La Guerre des Clones avait dépassé le stade de la guerre des communications et de la guerre de propagande. Depuis la Bataille d'Ohma-D'un et le rôle des généticiens de l'Enclave Lurrienne, la République Galactique avait réussi à mettre au point des antidotes pour combattre les effets dévastateurs des cocktails mortels mis au point par Jenna Zan Arbor, scientifique travaillant pour la Confédération des Systèmes Indépendants. Mais après la Mission sur Queyta, un commandant Séparatiste était parvenu à rassembler une équipe de scientifiques pour mettre au point un virus qui serait incurable, à bord du vaisseau de contrôle de la Fédération du Commerce nommé Gahenna. Le virus, le TriHexalophine 1138, fut développé dans le vaisseau et déversé sur Naboo. Cependant, un Croiseur Acclamator intercepta le vaisseau Séparatiste au dessus d'Honoghr et la bataille eut lieu en orbite de la planète. Le Pack d'Information Scientifique contenant les détails du virus devint l'enjeu de la bataille. Malheureusement, le Gahenna fut abattu et alla s'écraser sur la surface d'Honoghr. Le TriGexalophine se répandit sur le sol, dans l'eau et les nappes phréatiques. Le PIS fut volé par les Noghris, l'espèce locale, qui l'installa dans un ancien temple Rakata au centre d'un espace neutre réunissant les clans.

Le Jedi Rii'ke En fut envoyé avec un clone afin de récupérer le Pack et rassembler des informations sur le crash. Malheureusement, les Noghris lui tombèrent dessus et le vaillant guerrier Jedi eut à peine le temps d'activer son Sabrelaser que les guerriers ennemis s'étaient rués sur lui et l'avaient tué. La Maître Jedi et Général de la Grande Armée de la République, Aayla Secura, accompagné du Commandant Bly et d'une escouade de clones débarquèrent sur la planète afin d'enquêter sur le devenir du Jedi et du PIS. Mais les Noghris les surprirent et les attaquèrent. Tous les clones furent tués, sauf Bly. En compagnie d'Aayla Secura, ils partirent se réfugier dans le Temple.

Ce fut à ce moment là qu'entra en scène Quinlan Vos. Il sauva son ancienne Padawan de deux guerriers ennemis et la Jedi se retrouva face à son ancien maître qui avait sombré dans le Côté Obscur et rejoint le Comte Dooku. Néanmoins, son comportement était suspect : il l'avait aidé et continuait à intervenir comme un ancien Jedi. Il lui raconta qu'il avait fait semblant de succomber au Côté Obscur, conformément plan du Conseil. Mais Bly, plus méfiant que la Twi'lek, accusa Vos d'être un traître à la République, alors que Aayla lui demandait de baisser son arme. Ils décidèrent de travailler ensemble, malgré leur animosité. L'objectif était d'infiltrer le Temple Rakata et de reprendre le PIS. Les Noghris furent rapidement maitrisés, ainsi que les droïdes de sécurité. Vos parvint à ouvrir la grande porte qui menait au naos et son ancienne apprentie utilisa la Force pour attirer à elle le Pack. Ce fut au moment où la porte se referma que les pièges se déclenchèrent. Les Jedi réussirent à les éviter de justesse. Ils sortirent du Temple et rallièrent le vaisseau de Vos.

C'est alors que ce dernier alluma son Sabrelaser et ordonna à Aayla Secura de lui donner le Pack sous peine de mourir. La Jedi fut attristée de découvrir le mensonge de son ancien maitre et ils se préparèrent à se battre. Bly, qui allait tirer sur Vos, fut éjecté par ce dernier avec la Force et le duel commença. Vos assomma la Twi'lek en lui projetant des pierres du Temple puis l'envoya dans l'eau désarmée. Au moment où il allait la décapiter, la Jedi lui fit la leçon sur le Côté Obscur, mais Vos était prêt à la tuer... si Bly ne lui avait pas tiré sur le bras gauche. Au moment de son deuxième tir, la Maître Jedi le dévia et Vos en profita pour s'enfuir dans son vaisseau. Le Commandant clone et Aayla Secura finirent par retourner sur leur Croiseur avec le PIS et informèrent Maître Yoda de la situation quant à la chute de Quinlan Vos.

Mais pendant ce temps, Honoghr continuait à être polluée par le virus Séparatiste et celui apporterait de l'aide aux Noghris pourrait exiger ce qu'il voulait d'eux...