En orbite autour de Naboo, Anakin repensait à Padmé. Il ne supportait pas être loin d'elle et il voulait être la pour la protéger, chose qu'il ne le pouvait car il se battait dans la guerre des Clones. Obi-Wan le sortit de ses pensées et lui dît qu'il n'avait pas de souci à se faire pour Padmé, que la perturbation se limitait pour le moment à la lune de la planète. Anakin prétexta une méditation en vue de la mission prochaine. Obi-Wan lui dît d'un ton souriant « Après TOUTE cette méditation, tu devrais prêt à affronter n'importe quoi ». Son Padwan répondit qu'il était prêt pour cette mission et demanda quand l'opération serait déclenchée. Le Maitre lui répondit que ça ne devrait plus tard, un messager de Naboo venant d'arriver pour un briefing. Anakin grommela encore sur l'utilité de leur présence à un briefing supplémentaire alors qu'il devrait être en train de sa battre. En rentrant dans la salle de briefing, le jeune Jedi reconnu 3PO. Son concepteur lui demanda ce qu'il faisait là car il était censé rester avec Padmé. Le droïde lui répondit que c'est la reine Jamillia qu'il l'avait chargé des liaisons avec les Jedi et c'était pour lui un grand honneur, mais avant qu'il n'en dise d'avantage, Anakin lui mit la main sur la bouche. Hormis 3PO, étaient présent au briefing Maître Glaive et sa padawan Zule Xiss ainsi qu'un soldat ARC que tous avaient baptisé « le clone ». C3PO expliqua que, peu après la bataille de Naboo, des Gungans avaient colonisé la lune d'Ohma-D'un et que, depuis quelques mois, Boss Nass avait perdu le contact avec la colonie. La reine Jamillia craignait que les gungans n'aient été les victimes des mineurs d'épices. Le clone ARC, qui avait étudié les Gungans et leurs tactiques militaires, conclut que les mineurs d'épices ne seraient qu'une moindre menace pour les autochtones. selon Obi-Wan, ils devaient bénéficier d'un soutien, le conseil soupçonnant l'implication du comte Dooku et de la Confédération dans l'affaire. Le clones ARC en arriva aux mêmes conclusions, ajoutant que tout ceci pouvait être « le point de départ idéal » pour attaquer Naboo. Il suggéra une force de frappe restreinte, une simple Canonnière d'Assaut Républicaine pour une approche rapide et discrète.

Il fut décidé que ce serait Anakin Skywalker qui piloterait la canonnière. Ils se posèrent sur la lune, à environ dix kilomètres de la colonie Gungan. Obi-Wan Kenobi, ouvert à la Force Vivante, fut comme frappé, soutenant qu'elle perdait de son essence. Tout cela était dû à l'entraînement de son ancien maître, Qui-Gon Jinn. Le Clone trouva les Gungans. Ils étaient tous morts, frappés par une sorte de virus. Deux droides étaient en train de les analyser et plusieurs dômes Gungan étaient détruits à coté d'eux. Anakin, en colère, dévala la colline où il se trouvait pour attaquer les deux droides, suivi par les autres Jedi et les Clones. Glaive déduisit que cela ne pouvait être l'œuvre des mineurs d'épices. « C'est l'œuvre d'un fou » commenta Obi-Wan, « Et on ne devrait pas tarder à le rencontrer » ajouta soldat clone en montrant, dans le ciel, une silhouette utilisant un jet pack. Une sorte de monstre de métal arriva et tua deux des soldats clones. Il s'appelait Durge

Durge se posa derrière Obi-Wan, et lui envoya des bolas métalliques en pleine tête. Le Jedi s'écroula et tomba dans l'eau, avant de se faire écraser la tête par le pied de Durge. Il mentionna qu'il n'avait pas tué de Jedi depuis plus d'un siècle, « et voilà qu'aujourd'hui, je vais en abattre quatre ». Anakin voulu éloigner Durge de son maître, mais il se reçut les bolas métalliques qui s'enroulèrent autour de son coup, lui envoyant une décharge électrique. Glaive demanda à sa padawan de faire attention, mais Durge s'approcha et éclata sa main contre la tête de maitre alors que sa Padawan donnait un coup de Sabrelaser sur Durge, qui, sans broncher, l'envoya valser d'un coup de poing. Les Jedi mis « hors-course », il ne restait plus à Durge qu'à s'occuper des soldats clones.

Alors qu'il se posait la question de la position les Clones, le soldat ARC tira en plein dans l'œil de Durge, laissant à Glaive le temps de s'approcher et donner un puissant coup de poing, suivi d'un coup de pied. Pendant ce temps là, Obi-Wan reprenait ses esprits, aidé par le soldat ARC qui lui conseilla de porter, à l'avenir, un casque pour éviter ce genre de problème. Glaive se battait toujours avec Durge. Finalement, il se lassa de ce petit jeu et décolla dans les airs. Il demanda à ce qu'on lui envoie des droïdes et du gaz des marais. Le soldat ARC suggéra la retraite, Anakin fut du même avis et pensa qu'il serait bon de prévenir les Naboo, mais Obi-Wan refusa, déclarant à son Padawan qu'il ne devait pas laisser ses émotions commander son esprit. Il avait entendu Durge parler d'otages. Il demanda alors à Anakin de partir avec le soldat ARC à leur recherche. Pendant que Glaive combattait les droïdes, il ordonna à Zule de le couvrir avant de brûler vive. Il se retourna et vit que Durge tenait Zule Xiss. Le Tueur de Jedi lui expliqua que le gaz avait tué les Gungans en quelques secondes, mais que, apparemment pour les autres espèces, cela semblait plus long. Il ajouta « de toute façons, la Force ne peut plus vous sauver ». Glaive tenta de manipuler l'esprit de Durge mais en vain. Obi-Wan arriva derrière son adversaire et l'attaqua. Mais ce dernier l'avait senti et esquiva, avant de le balancer dans l'eau, lâchant Zule entre temps.

