En +41,5 après Yavin, le Chevalier Jedi Jaden Korr et ses compères de voyage, le capitaine Khedryn Faal et son copilote céréen Marr Idi-Shael, découvrirent l'existence d'un complexe secret abandonné dans la bordure extérieure. L'exploration du bâtiment leur permit d'apprendre qu'il s'agissait d'un centre où étaient pratiquées des expériences sur le clonage d'êtres sensibles à la Force. Jaden et Khedryn affrontèrent et éliminèrent l'un d'entre eux, un dénommé Alpha, qui était le clone du Maître Jedi Kam Solusar, mais ils n'avaient pas pu empêcher le reste du groupe de clone de prendre la fuite.

Retour sur Fhost

Après avoir quitté la lune gelée où ils avaient découvert les clones, Jaden avait obtenu l'autorisation auprès de Luke Skywalker de former Marr aux arts de la Force, en le prenant comme apprenti. Le Céréen avait en effet montré ses capacités à utiliser la Force au cours de sa propre mission auprès du Jedi Relin Druur, alors que ses compères se démenaient sur la lune gelée. Jaden, Khedryn et Marr étaient décidés à retrouver et à stopper les clones fugitifs mais ils ne savaient pas où chercher. Aussi firent-ils escale sur la planète la plus proche, Fhost, où ils découvrirent par chance que les fugitifs s'y étaient également rendus. En quête de médicament pour soigner les maladies dues au clonage dont ils souffraient, ces derniers avaient pris d'assaut l'hôpital de la modeste ville principale. Chacun des clones était en effet défectueux et avait besoin d'injections régulières pour ne pas succomber à une maladie incurable. Seul l'un d'entre eux, le plus abouti nommé Soldier, semblait ne pas être affecté.

Le groupe de Jaden se lança ainsi à son tour à l'assaut de l'hôpital, mais les clones étaient déjà en train de prendre la fuite. Dans leur précipitation, Jaden tomba nez à nez avec Soldier et découvrit, ébahi, qu'il s'agissait de son propre clone ! Cependant, lui et Marr ne purent empêcher le groupe de clones de prendre à nouveau la fuite. Pendant ce temps, Khedryn avait pris l'initiative d'inspecter la plateforme d’atterrissage au sommet de l'hôpital et se retrouva bien malgré lui sur la route des clones, qui cherchaient à s'enfuir en volant un transporteur qui stationnait là. Le capitaine fut mis hors combat et emmené par les clones dans leur fuite. Lorsque Jaden et Marr arrivèrent à leur tour au sommet de l'hôpital, il était déjà trop tard. Ils prirent immédiatement les commandes du Junker pour continuer leur traque et sauver leur compagnon.

La quête de Mère

Après leur fuite de Fhost, les clones n'avaient plus pour objectif que de retrouver "Mère", une mystérieuse entité avec qui l'une des clones, Seer, était en contact régulier via la Force. Cet objectif devint pour Seer une sorte de quête divine, Mère leur promettant la guérison. L'ensemble des clones s'était ainsi fédéré autour de ce même objectif. Seul Soldier, qui était toujours un peu à l'écart du groupe en raison de sa bonne santé, semblait douter des prédictions de Seer. Mais devant l’insistance des autres, il se plia à les conduire au long de ce voyage. Cependant, les clones devaient d'abord s'occuper de Khedryn. Ils décidèrent de l'éjecter dans l'espace pour se débarrasser de lui, le clone Runner étant chargé d'accomplir le travail. Mais alors que ce dernier conduisait le capitaine vers sa mort, il fut attaqué par un Umbaran du nom de Nyss Nenn. Ce dernier disposait d'un pouvoir permettant de couper les êtres sensibles de la Force et de désactiver les sabres laser. L'Umbaran parvint sans mal à tuer le clone, et décida finalement d'épargner Khedryn, jugeant qu'il n'était pas nécessaire de le tuer. A la place, il le mit aux fers et se dirigea vers le cockpit. Sur sa route, Nyss tomba nez à nez avec la clone Hunter et il l'élimina à son tour. L'Umbaran travaillait en fait avec sa sœur jumelle, Syll Nenn, pour le Sith Unique. Ils tenaient leurs ordres de Darth Wyyrlok lui-même et avaient pour objectif de capturer Soldier, le clone de Jaden. Lorsqu'il trouva les deux derniers clones, Soldier et Seer, dans le cockpit, l'Umbaran parvint à les maitriser grâce à son pouvoir et à les faire prisonniers. En même temps, le Junker arrivait dans le système, et Nyss négocia l'échange de Khedryn contre Jaden. Marr fut contre cette idée, suspectant un piège, mais Jaden était décidé à prendre le risque pour sauver le capitaine. Il enfila une combinaison spatiale et s'éjecta en direction du transporteur désormais contrôlé par Nyss pour procéder à l'échange.

