Commencée deux avant la Bataille de Geonosis qui marquait le début de la Guerre des Clones, la Guerre Civile Virigillienne opposa deux clans bien distincts mais aussi deux catégories de la société de Virgillia. D'un côté, il y avait l'Alignement Libre Virgillien, un gouvernement prônant des réformes presque révolutionnaires et composé exclusivement de jeunes gens pauvres ou des classes modestes, soutenu par la République Galactique; de l'autre côté, l'Aristocratie, le gouvernement légitime, était composé exclusivement de vieillards des classes favorisées (notamment des patrons des grandes entreprises de la planète), qui composaient une sorte de conseil pour la planète, soutenue par la Confédération des Systèmes Indépendants.

Les nobles étaient loin de favoriser les pauvres et même les accablaient d'impôts. D'où la révolte qui eut lieu et au cours de laquelle les jeunes prirent le pouvoir par la force. La Guerre Civile Virigillienne se calquait sur ce principe: une fois qu'un groupe arrivait au pouvoir, il en profitait pour effectuer une purge des cadres dirigeants et installer la répression. Un climat de terreur s'était donc installé pendant près de deux ans, jusqu'à ce que le Chancelier Suprême Palpatine daigne comprendre qu'il fallait envoyer une équipe de diplomates Jedi. Virigillia 7 possédait de vastes ressources, qui ne pouvaient, ni ne devaient, tomber entre les mains des Séparatistes.

Malheureusement, l'équipe de diplomates Jedi, composée du Maître Ludwin Katarkus et de sa Padawan Danyawarra et de la Maître Everen Ettene et de son Padawan Halagad Ventor, tombèrent dans un piège en orbite de la planète. Leur transport diplomatique, que personne ne devait pourtant attaquer, fut mitraillé par des turbolasers et se consuma dans l'atmosphère de la planète. Les quatre Jedi furent portés disparus après qu'ils n'aient plus donné de nouvelles pendant trois semaines. On ignore encore comment, mais Ventor et Danyawarra réussirent à sortir vivants du crash du transport, peut-être retenus prisonniers par l'Aristocratie et sauvés par l'Alignement Libre Virgillien.

Pendant ce temps, on n'avait toujours pas oublié Virgillia. Palpatine ordonna au Haut Commandement République d'y envoyer un détachement de clones pour soutenir l'Alignement. Les Séparatistes y envoyèrent des droïdes de combat de la Fédération du Commerce afin de soutenir l'Aristocratie. Lorsque l'Empire Galactique fut déclaré, en 19 avant la Bataille de Yavin, le vent tourna pour l'Aristocratie, mais le Nouvel Ordre que prônait l'Empereur Palpatine avait séduit les nobles virgilliens.

Ils envoyèrent alors une ambassade diplomatique à Sa Majesté Impériale qui leur assura son soutien. L'Armée Impériale envoya donc un détachement de ses forces afin de réduire au silence les Rebelles Virgilliens de l'Alignement, qui avaient réussis à obtenir le soutien de l'Alliance Rebelle. La Guerre Civile continua jusqu'à la Bataille d'Endor. L'Alignement remporta une victoire décisive sur les troupes de l'Aristocratie. Dans un mouvement de démocratisation de la galaxie après la défaite de l'Empire Galactique et de l'Empereur Palpatine, l'Alignement déclara Virgillia 7 deviendrait membre de la Nouvelle République, et envoya en soutien nombre de soldats et de vaisseaux encore fonctionnels pour continuer la libération de la galaxie - notamment Tessa Manchisco, Monnda Tebbo et Rannd Delckis du Furry. Elle gagna sa place au Sénat lorsque Coruscant fut de nouveau libérée de la présence Impériale.