Les Séparatistes veulent détruire la fabrique de clones située sur la planète Kamino. Si leur plan réussit, la République, dont l'armée est constituée de clones, sera menacée... Un commando de Jedi - parmi lesquels Obi-Wan Kenobi et Anakin Skywalker - est envoyé pour protéger le site. Ils découvriront que Jango Fett, bien que mort, a encore un rôle important dans ce conflit.