Lorsque l'Empereur Roan Fel s'allia avec le Nouvel Ordre Sith de Darth Krayt pour combattre l'Alliance Galactique, les Sith menaient une vendetta sans précédant envers les Jedi. Les sbires de Krayt, dont Darth Nihl, furent envoyés sur Ossus pour assassiner les Jedi survivants et piller l'Académie Jedi d'Ossus. Sur la planète capitale, ce fut le Nouveau Temple Jedi de Coruscant, symbole de la toute puissance du Nouvel Ordre Jedi, qui fut la cible des attaques Sith.

Les grandes pyramides de transparancier furent envahies par les Sith et les occupants du Temple furent massacrés à la gloire du Seigneur Noir. Après le pillage et l'usurpation du trône impérial par Darth Krayt, le Temple devint le centre névralgique des Sith et la forteresse de Krayt. Il fit à ce titre abattre les pyramides centenaires pour reconstruire un temple beaucoup plus austère et maléfique, bien plus à l'image des Sith.