Il prit Obi-Wan et, d'un geste, l'envoya rejoindre Glaive. Les deux Jedi étaient presque à bout de force, encerclés de par et d'autre par des super droides, le gaz les affaiblissant de plus en plus. Kenobi proposa à Glaive de s'occuper de Durge, pensant que, sans leur chef, les droides commenceraient à faiblir. Durge éclata de rire en entendant cela. Glaive ressentit soudain un danger, mais bien trop tard. Une lame rouge lui arriva dessus et lui trancha la tête. Obi-Wan, surpris, vit son ami tomber dans le marais, mort. Il se retourna et vit Durge accompagné par une guerrière Sith armée 2 sabres rouges, Asajj Ventress. Pendant ce temps là, Anakin était parti avec le clone Alpha délivrer les mineurs d'épices, gardés par une troupe de super droides. Le Padawan repoussa les attaques droïdes et se servit de la Force pour détruire les deux derniers. Pendant qu'Alpha libérait les prisonniers, il apprit qu'une menace plus grande se profilait. La Confédération s'apprêtait à attaquer Naboo. Elle était en train de faire le plein de navettes de combat. Mais ce n'était pas tout. Le mineur d'épice leur expliqua que les Séparatistes les avait obligés à charger l'arme chimique dans leur propre transporteur, tuant ainsi la moitié de l'équipage. L'objectif consistait en crasher ces transporteurs sur Theed afin de détruire une grande partie de Naboo. Anakin et Alpha décidèrent de partir empêcher le décollage de ces navettes.

Pendant ce temps-la, un duel s'engagea entre Asajj Ventress et Obi-Wan Kenobi. Ce dernier, ayant de plus en plus de mal à rester concentré, se fit étrangler à l'aide la Force par Asajj. Durge, toujours présent, voulu couper la tête du Jedi pendant son immobilisation, mais Zule surgit et lui asséna un violent coup de sabre dans le dos, lui faisant rater sa cible. Durge se retourna et plaqua Zule contre le sol. Il approcha une sorte de longue griffe prés de son œil. Zule ne comprenait pas, elle lui avait pourtant tranché la moelle épinière. Durge lui expliqua qu'il n'avait pas de système nerveux central, donc pas de moelle épinière à trancher. Il s'approcha de plus en plus et commença à entailler le visage de Zule. Celle-ci ne se laissa pas faire. Elle prit les deux blaster de Durge et lui tira dessus. Elle se rapprocha ensuite d'Obi-Wan. A eux deux, ils pouvaient vaincre Asajj. Durge, quant à lui, partit superviser l'attaque de Naboo. La Sith fit appel à la Force pour ramener des Gungans à la vie sous formes de zombies.

Anakin et Alpha arrivèrent bientôt en vue du site. Le Jedi en profita pour parler un peu à Alpha, lui demandant s'il n'était pas dérangé d'être appelé « le Clone » par les autres. Anakin lui proposa de lui donner un nom mais le clone lui répondit qu'il avait déjà une désignation : A-17. La lettre A signifiait Alpha, un code utilisé pour les prototypes de clone appartenant à la série Alpha. Anakin décida donc de rebaptiser le clone Alpha. Ils s'arrêtèrent prés d'une sorte de falaise où l'on pouvait voir les transporteurs en contrebas. Zule et Obi-Wan luttaient désespérément contre Asajj et ses zombies Gungans. Asajj leur expliqua que, pour elle, le « coté Obscur » n'existait pas, et que les Jedi étaient juste aveugles. Le combat était de plus en plus acharné, et Obi-Wan dut admettre que l'aide d'Anakin aurait été bien utile.

Sur le site, Anakin s'occupait de faire diversion pour qu'Alpha puisse aller poser tranquillement les charges. Il se dégagea rapidement mais l'explosion le projeta vers l'avant. Quand il reprit ses esprits, Durge se trouvait devant lui. Il lui asséna un violent coup de poing, puis il s'approcha et le saisit avant de le balancer aussitôt, lui disant que le comte Dooku lui avait parlé de son géniteur, Jango Fett, et que, maintenant, il ne lui restait plus qu'à tuer un par un tous ses rejetons. Anakin arriva et lança à Durge ses propres bolas qui s'enroulèrent autour de lui, lui envoyant une décharge. Durge quitta alors le champ de bataille. Le Padawan voulut le poursuivre mais Alpha préféra plutôt qu'ils retournent voir Obi-Wan.

Obi-Wan luttait toujours contre Ventress, mais il n'avait quasiment plus de force, à moitié essoufflé. Zule s'approcha d'Asajj mais celle-ci se retourna et lui sectionna le bras gauche. Asajj ressentait de l'émotivité et de la peur mais aussi de l'espoir. Elle en fut étonnée, et esquiva plusieurs tirs, Anakin et Alpha arrivèrent à la rescousse. Face à tout ce monde, Asajj préféra fuir, elle sauta dans les airs, récupérée par Durge. Ce dernier considérait ceci comme un échec, mais Ventress lui expliqua que maintenant elle connaissait le visage de son ennemi, et mais aussi son coeur. Alpha prit le corps de Glaive avec lui et regagna le vaisseau. Anakin voulut aller sur Naboo mais Obi-Wan refusa et déclara qu'ils devaient retourner à Coruscant avertir les Jedi de cette nouvelle menace. Anakin ne pouvait pas croire que la Confédération était capable d'une telle chose mais Obi-Wan finit par ces dernières paroles « Crois-le, Anakin, c'est le nouveau visage de la guerre.... »