La planète Naboo avait été relativement épargnée durant la Guerre des Clones. Lors de l'instauration de l'Empire Galactique, Naboo conserva son régime dirigé par la reine Apailana. Mais cette dernière comptait bien mettre des bâtons dans les roues de l'Empire. Ainsi, si cette dernière semblait en apparence accepter les actions de l'Empire, elle agissait en secret en protégeant quelques survivants Jedi qui avaient élu domicile sur Naboo pour échapper à la purge orchestrée par Darth Vader et ses sbires. Mais l'Empire n'était pas aveugle et l'information remonta rapidement aux oreilles du Seigneur Sith qui prit immédiatement les choses en main : les cachoteries de la reine Apailana avaient assez duré, il était temps pour elle de les payer de sa vie.

L'invasion nocturne de Theed

C'est ainsi que, par une belle nuit tranquille, la 501ème Légion débarqua en plein cœur de Theed, la capitale de Naboo avec pour unique objectif d'assassiner Apailana pour "restaurer l'ordre" sur ce monde d'habitude si paisible. L'ordre de mission concernait uniquement la souveraine, dont la mort devait paraitre accidentelle. L'objectif ne consistait pas uniquement en la suppression de la reine, mais également de faire comprendre aux Naboo que l'Empire punissait avec fermeté ceux qui le trahissaient. Agissant directement sous les ordres de Darth Vader, la 501ème, en effectifs limités, fut confrontée à une résistance farouche de la part de la garde de Naboo. L'attaque imminente du palais royal était impossible en raison des dispositifs de défense tels que des tourelles automatiques ou encore des chars. La 501ème décida alors d'encercler la place du palais en prenant les bâtiments et les positions stratégiques tout autour de leur objectif. Plusieurs chars leur opposèrent une résistance mais ces derniers furent vite éliminés grâce à l'intervention de l'infanterie lourde et d'un char impérial.

L'assassinat de la reine

Une fois les zones des environs dégagées, les Stormtroopers parvinrent à détruire les systèmes de défense sans trop de pertes. Réalisant que ses défenses fondaient comme neige au soleil, la reine Apailana décida de tenter une sortie avec les Jedi réfugiés dans le palais pour fuir la capitale. Mais lorsque le groupe de fugitifs arriva sur la place centrale, la 501ème les attendait de pied ferme. Les Chevaliers Jedi tentèrent de protéger la reine mais la zone dégagée que prodiguait la grande place de Naboo donnait l'avantage aux soldats clones. Ces derniers éliminèrent les Jedi à distance sans trop de difficultés avant de s'occuper de la reine, qui tomba sous les tirs de blasters.

Après ces sombres événements, la monarchie de Naboo décida de changer d'attitude envers l'Empire, mais toujours en apparence, puisque la reine Kylantha, qui succéda à Apailana, joua également un double jeu en supportant ouvertement l'Empire et secrètement le mouvement Rebelle.