Grand par sa stature et par sa présence d'esprit, Jan Dodonna fut l'une des grandes figures emblématiques de l'Alliance Rebelle. Bien avant d'être ce qu'il fut, il était capitaine durant les derniers jours de la République Galactique, au moment de la Guerre Hyperspatiale de Stark et de la Crise de Rendili. Très bon ami d'Adar Tallon et du Maître Jedi Plo Koon, il s'était aussi lié d'amitié avec Jace Dallin, avec qui il avait fait la Guerre de Stark. Avec Terrinald Screed, il fut nommé à la tête de la Flotte Victory contre la Flotte Bulwark dirigée par Dua Ningo, un Sullustéen Séparatiste. Après la destruction des Croiseurs Bulwark à la Bataille d'Anaxes, il devint déjà un héros aux yeux du public de la République Galactique. De même, lors de la Crise de Rendili, cette dernière devait être réglée diplomatiquement, mais le traître Séparatiste nommé Yago prit en otage avec ses sbires Plo Koon, Jace Dallin et lui-même. Jan Dodonna, alors dans la fleur de l'âge, ne voulait pas que les croiseurs Rendili tombent aux mains des Séparatistes et déclara alors que les négociations étaient finies. Mais Maître Koon lui ordonna de ne pas faire feu car il y avait d'autres moyens de vaincre. Enfermés dans la prison du croiseur principal, ils furent effectivement sauvés par l'assaut de Saesee Tiin qui avait bien l'intention de traquer les Séparatistes. Pendant ce temps, Quinlan Vos et Obi-Wan Kenobi infiltrèrent le vaisseau et délivrèrent le Jedi, Jace Dallin et Jan Dodonna.

Le capitaine continua à servir la République - avec une participation notable à la Bataille de Cato Neimoidia - jusqu'à la Proclamation de l'Ordre Nouveau. Sous l'Empire Galactique du nouvel Empereur Palpatine, Dodonna continua sa carrière et participa à la Reconquête de la Bordure. Il démissionna de son poste avec son ami de toujours, Adar Tallon, après avoir vu son ami Jace Dallin mourir sous ses yeux et fut poursuivi par les Impériaux à cause de ses idéaux contraires aux mœurs de l'Empire. Afin d'échapper aux Impériaux, Jan rejoignit l'Alliance Rebelle, laquelle accueillit le grand tacticien à bras ouverts. Cependant, il se retira auparavant sur Brelor, lune de Commenor, avec Vrad Dodonna, son fils.

Le Capitaine Dodonna quelques mois avant l'instauration de l'Empire

Avec ses connaissances en gestion militaire, le Général Jan Dodonna commanda l'assaut de l'Etoile Noire I lors de la Bataille de Yavin et mena les troupes rebelles à la victoire malgré de lourdes pertes. Il avait en effet participé à l'analyse des plans secrets rapportés par R2-D2 après sa Fuite sur Tatooine et le sauvetage de la Princesse Leia Organa sur l'Etoile Noire et Evram Lajaie avait finalement trouvé une faille dans la défense de la station de combat. Peu de temps après, il s'inspira de la bataille, et notamment du fait que la vitesse était une des caractéristiques les plus importantes, pour participer à l'élaboration d'un nouveau type de chasseurs : le A-Wing.

Apprenant grâce à son réseau d'informations personnel que Darth Vader n'avait pas encore fait réapparition dans les rangs de l'Empire, Jan Dodonna ordonna à des chasseurs rebelles de rechercher le vaisseau de Vader dans tout le système de Yavin dans l'espoir de le capturer. Mais cette opération se solda par un cuisant échec puisque les appareils rebelles furent décimés par les tirs de plusieurs Destroyers. L'Empire était en effet en train de regrouper sa flotte autour de Yavin pour anéantir les rebelles amassés sur Yavin 4. La base rebelle fut alors évacuée. Toujours sous le commandement de Dodonna, les rebelles tentèrent de forcer le blocus impérial. Ils y parvinrent mais au prix de lourdes pertes au niveau des transports et notamment la disparition de Vrad Dodonna, le fils du général, dont le vaisseau fut anéanti par les batteries laser du Super Destroyer Stellaire Executor. La perte de son fils bouleversa Dodonna qui décida de rester sur Yavin pour couvrir le retrait des derniers transports. Une fois ces derniers ayant franchi le blocus, Jan Dodonna fit sauter la base rebelle grâce à des mines à concussion provoquant la destruction du Temple où elle était installée mais aussi la destruction d'une escadrille complète de Bombardiers TIE. Le Général Jan Dodonna fut officiellement porté disparu.

Mais quand les impériaux fouillèrent les ruines de l'installation, ils découvrirent le corps du général, blessé mais vivant. Il fut alors récupéré par les impériaux et jeté en prison comme prisonnier politique. Comme tous les prisonniers d'importance, Jan Dodonna fut placé sous la surveillance d'Ysanne Isard à l'intérieur du Super Destroyer Stellaire de classe Executor Lusankya, sur Coruscant. Il resta emprisonné durant sept années standards, aux côtés de son garde du corps Urlor Sette, durant lesquelles il fut coupé du monde qui avait vu la chute de l'Empire et l'émergence de la Nouvelle République. Pendant sa détention, il avait notamment aidé Corran Horn à s'échapper des griffes d'Isard. Son salut vint quelque temps après la défaite de l'Amiral Thrawn, quand il fut enfin libéré suite à l'existence apprise du Destroyer-Prison par la Nouvelle République. A la vue des épreuves qu'il avait traversées, il fut nommé membre du Haut Commandement de la Nouvelle République aux côtés de son ancien ami Adar Tallon. Le Général Dodonna fut une dernière fois sollicité lors de la crise de l'Empereur Ressuscité et aida à concevoir une stratégie militaire pour contrer ses plans machiavéliques. Laquelle stratégie se révéla être un succès. Le Général Jan Dodonna avait donc fini sa carrière de tacticien en apothéose et prit enfin une retraite bien méritée sur New Alderaan. Il décéda peu de temps avant l'Invasion Yuuzhan Vong.