Vingt neuf ans après la bataille de Yavin, l'hégémonie Yuuzhan Vong commençait à décliner et à être rongé de l'intérieur. Bien que les Yuuzhan Vong fussent toujours sur Yuuzhan'Tar, anciennement Coruscant, les choses n'allaient pas au mieux.

En effet, sur Yuuzhan'Tar, la révolte des humiliés commençait à faire de plus en plus de bruit. Ces derniers avaient même perturbé la plus grande cérémonie sacrificielle jamais organisée par Shimrra, devant voir le sacrifice de milliers de gradés de l'Alliance Galactique captifs. De plus, le dhuryam, cerveau-monde Yuuzhan Vong chargé de la terra formation de Coruscant, créait sans cesse des problèmes, en corrompant les créatures Vong ou en faisant circuler des odeurs et des maladies. Mais pour Shimrra, tout allait pour le mieux. Il venait de récompenser Nom Anor pour avoir saboté et détruit Zonama Sekot, la seule entité vivante qu'il pouvait être amené à craindre. Le Seigneur Suprême Shimrra décida donc d'en finir avec la résistance des hérétiques, et de lancer une attaque massive sur Mon Calamari, capitale provisoire de l'Alliance Galactique. Shimrra mobilisa toute ses forces, sans savoir qu'à quelques encablures du système de Coruscant, Zonama Sekot était bien vivante et prête à réapparaitre.

La préparation de la bataille dans les deux camps :

Bien que le mouvement militaire Vong devait être conservé secret, l'Alliance Galactique fut mise au courant des plans de l'envahisseur bien avant leur échéance : elle put ainsi prendre les devants. En effet, Han Solo avait ramené de Selvaris un message codé volé par un Ryn, stipulant que les Vong organisaient une grande cérémonie sacrificielle en prélude d'un assaut final sans pitié.

C'est pourquoi Mon Calamari devint un incroyable bastion ultra-défendu. Le système de Mon Calamari grouillait de vaisseaux. Jamais un tel rassemblement n'avait eu lieu. Toutes les flottes de la Galaxie étaient regroupées en une seule force : les vaisseaux de l'ex-Nouvelle République, la flotte des Vestiges de l'Empire ou encore celle du Consortium de Hapes. Sous le commandement de Sien Sovv, commandant de la flotte de l'Alliance Galactique, la flotte fut dispersée en différents points du système de Mon Calamari afin de surprendre l'ennemi par un flot incessant de vaisseaux et lui bloquer ses éventuelles retraites. De plus, des équipes de choc allaient être envoyées sur les planètes cachant un Yammosk susceptible d'aider les Vong lors de leur retraite, comme ce fut le cas de Caluula, infiltrée par Han Solo et Leia.

Enfin, l'Alliance Galactique misa sur un pari très osé : elle souhaita non seulement repousser l'offensive Yuuzhan Vong mais aussi surprendre l'ennemi en attaquant directement Yuuzhan'Tar. Pour ce faire, les forces de l'Alliance furent divisées en deux : un groupe devint affilié à la défense de la capitale, tandis que l'autre se tint prêt à foncer sur Coruscant.

L'affrontement épique entre les deux camps :

Dès l'arrivée de l'armada Yuuzhan Vong, le système de Mon Calamari devint un véritable champ de bataille. Les tacticiens de l'Alliance ne s'étaient pas trompés : ils avaient prédit que l'armada Yuuzhan Vong aurait la forme d'un Yammosk. C'était effectivement le cas. Vue du dessus, l'armada ressemblait en effet à un immense Yammosk avec des dizaines de tentacules, correspondant en réalité des milliers de vaisseaux.

L'Alliance décida de taper au coeur de l'Armada, là où se situaient les coordinateurs de guerre, afin de déstabiliser leurs adversaires. Ils voulaient pour cela surprendre les Vong en dégageant des lignes de tirs directement depuis les tentacules de vaisseaux Vong. Les chasseurs de l'Alliance furent lancés dans cette périlleuse mission, Jaina Solo en faisant partie. La technique porta ses fruits, mais les Vong surprirent tout le monde en mettant leur armada à tourner sur elle même. Les lignes de tirs dégagées furent immédiatement comblées par les mouvements de l'armada, les vaisseaux Vong ayant l'avantage de la surprise : dans les rangs de l'Alliance, les pertes furent énormes. Le chasseur de Jaina Solo fut gravement endommagé et cette dernière se retrouva à la merci des Vong.

L'armada Yuuzhan Vong dominait la bataille. Les forces de l'Alliance qui résistaient jusque là commençaient à perdre du terrain. L'avancée des Vong était telle que Mon Calamari devint elle-même menacée. Mais soudain, l'armada Vong se divisa et disparut en hyperespace. Dans les rangs de l'Alliance, ce fut la consternation. Les généraux de l'Alliance eurent soudain un immense doute : les Vong auraient-ils senti leur intention d'attaquer Coruscant ? Mais, avec le départ soudain de l'armada Vong, Mon Calamari était sauvée.

La remontée vers le noyau :

D'abord inexpliquée, la disparition des Yuuzhan Vong semblait trouver une explication dans la réapparition soudaine de Zonama Sekot dans le système de Coruscant. Les généraux de l'Alliance souhaitèrent profiter de cette situation. Ils décidèrent d'envoyer le reste de leur flotte sur Coruscant dans un affrontement final, et tenter coûte que coûte de reprendre l'ancienne capitale galactique. Sur le chemin de Coruscant, la flotte de l'Alliance fit tomber Corulag, qui allait servir de tremplin aux vaisseaux de l'Alliance pour entrer en masse dans le système de Coruscant. La bataille pour la Reprise de Coruscant était sur le point de commencer...