La planète Dagobah est une planète malfaisante plongée dans l'énergie obscure. Un Jedi Noir aurait été terrassé sur cette planète il y a longtemps et il aurait donné son énergie à la planète répandant les ténèbres sur Dagobah. les créatures qui y vivent sont hargneuses et agressives, le climat est marécageux et la brume envahit tout. Les étangs d'eau croupie surplombés de lianes centenaires sont infestés de créatures à l'affût de la moindre nourriture ou proie qui pourrait croiser leur chemin.

Lorsque Palpatine proclama la naissance de l'Empire Galactique sur Coruscant, à la fin de la Guerre des Clones, les deux derniers Jedi Obi-Wan Kenobi et Yoda devaient partir en exil pour échapper à l'Ordre 66 et la Purge Jedi menée par Darth Vader, anciennement connu comme l'Elu Anakin Skywalker. Alors que Obi-Wan se rendait sur Tatooine pour rester aux côtés de Luke Skywalker, Yoda se retira sur Dagobah où l'aura obscure de la planète pourrait cacher sa puissance. Afin de ne pas attirer le regard sur lui, Yoda vint sur Dagobah à bord d'une capsule de sauvetage qui s'écrasa dans la boue des marécages. Il commença alors une vie d'ermite et s'installa durablement en construisant une petite cabane en forme de dôme.

Une vingtaine d'années plus tard, Luke Skywalker, conseillé par le Fantôme de Force d'Obi-Wan Kenobi, se rendit sur Dagobah à la recherche de Yoda, le dernier Grand Maître de l'Ordre Jedi. Lorsque le jeune homme voulut se poser, son X-Wing s'écrasa dans un étang infâme et il ne put sauver que quelques affaires avant qu'il ne finisse par s'enliser. Une fois sur la berge, il fit la rencontre d'une petite créature verte qui lui promit de l'emmener voir la personne qu'il était venu chercher. Cette créature était en fait Yoda qui était en train de tester le comportement et la patience de Luke. Lorsqu'il lui révéla qui il était et qu'il lui affirma qu'il n'était pas prêt, Obi-Wan intervint dans la Force pour convaincre Yoda de prendre Luke comme apprenti. Ce dernier accepta, finalement, de former Luke Skywalker, qui serait le dernier espoir des Jedi.

Luke suivit un entraînement intensif aux côtés de Yoda. Il s'initia sur Dagobah aux subtilités de la Force. Un jour, Yoda envoya Luke dans une caverne habitée par la Côté Obscur pour lui faire passer un test. Mais Luke échoua à ce test et vit apparaitre Darth Vader qu'il décapita d'un coup de Sabrelaser. Il vit alors sa propre tête tomber du corps sans vie. Cette illusion de la Force fit réfléchir Luke sur la nature de son entraînement. Mais alors que sa formation avançait à grands pas, Luke eut des visions de Han Solo et de Leia et il comprit qu'ils étaient en danger. Il décida de partir les aider malgré le fait que Yoda se montrait récalcitrant à cette idée. Après que le Maître Jedi eut aidé Luke à ressortir son vaisseau de la boue, Luke quitta Dagobah pour la Cité des Nuages de Bespin.

Il revint quelque temps plus tard pour finir sa formation comme il l'avait promis à Yoda. Mais au lieu de trouver le Maître Jedi plein de vie qu'il avait quitté, il trouva un vieillard affaibli. Il lui semblait impossible que Yoda puisse mourir et pourtant, après lui avoir révélé son devoir de tuer Vader et l'existence d'un "autre Skywalker", le grand Maître Jedi expira avant que son corps ne disparaisse. Luke, dernier des Jedi, rencontra l'esprit d'Obi-Wan juste avant de repartir qui lui avoua que Leia était sa soeur jumelle. Après quoi, Luke monta dans son X-Wing et disparut pour rejoindre les rangs de l'Alliance Rebelle, laissant derrière lui une planète rongée par le Côté Obscur et dénuée de vie "intelligente".

Cinq ans plus tard, Luke revint sur la planète pour retrouver la balise de rappel de Jorj Car'das, puis, quelques années plus tard, revint en compagnie de Callista afin qu'elle puisse rétablir sa connexion avec la Force. Anakin Solo, en compagnie de Tahiri Veila, le Maître Jedi Ikrit, et les deux apprentis nommés Uldir Lochett et Peckhum, vinrent sur la planète afin que le jeune homme puisse vérifier pourquoi il avait des visions de lui en Jedi Noir, comme son grand-père autrefois. Ses compagnons et lui pénétrèrent dans la Grotte du Mal, où son oncle avait autrefois combattu une vision de son père. Anakin affronta ses propres peurs et en sortit plus grand: jamais il ne deviendrait comme son grand-père.

Tahiri y retourna pendant l'invasion Yuuzhan Vong et y rencontra des Honteux, qui lui parlèrent de la prophétie des Jeedais. Durant la Swarm War, le Grand Maître de l'Ordre Jedi, Luke Skywalker, exila sur sa planète fétiche des Chevaliers Jedi ayant désobéi à ses ordres, afin de les faire réfléchir. Parmi eux, une fois encore Tahiri, pour son troisième séjour, Tesar Sebatyne et Lowbacca.