L'Académie Jedi de Shedu Maad fut fondée en urgence au cours de la Seconde Guerre Civile Galactique. Le Nouvel Ordre Jedi était alors en proie à la traque de Darth Caedus, qui avait déjà mené un raid sanglant contre l'Académie Jedi d'Ossus. Les Jedi s'étaient ensuite enfuis sur Endor, où ils avaient créé un avant-poste sommaire, mais il ne pouvait s'agir que d'une solution temporaire jusqu'à trouver un refuge plus sécurisé. Grâce à l'aide de la Reine Mère Tenel Ka, qui faisait partie de la Coalition Jedi au nom du Consortium de Hapes, le Nouvel Ordre trouva refuge sur Shedu Maad, une planète reculée située dans les Brumes Transitoires.

La sécurité résidant en grande partie dans la discrétion, l'académie fut installée en sous-sol, au sein d'anciennes galeries minières désaffectées. Rien ne laissait présumer depuis l'extérieur ni l'espace de la présence d'un centre de formation Jedi. Les Jedi gardèrent farouchement le secret de l'emplacement de l'Académie, mais Darth Caedus fut mené jusqu'à elle grâce aux traces de sang qu'il avait laissées sur sa sœur Jaina Solo lors d'un précédent duel. Ironiquement, c'est en orbite de Shedu Maad que se déroula l'affrontement final entre l'Alliance Galactique et la Coalition Jedi. Pendant que les Jedi étaient occupés à harceler sa flotte depuis leurs chasseurs, Caedus envoya son apprentie Tahiri Veila sur la planète pour faire sauter une charge qui détruirait l'Académie et tous les Jedi réfugiés à l'intérieur. Veila fut stoppée in extremis par Ben Skywalker, qui parvint à la convaincre de renier son engagement auprès de Caedus et de ne pas appuyer sur le détonateur. Malgré les affrontements qui eurent lieu dans le système de Shedu Maad, l'existence de l'Académie demeura un secret bien gardé, détenu uniquement par le Nouvel Ordre Jedi.

Lorsque Caedus fut défait à la fin de la guerre, les Jedi purent finalement réinvestir le Nouveau Temple Jedi de Coruscant, mais les dégâts provoqués à Ossus étaient trop importants pour que l'Académie puisse rouvrir immédiatement. Aussi, Shedu Maad demeura quelques temps un centre d'entraînement auxiliaire avant qu'elle ne soit peu à peu désertée.

Quelques années plus tard, la discrétion de Shedu Maad fut à nouveau utilisée pour mettre à l'abri les Jedi Natua Wan, Bazel Warv, Yaqeel Saav'etu et Seff Hellin, qui avaient succombé à la Psychose de Force. Le régime instauré sur Coruscant par la Chef d'Etat de l'Alliance Galactique Natasi Daala cherchait en effet à les condamner et à les emprisonner dans de la carbonite pour trouble à l'ordre public. Les quatre Jedi furent secrètement extradés et transférés à Shedu Maad par Han Solo et sa femme Leia Organa Solo pour les mettre hors de portée des autorités de l'Alliance.