Cato Neimoidia était désormais le quartier général de la Fédération du Commerce suite à la prise de Neimoidia par les troupes de la Grande Armée de la République. Nute Gunray, accompagné de Rune Haako, s'était réfugié dans la citadelle neimoidienne afin d'attendre un éventuel message de Darth Sidious lui ordonnant de quitter la planète au plus vite et de rallier un éventuel rendez-vous avec le Conseil Séparatiste. Cependant, après la Bataille de Deko Neimoidia et la Bataille de Koru Neimoidia, marquées toutes deux des victoires républicaines, l'attente devint de plus en plus inquiétante. Comme pour satisfaire le jeu de la République, Sidious avait pris un malin plaisir à faire attendre son serviteur neimoidien. L'objectif officiel était de capturé le Vice-roi de la Fédération et de le livrer aux autorités judiciaires républicaines qui en auraient fait leur affaire. Néanmoins, Cato Neimoidia ne pouvait échapper à la conquête républicaine afin que le Chancelier Suprême Palpatine fusse accueilli en libérateur suite à la défaite de la Bataille de Duro, qui marquait un sérieux revers pour la République dans les Colonies.

D'une part, Obi-Wan Kenobi, Anakin Skywalker et le Commandant Cody du 212ème Bataillon d'Attaque devaient se charger de mener l'assaut contre la citadelle occupée par d'importantes forces de droïdes de combats et des Légionnaires Neimoidiens de la force de défense planétaire. D'autre part, Jan Dodonna commandait trois Destroyers stellaires Venator ainsi qu'une importante force de frappe républicaine visant à détruire les installations au sol et de résister le plus longtemps possibles aux Vaisseaux de Contrôle de la Fédération du Commerce, ainsi qu'aux croiseurs de classe Lucrehulk. Les chasseurs RCO-170, V-Wing de l'Escouade Sept et les canonnières républicaines furent lâchés dans le ciel de l'hémisphère Ouest de la planète afin de s'emparer au plus vite de la tour de contrôle des vaisseaux de la Fédération. L'Escouade mena un bombardement aérien en règle qui détruisit une partie seulement des forces droïdes au sol, sans pour autant atteindre les turbolasers de défense.

Les canonnières déployèrent rapidement les soldats clones qui attaquèrent le générateur de bouclier et le désactiva. Cependant, les turbolasers entrèrent en action et balayèrent les forces républicaines qui furent obligés de se replier jusqu'aux premiers remparts de la citadelle. C'est à ce moment là qu'une diversion fut entreprise afin de permettre à Kenobi, Skywalker et Cody, ainsi que ses hommes, de pénétrer dans l'antre de la Fédération par le biais des fermes de champignons installées sous la structure défensive de la citadelle. Ainsi, les forces ennemies étaient loin de se douter, comme sur Deko Neimoidia, que la Grande Armée allait surgir du sol. Les Jedi se lancèrent sur les traces de Nute Gunray et de sa suite dans les niveaux supérieurs de la forteresse. Cependant, Anakin Skywalker, lancé à ses trousses, arriva au dernier moment dans le hangar et vit la Navette Neimoidienne du Vice-roi décoller.

Même si Gunray s'était échappé, ce dernier avait commis une grave erreur : il avait en effet laissé sa Mécanochaise qui lui servait de récepteur pour les hypercommunications, notamment celles avec Darth Sidious. C'était en effet le même modèle qu'Obi-Wan Kenobi avait vu sur Naboo alors qu'il n'était qu'un Padawan. La République, et plus particulièrement les Jedi, allait désormais pouvoir s'emparer du Seigneur Noir de la Sith et mettre fin à la guerre puisque c'était en effet ce dernier qui tirait les ficelles. La mécanochaise fut donc confiée aux Services de Renseignements de la République afin de décrypter le code de communications de leurs ennemis. Il s'agissait d'une double victoire républicaine : les Colonies étaient désormais libérées de toute menace Séparatiste, tant sur le plan tactique qu'idéologique, mais la possession de l'outil de travail de Gunray allait pouvoir renseigner la République sur les agissements des Séparatistes. Kenobi et Skywalker, Cody et ses hommes quittèrent Cato Neimoidia pour laisser la place à Plo Koon, chargé de mater la résistance neimoidienne installée dans les cavernes de la planète.