Lors du blocus de Naboo, l'armée de la Fédération n'eut aucun mal à prendre le contrôle de la surface de la planète et il en fut de même pour l'espace, ses légions de Chasseurs Vautours écrasant tout vaisseau ennemi. Cependant, aucun équipement militaire n'était prévu pour se déployer sous l'eau et les droïdes aussi nombreux qu'ils furent eurent beaucoup de peine à déloger les Gungan qui jouèrent un rôle crucial dans la reconquête de la planète et la défaite de la Fédération. Le vice-roi Nute Gunray décida de combler leur lacune en matériel de défense en faisant un appel d'offres à différentes entreprises : ce fut Hoar Chall qui décrocha le contrat avec son sous-marin Manta qui, malgré quelques défauts de conception, venait à bout de n'importe quel ennemi lorsqu'il était déployé en masse.

Ironiquement, l'appareil ressemblait beaucoup au bongo qui avait permis aux Jedi, d'une certaine manière, de faire échouer le Blocus de Naboo. En effet, il était doté d'une unité de propulsion en forme de long cylindre à l'arrière et de grands ailerons formant un arc de 180 degrés à l'avant. La propulsion était constituée d'un système d'hyper cavitation couplé à un répulseur ce qui lui conférait une bonne vitesse et une grande manoeuvrabilité, renforcées par sa petite taille de trois mètres neuf de long et seulement deux de large. Le cerveau-droïde du vaisseau se situait à la jointure entre la propulsion et le poste de pilotage. Il était le principal défaut de l'engin car peu développé et possédant une intelligence très limitée, ce qui lui nuisait dans les situations de combat. L'armement du Manta existait en trois versions : les canons laser, les torpilles énergétiques ou encore les deux en même temps. Les munitions étaient stockées derrière les canons à l'avant de l'appareil. Hoar Chall profita de ses recherches pour créer des droïdes de combat pouvant se déplacer et se battre sous l'eau, en étant équipés d'une variante de speeder MVR-3, et offrit cette technologie gratuitement aux Séparatistes.

Les sous-marins de classe Manta firent parler d'eux notamment lors de la Première Bataille de Mon Calamari. La Ligue d'Isolation Quarren disposait d'un bon nombre de ces véhicules et décida avec d'attaquer les Mon Calamari. La flotte de la République venait d'arriver, menée par le Maître Jedi Kit Fisto, du fait de sa capacité aquatique. Il engagea ses seatroopers aux côtés des Chevaliers Mon Calamari et remporta la victoire même si les Manta infligèrent d'assez lourdes pertes aux républicains. Cependant, les sous-marins de classe Manta ne jouèrent qu'un rôle assez épisodique et très peu déterminant durant la Guerre des Clones car leur spécialisation extrême dans le milieu aquatique leur interdisait d'être déployé dans tout autre environnement.