Dénoncée par plusieurs haut dignitaires Impériaux - le Grand Moff Trachta en tête -, elle s'appuyait en fait sur la fameuse Règle des Deux, ligne de conduite édictée par Darth Bane pour les Seigneurs Noirs qui lui succèderaient. La Théocratie des Deux reprenait l'idée que Darth Vader et Darth Sidious avaient la mainmise totale sur l'Empire Galactique, et que par conséquent ce dernier était complètement sous le joug du Culte des Sith.

A première vue, le fait d'être régi par une institution religieuse dont l'officialisation était plus ou moins contestable n'était pas ce qui dérangeait vraiment le plus les membres ambitieux de l'Ordre Nouveau. Ils n'acceptaient cependant pas de s'en voir exclus de la sorte, sans la possibilité de toucher au sommet par son intermédiaire tout simplement parce qu'ils n'étaient pas sensibles à la Force. Un tel élitisme n'était pas sans rappeler le quasiment disparu Ordre Jedi aux plus anciens. Et les ressentiments envers ce dernier n'étaient pas simples chimères - pas dans ce milieu en tout cas. Aussi, en représailles, une coalition se forma un peu avant la Bataille de Yavin, et elle tenta de renverser Palpatine et son Apprenti Sith pour reprendre les rênes de l'Empire à leur place. Néanmoins, cette Trahison Impériale échoua, les conjurés furent tués, et la Théocratie des Deux subsista jusqu'à la Bataille d'Endor et la mort des Sith à bord de l'Etoile Noire II - l'Empereur, ressuscité, revint certes sur le devant de la scène six ans après, mais sans véritable disciple officiel à ses côtés.

Une extension de ce principe théocratique fut appliquée dans les coulisses au reste de l'Empire Galactique par le biais du fameux Ordre Secret.