Le Grand Amiral Thrawn, nouveau Suprême Commandeur des Forces Armées Impériales, revenu des Régions Inconnues pour prendre le contrôle des éléments épars de la Marine Impériale - dont le Chimaera de Gilad Pellaeon, dont il fit son vaisseau-amiral, est bien décidé à détruire complètement la Nouvelle République, à faire émerger un nouvel Empire Galactique - sans les dérives de l'Empereur Palpatine - et à reprendre Coruscant. Il a reçu pour cela le soutien du Grand Moff Ardus Kaine du Pentastar Alignment, dont il ne parvint pas à obtenir le Super Star Destroyer de classe Executor, le Reaper, du "Prince-Amiral" Delak Krennel de l'Hégémonie Ciutric, et de la puissante famille D'Asta. En tout et pour tout, une douzaine de Star Destroyers...

Face à lui, la Nouvelle République, dirigée par la Présidente en exercice Mon Mothma, ne peut lui opposer que ses dissensions, aux premiers rangs desquelles celle entre l'Amiral Ackbar, Suprême Commandeur des Forces de Défense, et le Conseiller Borsk Fey'lya, représentant l'Espace Bothan.

Prémices au conflit

Mission sur Wayland

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Thrawn cherche à s'emparer des Cylindres Spaarti de clonage installés au sein du Mont Tantiss de la planète Wayland, et doit pour se faire convaincre Joruus C'baoth, le clone fou du défunt Maître Jedi Jorus C'baoth - tué au cours de la destruction du Projet Vol vers l'Infini -, de s'allier avec lui.

Mission sur Bimmisaari

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Leia Organa Solo, son mari Han Solo, Luke Skywalker, Chewbacca et C-3PO sont envoyés en mission diplomatique sur la planète Bimmisaari afin de convaincre les Bimm de s'allier à la Nouvelle République. Mais la mission ne se passe pas comme prévue : des commandos Noghris ont été envoyés par le Grand Amiral pour capturer Luke et sa jumelle pour les livrer à Joruus.

Assaut sur Bpfassh

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Pour détourner l'attention de la Nouvelle République en vue de l'attaque prévue en orbite de Sluis Van, Thrawn porte un coup sévère au monde industriel de Bpfassh.

Retour sur Dagobah

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Ne pouvant se rendre sur Bpfassh, Luke Skywalker décide de retourner sur Dagobah dans l'espoir d'y retrouver des artefacts laissés par Maître Yoda.

Première bataille de Nkllon

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Thrawn souhaite s'emparer des machines-taupes utilisées par Lando Calrissian pour ses mines sur Nkllon. Il ignore néanmoins que Luke, Han, Leia, Chewbacca, C-3PO et R2-D2 sont également sur la planète.

Otage sur Myrkr

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Luke, après avoir quitté Nkllon à destination de Jomark pour retrouver Joruus C'baoth, est capturé par Talon Karrde et Mara Jade, puis enfermé dans une pièce de sa base de Myrkr. Han Solo et Lando Calrissian s'y rendent également au même moment.

Retraite sur Kashyyyk

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Afin d'échapper aux commandos Noghris envoyés sur ses traces par Thrawn, Leia accepte de se cacher sur Kashyyyk, le monde natal des Wookiees, à la demande de Chewbacca.

Carte du déroulement des évènements de la Campagne de Thrawn

Contre-attaque impériale

Bataille de Sluis Van

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Savamment orchestrée, la bataille de Sluis Van doit permettre au Grand Amiral Thrawn et à ses forces de s'emparer d'une partie du potentiel militaire néo-républicain en stationnement près des chantiers navals planétaires.

Fuite vers Rishi

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Peu après les évènements survenus sur Myrkr, Talon Karrde, Mara Jade et la grande partie de l'organisation de l'Alliance des Contrebandiers se voient forcés de fuir la planète pour éviter les foudres du Grand Amiral Thrawn. Ce dernier dépêche le Général Freja Covell sur les lieux et ses redoutables AT-AT.

Complot contre Ackbar

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Pour discréditer le Suprême Commandeur des Forces de Défense de la Nouvelle République, l'Amiral Ackbar, et diviser les forces de la Nouvelle République en querelles intestines, Thrawn monte une machination contre le Mon Calamari et fait du Conseiller Bothan Borsk Fey'lya, à son détriment, son fer de lance.

Mission sur Honoghr

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Leia, désormais au courant de l'existence des Noghris, décide de se rendre sur la planète Honoghr en compagnie de Khabarakh, Chewbacca et C-3PO pour convaincre les aliens de s'allier à la Nouvelle République contre Thrawn.

