Lorsque la Guerre Civile Galactique éclata entre les différents mouvements de résistances et l'Empire Galactique proclamé par l'ancien Chancelier Suprême Palpatine, la guerre n'était l’œuvre que de valeureux chefs éparpillés. Après la signature du Traité Corellien, les objectifs se firent plus clairs : un Chef d'Etat - Mon Mothma - allait dicter sa volonté aux militaires placés sous son contrôle direct. Ainsi, un Haut Commandement de l'Alliance fut mis en place, contrôlant les trois branches principales de l'armée : la Flotte Rebelle, les SpecForces Rebelles et les Forces Sectorielles de l'Alliance Rebelle.

La première était dirigée par le Suprême Commandeur de la Flotte, l'Amiral Ackbar, assisté de celui dédié à la Chasse. La seconde branche avait pour chef celui qui en était à l'origine, à savoir Crix Madine, qui disposait ainsi de jusqu'à sept régiments différents pour mener efficacement des actions de guérilla contre les positions impériales. Enfin, la dernière branche était contrôlée par le Commandement Sectoriel, héritage des années de luttes des différents chefs indépendants, mais dont les forces étaient utilisées pour des offensives trans-systèmes, voire trans-sectorielles.

Notons également la présence, dans ces organisations militaires, des célèbres Renseignements de l'Alliance dirigés par Airen Cracken, en charge du traitement des informations destinées à remporter des victoires militaires, ainsi que la Force de Sécurité de l'Alliance, issue de la précédente organisation, et dont la charge était de cataloguer les menaces pesant sur la Rébellion.