Le Noetikon des Secrets était l'un des trois Noetikon possédés par l'Ordre Jedi. Comme tous les dispositifs de ce type, il renfermait les connaissances de trois éminents membres de l'Ordre. Le Noetikon des Secrets était le plus mystérieux des trois, renfermant les connaissances les plus secrètes de l'Ordre. Ses gardiens n'étaient autres que la célèbre Bastila Shan, Chamma et Jesper Altex.

Lors du Sac de Coruscant par l'Empire Sith, le Temple Jedi fut pillé et vidé de son contenu. Les Noetikons furent récupérés par des bandes criminelles locales, notamment les Justicar qui avaient mis la main sur celui des Secrets. Quelque temps plus tard, un Jedi Consulaire connu sous le titre de Barsen'thor se rendit sur Coruscant pour trouver un remède à la maladie qui affaiblissait son Maître, Yuon Par. Le Jedi se mit en quête des Noetikons pour trouver des réponses à ses questions et il trouva finalement le Noetikon de la Science et le Noetikon de la Lumière. Mais les gardiens de ces dispositifs furent incapables de l'informer sur la terrible maladie. Ce n'est qu'en reprenant le Noetikon des Secrets des mains des Justicar qu'il put assembler les trois dispositifs et enfin découvrir que Maître Yuon était victime d'un ancien fléau Sith créé par Terrak Morrhage.