Nommé Amiral de la Grande Flotte de la République par Palpatine en personne, ce Mon Calamari possédait un génie tactique qui faisait pâlir d'envie la plupart de ses homologues. Chargé du camp d'entraînement de la planète Vandor Trois, Baraka exigeait le meilleur des soldats clones, comme son père et son grand-père avait tant exigé des troupes avant lui. Mais ses ancêtres n'avaient jamais été confrontés à des machines de guerre telles que les soldats clones. Face à ces machines, il se demandait s'il allait continuer à être utile, car même les soldats clones pouvaient être améliorés et donc surpasser ses compétences. Commandant le Nexu, il reçut l'ordre d'emmener les Généraux Kenobi et Fisto, ainsi que le groupe des clones ARC commandé par le clone A-98, connu sous le nom de Nate. Cette mission sur Ord Cestus, il en était sûr, ne lui apporterait aucune promotion : la planète était déjà dans le camp Républicain (du moins pour l'instant), et aucun bombardement orbital n'était à l'ordre du jour ! Bref, il devait uniquement se charger du convoi.

Lorsque les choses se gâtèrent sur Ord Cestus, il fut rappelé et se plaça en orbite. Kenobi et Fisto, ainsi que le groupe du Vent du Désert, qui avaient placé les balises pour le bombardement, avaient en fait été bernés par Asajj Ventress qui avait changé les localisations. Au moment où il allait faire feu, Baraka reçut une communication du clone A-98 qui lui demanda de faire feu sur sa position. L'amiral Mon Calamari se demanda si le clone était devenu fou, mais devant le sérieux de la requête, il n'objecta rien. Il ordonna de faire feu, et détruisit le bunker des Cinq Familles. Il fut décoré pour ses faits d'armes et, bien plus tard, obtint la permission de commander une flotte de destroyers Venator, à la fin de la Guerre des Clones.