1ère Bataille de Rhen Var

La première cible des Séparatistes fut pour le moins inattendue : la planète enneigée de Rhen Var. Bien qu'appartenant à la République depuis des siècles, la planète ne comprenait que quelques colonies. Lorsque la République découvrit que les Séparatistes allaient attaquer Rhen Var, il était déjà trop tard pour rassembler une force militaire importante. Pendant qu'Obi-Wan Kenobi et Anakin Skywalker voyageaient dans le système de Rhen Var, Obi-Wan détecta, entre deux sauts hyperspatiaux, quelque chose sur ses senseurs. Ils détournèrent leurs chasseurs Jedi et tombèrent nez-à-nez avec une armée de la Fédération du Commerce. Les deux Jedi décidèrent d'aller sur Rhen Var afin d'évacuer la planète.

Quand ils arrivèrent sur la planète, Anakin Skywalker et quelques soldats clones prirent des canonnières de la République pour protéger la base Républicaine, le temps que les vaisseaux d'évacuation arrivassent. Ce ne fut pas facile avec tous les chasseurs droïdes et toutes les forces Séparatistes déployées au sol, mais grâce à Anakin, une grande partie de l'évacuation fut un succès. Cependant, Rhen Var fut prise par les Séparatistes. Les Jedi se demandaient ce que pouvaient bien vouloir les Séparatistes pour attaquer une telle planète !

Bataille de Raxus Prime

Des activités Séparatistes avaient été signalées sur Raxus Prime. Obi-Wan et Anakin durent investir la planète en attendant l'arrivée des troupes. Les deux Jedi parcoururent la planète à la recherche des Séparatistes sur leurs speeders bikes de la République. Ils furent repérés par une patrouille de STAPS. Ils durent alors engager la poursuite afin de les détruire, avant d'être signalés. Ils s'interrogèrent quant à la présence des Séparatistes sur cette planète éloignée et polluée. Obi-Wan et Anakin montèrent à bord d'un char d'assaut de la République, alors que les renforts arrivèrent. Ils détruisirent trois convois ennemis. Les troupes républicaines étaient composées de RT-TT et de TP-TT. Les troupes furent escortées par Obi-Wan et Anakin jusqu'au chantier Séparatiste. Elles détruisirent ce dernier.

Après la destruction du chantier, Anakin Skywalker aperçut Dooku s'échapper vers son vaisseau. Il le poursuivit jusqu'au hangar. Là, il dut repousser les tirs de blasters de Cydon Prax, un mercenaire accompagnant Dooku. Par la suite, il engagea le combat contre Dooku. Malheureusement, Anakin ne put affronter les deux adversaires à la fois et se prit un tir qui le paralysa. Il fut jeté en prison où il rencontra Bera Kazan, une jeune femme mercenaire. Elle lui avoua qu'elle avait aidé Cydon Prax à trouver le Catalyseur de Force. Avant que les forces Républicaines ne soient arrivées, Dooku avait trouvé le Catalyseur de Force. Obi-Wan, resté dehors, eut un mauvais pressentiment. En effet, un énorme droïde de combat, appelé Protodeka, l'attaqua. Pendant qu'Obi-Wan Kenobi le combattait, Dooku en profitait pour quitter la planète.

1ère Bataille d'Alaris Prime

Anakin et Bera Kazan attendaient dans une prison située dans le système Kashyyyk. Ils furent emmenés tous les deux sur l'une des lunes de Kashyyyk, Alaris Prime, où ils devaient faire partie du test du Catalyseur de Force. Une fois le Comte Dooku parti, Anakin et Bera s'échappèrent de leur prison. Anakin récupéra son sabre sur un droïde et libéra les prisonniers Wookies. Ils purent s'enfuir sur des STATPS dans les bois. Au bout d'un moment, les effets du Catalyseur de Force se dissipèrent. Anakin et Bera arrivèrent à un camp Wookiee.

Utilisant un Char d'Assaut Blindé volé, Anakin Skywalker s'introduisit dans une base Séparatiste et contacta la République. A l'aide d'un double canon installé sur l'une des montures Wookies, Anakin et Bera tinrent le siège du camp Wookiee jusqu'à l'arrivée de la République. Obi-Wan rejoignit Anakin et ensemble, ils mirent en déroute le reste des ennemis. Le Catalyseur fut recherché mais en vain: Dooku avait pris le large avec l'arme. Alaris Prime fut libérée. Les tests du catalyseur furent un succès pour Dooku qui continua de tester sa machine sur Mon Calamari, Agamar et Bakura.

2nde Bataille de Rhen Var

Mace Windu informa Obi-Wan Kenobi que le Catalyseur de Force était en fait la source d'énergie d'une arme mortelle appelée la Faucheuse Noire. Durant la guerre des Sith, un Jedi Déchu nommé Ulic Quel-Droma avait appris aux Jedi à résister aux effets dévastateurs de la Faucheuse Noire. Les Jedi purent ainsi vaincre cette arme. Les Jedi devaient reprendre Rhen Var, planète où se trouvait la tombe d'Ulic Qel-Droma. Anakin Skywalker et Obi-Wan Kenobi se virent confier cette tâche. Les deux Jedi se rendirent sur Rhen Var avec un bataillon de l'Armée de la République et reprirent la planète tombée aux mains des Séparatistes. Le plus dur était fait. Une fois à l'intérieur du Temple, Anakin, à bord de son Tank de combat TX-130, dut affronter de puissants fantômes gardiens qui protégeaient la tombe de l'ancien Maître. Il défit les esprits et parvint jusqu'à la tombe. Là, Ulic lui enseigna l'art de maîtriser la Force qui l'entourait, annulant temporairement les effets de la Faucheuse Noire. Cependant, Ulic lui expliqua que cette méthode n'était pas sans danger, et qu'elle pourrait le faire sombrer dans le Côté Obscur...

Bataille de Thule

Les Jedi découvrirent que le Catalyseur de Force, ainsi que la Faucheuse Noire, étaient tous deux sur Thule, planète où se trouvait une ancienne cité Sith. Avant d'attaquer la cité, les Jedi durent d'abord aller sur la lune de Thule afin de détruire le bouclier d'énergie protégeant la planète. Avec l'aide d'Anakin Skywalker, le bouclier fut détruit. Pénétrer dans l'ancienne cité ne fut pas chose facile: tout d'abord, les communications furent coupées entre les forces Séparatistes et la cité. Par la suite, un lourd combat s'engagea entre la République et les Séparatistes. Grâce aux efforts combinés d'Obi-Wan Kenobi et de Mace Windu, les forces de la République se frayèrent un chemin jusqu'à la cité.

La fin de la Bataille fut confiée à Anakin Skywalker. Il arpenta les rues de l'ancienne cité dans son tank de combat TX-130, accompagné par deux autres tanks, à la recherche de la Faucheuse Noire. Cydon Prax se mit sur son chemin avec son véhicule blindé. Anakin dut affronter le mercenaire, et le tua. Anakin fit face à la Faucheuse Noire. Avec l'aide de l'esprit d'Ulic Qel-Droma, Anakin vainquit la Faucheuse Noire. Il la détruisit pièce par pièce, en finissant par le Catalyseur de Force. La cité de Thule fut prise par la République, et la Faucheuse fut définitivement détruite.