ne mit pas longtemps pour ébranler le Sénat Galactique sur Coruscant et lever des mouvements de protestation interminables. Le Chancelier Suprême Finis Valorum, alors à la tête du Sénat, décida d'agir seul afin de mettre un terme au blocus au plus vite. Il envoya secrètement deux ambassadeurs Jedi prendre contact avec Nute Gunray en orbite de Naboo. Mais entre temps, Darth Sidious avait réagi et il ordonna à Nute Gunray de ne pas négocier et de tuer les Jedi immédiatement. Mais les deux Jedi n'étaient pas nés de la dernière pluie : Qui-Gon Jinn et Obi-Wan Kenobi sentirent le piège tendu par Nute Gunray à leur intention et parvinrent à quitter le vaisseau amiral, puis à s'échapper sur Naboo. Ils parvinrent également à intercepter la Reine Amidala qui devait être conduite auprès de Gunray pour signer le traité. En forçant le blocus, ils s'enfuirent avec elle en direction de Coruscant. En effet, Padmé Amidala, la plus jeune Reine que Naboo avait connu, avait décidé d'aller plaider sa cause directement devant le Sénat Galactique. Mais, devant l'inefficacité des politiciens et l'incapacité de Valorum à ramener l'ordre, la Reine Amidala choisi de retourner sur Naboo afin de repousser la Fédération du Commerce par les armes.

Se rendant auprès de Boss Nass, dirigeant des Gungans qui habitaient les marais de Naboo, Amidala parvint à le convaincre de mener une guerre commune pour repousser l'envahisseur. Les Gungans prirent donc les armes et allèrent à la rencontre des Chars d'assaut et des droïdes de combats de la Fédération du Commerce. Mais la bataille tourna très vite en leur défaveur et la Fédération du Commerce fit les Gungans prisonniers, du moins jusqu'à ce qu'Anakin Skywalker détruise le vaisseau de contrôle droïde en orbite, donnant ainsi la victoire à Boss Nass et à ses pairs. De son coté, Padmé Amidala, accompagnée desa garde et des deux Jedi, se rendit à Theed, la capitale de Naboo. Leur plan visait à capturer le Vice-Roi et le contraindre à quitter la planète. Usant de plusieurs diversions et de leurres, la Reine Amidala parvint à pénétrer dans le palais et à capturer le Vice-Roi et Rune Haako, mettant ainsi un terme au blocus. Mais, entretemps, le combat avec le Seigneur Noir de la Sith Darth Maul avait coûté la vie à Qui-Gon Jinn dans la salle des générateurs du palais. Le Vice-Roi Nute Gunray fut ensuite renvoyé sur Coruscant pour y être jugé. Les Naboo et les Gungans purent alors fêter ensemble leur liberté retrouvée et l'émergence d'une nouvelle alliance entre leurs deux peuples.