Succédant à Jamillia, Neeyutnee devint la souveraine de Naboo à l'époque de la Guerre des Clones. A l'instar de ses prédécesseurs, elle fut élue par le peuple. La « marque du souvenir » ornait également sa lèvre inférieure. Alors que les affrontements étaient de plus en plus violents entre les forces de la Grande Armée de la République et de la Confédération des Systèmes Indépendants, la monarque fut sollicitée par Boss Nass pour organiser une entrevue avec une éleveuse Gungan. Dans un premier temps, la jeune femme pensa que son interlocutrice avait probablement des problèmes avec des prédateurs dans les plaines verdoyantes, mais Peppi Bow expliqua à la Reine qu'elle avait remarqué que ses créatures ressentaient une présence ennemie sur leur territoire. Apparemment les mêmes inquiétudes ressenties dix ans plus tôt lors du blocus de la cupide Fédération du Commerce de Nute Gunray. Dubitatif et rationnel, le soldat Chrin de la Force Royale de Sécurité informa le Gouverneur Sio Bibble que les détecteurs n'avaient rien découvert. De plus, une seconde invasion ne pourrait absolument pas passer inaperçue. Toutefois, Gregar Typho décida de se rendre sur les lieux afin d'éclaircir ce mystère. Une fois sur place, il finit par découvrir trois STAP et un Droïde Tacticien T sur un Speeder Flitknot. Le neveu du Capitaine Panaka et ses hommes neutralisèrent les Droïdes de Combat et récupérèrent le corps du tacticien. Neeyutnee contacta alors en urgence Padmé Amidala, Jar Jar Binks et C-3PO pour la conseiller et l'aider à évaluer la situation.

Les politiciens arrivèrent quelques heures plus tard sur la planète à bord d'un Yacht Nubian de Type H Modifié et atterrirent dans le hangar principal qui jouxtait le palais. Affolée, la jeune souveraine pria la Sénatrice de contacter le plus rapidement possible le Sénat Galactique et le Conseil des Jedi pour les informer de cette nouvelle menace. Padmé comprenait bien évidemment les enjeux en question, mais la présence de quelques droïdes n'était absolument pas une preuve suffisante pour conclure à une invasion imminente. Ils furent interrompus lorsqu'un soldat contacta Typho pour l'informer que l'analyse du cerveau artificiel ramené précédemment allait commencer. Le petit groupe se rendit dans un atelier et un Droïde Chirurgien 2-1B modifié commença à réactiver les systèmes du captif en prenant soin de désactiver ses photorécepteurs. Désorienté, le tacticien revint subitement à lui et le Droïde de Protocole 3PO doré en profita pour lui faire comprendre qu'il était actuellement en sécurité sur un vaisseau Séparatiste. Il ajouta que le Comte Dooku tenait personnellement à le récompenser pour sa bravoure, mais il devait avant lui raconter ses exploits. Un subterfuge très habile qui fonctionna parfaitement. Neeyutnee et ses camarades finirent par apprendre qu'un laboratoire secret avait été installé sur Naboo pour produire un virus mortel. Soudain, les étagères de la pièce s'écroulèrent les unes après et les autres, et le tacticien fut littéralement écrasé sur sa table. Fidèle à lui-même, Binks avait provoqué ce malencontreux accident en tentant d'attraper une petite friandise volante, une Slug-beetle.

Avec les précieuses informations en sa possession, la Reine décida finalement de contacter les Maîtres Yoda et Mace Windu pour les avertir du danger qui pesait sur son monde. Anakin Skywalker, Obi-Wan Kenobi furent envoyés sur place avec des hommes du Capitaine Rex pour diriger les opérations. Ils finirent par localiser l'installation dans les marécages grâce à Amidala. Le docteur Nuvo Vindi, à l'initiative de ce projet, fut arrêté et la menace du Virus Blue Shadow éliminée. Il est important de noter que la monarque céda sa place quelques années plus tard à Apailana.