Lorsque la Guerre des Clones éclata, Shon Kon Ray avait été nommé, depuis quelques années déjà, Chevalier Jedi. Avec la Guerre, il fut en plus nommé Général de la Grande Armée de la République. Il ne participa qu'à une seule mission, qui fut aussi la dernière pour lui.

Cinq mois après la Bataille de Geonosis, la République Galactique porta son attention sur Brentaal IV, où l'Alliance Séparatiste tenait les positions et donc la Route Commerciale Perlemiane. Shaak Ti, Agen Kolar et Shon Kon Ray furent dépêchés sur la planète tandis que Plo Koon coordonnait la totalité de la Flotte.

Cependant, les sécessionnistes possédaient de puissants turbolasers qui anéantirent une grande partie des LAAT/i. Shon Kon Ray s'adressa par Comlink à Shaak Ti et Agen Kolar pour leur signifier que les canons à ions de l'ennemi étaient toujours opérationnels et que les Services de Renseignements s'étaient lourdement trompés sur les effectifs ennemis en garnison sur Brentaal.

Après avoir raccroché, un des turbolasers ne fit qu'une bouchée de la canonnière dans laquelle il était, et Shon Kon Ray mourut.