Maître Jedi durant la Guerre des Clones, Arligan Zey entraîna le jeune Bardan Jusik jusqu'à ce qu'il devienne un Chevalier Jedi. Lors de la Guerre, il fut nommé Directeur de la Brigade des Opérations Spéciales mais aussi, pour l'occasion, Général Senior de la Grande Armée de la République. Pour lui, ça ne faisait aucun doute que les clones pouvaient être fortement utiles pour des missions d'infiltration, d'espionnage, mais en aucun cas d'assassinat! Pour lui, le programme d'entraînement des clones exercé par les Kaminoens sur Kamino était l'arme ultime pour le développement psychologique de l'arme de guerre qu'était les clones. Maître Zey était à la tête des 5000 hommes de la Brigade des Opérations Spéciales mais jamais il n'avait pris part aux missions. Il étudiait pourtant avec efficacité les relevés d'informations d'espionnage et envoyait rarement ses hommes dans des missions suicidaires. La plupart du temps, ils revenaient tous sains et saufs, même lors de la mission sur Qiilura.

Cette mission devait mettre un terme à un virus créé par une scientifique Séparatiste nommée Ovolot Qail Uthan, qui avait pour but d'annihiler les clones en un temps record. Pour mettre un terme à la menace, il envoya l'escouade Omega, composée de Niner, Darman, Fi et Atin. Ces derniers retrouvèrent la jeune Etain Tur-Mukan qui avait survécu à la mission initiale sur Qilura, et Zey fut très surpris de la savoir encore en vie, sachant le peu de talent combatif que possédait la jeune femme. Lorsqu'il arriva sur Qilura, la jeune femme avait changé et était devenue la leader de l'escouade Omega, s'étant liée d'amitié avec le clone Darman. Il demanda à la jeune femme de rester avec lui pour surveiller Qilura et le déroulement des évènements post-mission, séparant ainsi Etain de Darman.