La Guerre des Clones s'apprête à éclater à cause du Comte Dooku et de son mouvement, la Confédération des Systèmes Indépendants, qui ont fait sécession avec la République Galactique. Le jeu est un TPS (Third Person Shooter) remarquablement fait, dont les premières missions commencent peu de temps avant l'entrée en scène des 200 Jedi dans l'arène de Geonosis...