Depuis le début de la Guerre des Clones, la planète Atraken était en proie à une division interne entre Loyalistes et Séparatistes. La planète, à feu et à sang tout comme Jabiim, s'était morcelée en deux Etats : l'un avec pour capitale New Atraken City, l'autre Kattelyn City. Cependant, après la Bataille de Geonosis, les Séparatistes parvinrent à s'emparer de la planète et à y établir un gouvernement provisoire. Ils exploitèrent les réserves de doonium, un métal utilisé dans la construction des navires de guerre. Les Loyalistes, loin de s'avouer vaincus, appelèrent au secours la République Galactique et sa Grande Armée qui mit au point, un an plus tard, l'Opération Katabatic visant à délivrer une bonne fois pour toute la planète de la menace ennemie. La défaite de la Confédération, qui ne faisait aucun doute, fut contrebalancée par ce qui allait se révéler comme un véritable cauchemar.

Une arme bactériologique, semblable à celle qui allait être lâchée sur Honoghr plus tard, fut renversée dans les réserves d'eau potable des principales villes et dans les rivières d'Atraken, tuant 90% de sa population dans un effroyable génocide. Les droïdes ennemis, qui battirent en retraite, permirent aux soldats de clones de déposer la bannière de la République sur la capitale planétaire, mais Atraken était déjà morte. Les dissidents Jedi, qui virent le génocide d'Atraken, furent renforcés dans leurs convictions concernant la futilité de la Guerre des Clones, prouvant l'incapacité de la République à conduire une "guerre propre". Le Haut Commandement Républicain et les Jedi devinrent la cible des attaques du lobby Séparatiste connu sous le nom de Les Inquiétudes du Peuple, dirigé par Thrynka Padaunete qui demandait des comptes. Pour toute réponse, elle obtint le déplacement des 10% de survivants d'Atraken sur la lune de la planète, Trilos.