Le Haut Conseil était l'organe directeur de l'Alliance Galactique. Sa forme était unique, puisqu'elle rassemblait six membres de l'exécutif gouvernemental, et six membres de l'Ordre Jedi. Ce Conseil avait été mis en place par Cal Omas afin d'obtenir le ralliement de Luke Skywalker pour la grande offensive qu'il préparait contre les Yuuzhan Vong. Ce Conseil permettait la prise de décisions quant à la conduite de la guerre. Il fallait distinguer plusieurs périodes pour le Conseil. Tout d'abord, celle lors de sa création en 27 : Cal Omas dirigeait le conseil et était accompagné de Releqy A'Kla, Ministre d'Etat, de Sien Sovv nommé Suprême Commandeur des Forces de l'Alliance Galactique, du Ministre de la Justice Tal'aam Rant, du Directeur des Renseignements Dif Scaur, de Triebakk, élu représentant du Sénat de l'Alliance. Enfin, les six membres de l'Ordre Jedi avec Luke Skywalker, Saba Sebatyne, Tresina Lobi, Kenth Hamner, Kyp Durron et Cilghal.

Peu après, le scandale d'Alpha Rouge éclata et Dif Scaur fut pointé du doigt. Il donna sa démission à la fin de la guerre contre les Yuuzhan Vong et fut remplacé par Belindi Kalenda. De même, le Directeur des Renseignements de la Flotte, Ayddar Nylykerka, entra au Conseil vers 29. Sien Sovv, quant à lui, renonça à son poste et Traest Kref"ey le remplaça. Après la fin de la guerre, et ce jusquà la Crise du Nid Obscur, le Haut Conseil s'installa sur Denon dans l'attente de construction de quartiers sur Coruscant. Kre'fey démissionna de son poste suite à l'Ar'kai lancé contre les Yuuzhan Vong. Une fois Coruscant terraformée à moitié, le Conseil fut muté sur la planète-capitale reprise à l'ennemi. Malheureusement, Sien Sovv fut tué dans une collision entre sa navette et un autre vaisseau, en pleine Crise du Nid Obscur. Gilad Pellaeon fut nommé pour lui succéder. Ce dernier démissionna lors de la Seconde Insurrection Corellienne et fut remplacé par Cha Niathal.