Entraînement sur Jomark

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Après les évènements survenus sur New Cov, Luke Skywalker parvient finalement à rallier Jomark, le lieu où Joruus C'baoth lui tend un piège. Ce dernier lui fait croire qu'il souhaite lui enseigner ses savoirs, en réalité des avatars du Côté Obscur.

Bataille de la Flotte Katana

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Avec l'aide de Niles Ferrier, envoyé sur Pantolomin pour retrouver l'homme qui a déjà vendu des vaisseaux de la Flotte Katana, Thrawn espère mettre la main sur ces deux cents vaisseaux. Au même moment, Talon Karrde donne les coordonnées à la Nouvelle République.

Siège d'Ukio

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Thrawn, pour ne pas mettre à mal son approvisionnement, planifie le siège d'Ukio, considérée comme l'une des planètes les plus importantes sur le plan de la production de biens consommables (le peuple Ukien étant très réputé pour son agriculture). Pour cela, il envoie des éléments de sa flotte faire diversion sur Ando, Crondre, Filve et Ord Pardron, dans le secteur voisin.

La fin d'un stratège

Mission sur Berchest

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Luke Skywalker enquête sur Berchest sur la filière d'approvisionnement en soldats clones du Grand Amiral. Une investigation qui le mènera jusque sur la planète Poderis.

Bataille de Qat Chrystac

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Bien qu'acculée, la Nouvelle République tente de résister sur tous les fronts. Garm Bel Iblis, aidé de Wedge Antilles et de son précieux Escadron Rogue, doit affronter des forces impériales supérieures en nombre ; d'autant qu'il n'a pas l'avantage stratégique.

Seconde bataille de Nkllon

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L'Empire Galactique se retrouvant à court de minerais rares pour développer son potentiel militaire, et notamment faire fonctionner les chantiers navals de Bilbringi, le Grand Amiral ordonne un raid sur Nkllon et contre la Cité Nomade, administrée par Lando Calrissian.

Sommet de Trogan

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Sommet organisé par Talon Karrde et visant à rassembler les chefs des principales organisations de contrebandiers de la galaxie, il devait mettre sur pied une organisation destinée à promouvoir leurs intérêts et déterminer à quel(s) camp(s) ils devaient se rallier.

Raid contre les chantiers de Bilbringi

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Mazzic et le Duros Ellor, aidé de Karrde, souhaitent venger la mort du Gotal Lishma, mort sur Trogan, par la faute des troupes du Grand Amiral. Pour ce faire, ils organisent un raid au cœur de la machine de guerre impériale : les chantiers navals de Bilbringi.

Siège de Coruscant

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Coruscant est et reste la planète-capitale pour l'Empire comme la Nouvelle République. A ce titre, elle est un objectif majeur de la campagne de Thrawn, qui espère s'en emparer en utilisant tous les stratagèmes possibles. C'est également l'occasion au cours de laquelle le Chiss tenta un dernier enlèvement de Leia et de ses enfants nouveaux-nés.

Rencontre sur Hijarna

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La rencontre organisée sur Hijarna devait permettre à Talon Karrde de présenter sa proposition quant à l'émergence d'une structure englobant les grandes organisations de contrebandiers. Au lieu de cela, il se retrouve accusé de trahison par Mazzic... et Niles Ferrier.

Mission sur Wayland

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Luke, Mara, accompagnés de Han, Lando et Chewbacca se rendent sur Wayland pour détruire le lieu de stockage des cylindres de clonage utilisés par le Chiss pour cloner ses meilleurs éléments. Toutefois, c'est sans compter sur la présence de Joruus C'baoth dans le Mont Tantiss.

Bataille de Bilbringi

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Pour se débarrasser une bonne fois pour toute des astéroïdes en orbite de Coruscant, la Nouvelle République doit récupérer des Pièges à Cristaux Gravifiques. Mais ceux-ci n'existent que dans une seule base, et au cœur du nouvel Empire : Bilbringi. Or, le Grand Amiral Thrawn sait que ses ennemis s'y rendront et les attend de pied ferme.

Epilogue

Thrawn mort, bientôt d'autres ennemis - nouveaux et anciens - allaient survenir. Peu après leur retour sur Coruscant, les Rogues et la Flotte de Défense de la Nouvelle République célébrèrent cette victoire à la Pyrrhus. Au cours de cette fête, un homme se présenta, Urlor Sette ; un homme que seul Corran Horn pouvait avoir connu à bord du Lusankya lorsqu'il était prisonnier. Mourant dans ses bras, cette mort lui signifia une seule chose : Ysanne Isard était de retour.