Khedryn Faal

Mais pendant ce temps, Khedryn avait été retrouvé par une enfant clone, Grace, qui lui avait permis de se libérer. Il parvint à son tour à libérer Soldier des entraves de l'Umbaran avant de prendre la fuite dans une capsule de sauvetage. L'Umbaran, incapable de maitriser à nouveau Soldier, prit lui aussi la fuite de la même manière. Il fut immédiatement récupéré par sa sœur Syll, qui était elle aussi arrivée dans le système. Cependant, Jaden était toujours dans sa combinaison et Syll décida de les éliminer, lui et Khedryn, en leur fonçant dessus. L'opération fut cependant un échec et la collision fut telle que Syll perdit la vie dans le choc. De son côté, la combinaison de Jaden fut percée et il manqua de mourir d'asphyxie. Il fut sauvé in-extremis par Marr qui avait revêtu lui aussi une combinaison spatiale pour se porter à son secours.

Après s'être rapidement remis de leur aventure, les trois compères à nouveau réunis reprirent la traque des trois derniers clones, qui avaient déjà quitté le système. De son côté, Nyss découvrit le décès de sa sœur jumelle et en fut terriblement impacté. Il décida de faire de la traque et de l'élimination de Jaden et de Soldier sa priorité. Cela s'accordait de plus avec la mission que lui avait confiée Wyyrlok, de remplacer le vrai Jaden par un clone fabriqué par les Sith, l'Itération, afin de disposer d'un agent dormant au sein du Nouvel Ordre Jedi. Avant de poursuivre ses proies, l'Umbaran décida de réveiller l'Itération de sa stase afin qu'elle l'épaule dans sa tâche.

Auprès de Mère

Menés par Seer, les clones restants finirent par arriver à destination. Ils découvrirent un système stellaire inhospitalier et baigné dans de puissantes radiations. Ils aperçurent cependant leur objectif, une étrange station spatiale d'origine Rakata qui était reliée à un des planétoïdes du système par un gigantesque tube. Les clones parvinrent à débarquer à bord de la station et découvrirent qu'il s'agissait d'une sorte de mélange de technologie et de matière organique. Seer était quant à elle surexcitée, recevant les dernières indications de Mère pour les rejoindre. Les clones empruntèrent le tube et descendirent à la surface du planétoïde dans une sorte de grand ascenseur organique avant d'arriver dans une gigantesque salle au centre de laquelle se tenait Mère. Seer s'avança pour se présenter à elle et Mère l'enroba de son corps constitué de filaments lumineux, un signe que Seer considéra comme affectueux... avant qu'elle ne soit étreinte et immobilisée et que Mère ne révèle son véritable objectif : absorber le corps de la clone pour en aspirer son énergie. Découvrant l'horrible vérité, Soldier tenta d'aider Seer tandis que Grace se mettait à l'abri. Mais il était déjà trop tard, et les deux survivants s'enfuirent pour sauver leur vie.

Marr Idi-Shael

Pendant ce temps, Marr et Jaden avaient à leur tour pénétré à bord de la station, sans savoir qu'ils avaient été secrètement suivis par Nyss et l'Itération. Après avoir descendu le tube, un combat s'engagea entre les Jedi et leurs poursuivants, au cours duquel Marr fut mis hors combat par l'Itération. De son côté, Jaden affronta l'Umbaran et dut faire face à ses pouvoirs de restriction de Force. Il parvint néanmoins à passer outre cet obstacle et à tuer l'Umbaran. Cependant, le duel l'avait épuisé et il fut ensuite attaqué par l'Itération, qu'il reconnut comme étant également son clone. L'Itération n'eut pas de mal à prendre le dessus et à tuer le Chevalier Jedi, en lui plantant un Mindspear dans la tête. Le dispositif d'origine Rakata était sensé "aspirer" la conscience et les souvenirs de Jaden pour qu'ils puissent ensuite être transférés dans un autre corps, en l’occurrence celui de l'Itération. Cependant, Marr perturba le processus en se relevant et en affrontant à nouveau le dernier de leur assaillant. Mettant en pratique l'ensemble de son court entrainement, le Céréen parvint à maitriser l'Itération, avant de découvrir que Jaden avait succombé. Il eut alors l'idée folle de tenter de sauver son Maître en utilisant l'Itération. Il planta le mindspear dans la tempe du clone et pria pour que l'opération de transfert se déroule correctement. Au bout de quelques minutes, l'Itération repris connaissance... mais avec l'esprit de Jaden. Marr n'eut pas le temps de véritablement sonder si la personnalité de l'Itération avait été totalement écrasée par celle de son Maître puisque Soldier et Grace débarquèrent à ce moment, poursuivis par le corps de Seer parasité par Mère. Les deux Jedi et le clone décidèrent de s'entraider pour sauver leur peau. Ils prirent la fuite devant Mère qui semblait bien trop puissante pour être affrontée. Alors qu'ils arrivaient à leur vaisseau, Soldier et Grace décidèrent de partir de leur côté en prenant le vaisseau de l'Umbaran. Mais ils comptaient avant tout surcharger les moteurs du transporteur amarré à la station pour la faire exploser dans leur fuite. Jaden et Marr prirent quand à eux la fuite à bord du Junker piloté par Khedryn. Quelques instants seulement après s'être éloignés de la station, cette dernière fut pulvérisée par l'explosion du transporteur, détruisant par la même occasion la mystérieuse et dangereuse entité qu'était Mère.

Jaden, Marr et Khedryn découvrirent peu de temps après que Soldier et Grace avaient réussi à s'échapper à temps. Les deux clones allaient tenter de trouver un objectif à leur vie et à repartir de zéro, tandis que les passagers du Junker, purent quant à eux savourer un repos bien mérité.