L'occupation par les troupes Impériales de la planète Msst permit d'identifier les pouvoirs de Brakiss alors qu'il était enfant. Il fut capturé et envoyé auprès de l'Empereur Palpatine. Brakiss sauva sa vie durant les épreuves de tests, mais au contraire de Shira Brie, il n'attira pas l'attention de l'Empereur. Les membre de l'Inquisitorius utilisèrent alors Brakiss comme leur jouet. Il était encore un adolescent lorsque l'Empire tomba à Endor. Ses maîtres le renvoyèrent sur Msst pour contrôler les Seigneurs de la Guerre du secteur. Puis, lorsque Luke Skywalker créa son Académie Jedi sur Yavin IV, les Inquisiteurs Impériaux y virent un moyen pour infiltrer la Nouvelle République. Ils donnèrent à Brakiss une fausse identité et il passa aisément les tests de Skywalker.

Brakiss repartit alors à zéro avec Maître Skywalker, et celui-ci espérait ramener le jeune garçon vers la Lumière. Mais après trois ans d'entraînement intensif, Brakiss décida de faire face à l'obscurité contenue en lui. Horrifié par la vérité, et aussi trop honteux pour revenir à l'Académie après cela, il retourna sur Msst. Il retrouva sa mère sur la planète, mais repartit aussitôt pour trouver sa propre voie. Mais Brakiss ne pouvait pas échapper au passé. Personne ne le pouvait. Dolph, un autre étudiant de Skywalker qui avait failli, rencontra Brakiss sur la lune de Telti. En échange d'une livraison énorme de droïdes, Brakiss devait installer des explosifs à l'intérieur de chacun d'eux. Dolph, désormais connu sous le nom de Kueller, souhaitait utiliser ces droïdes pour prendre sa revanche sur Skywalker et la Nouvelle République.

Treize ans après la Bataille d'Endor, les droïdes de Brakiss explosèrent dans la Chambre du Sénat de la Nouvelle République. Luke Skywalker retrouva Brakiss sur Telti, contre lequel il se battit. Brakiss, confronté à sa conscience, révéla le plan de Kueller à son ancien maître. Peu après, R2-D2 et C-3PO arrivèrent sur Telti et obligèrent Brakiss quitter la lune. Il mena alors une vie d'errance dans le Noyau Profond et rétablit ses contacts avec les anciens Seigneurs de la Guerre Impériaux. Mais ceux-là avaient péri sur ordre de l'Amiral Daala. Brakiss décida alors de rester neutre dans le conflit.

Brakiss et Kueller

La paix enfin signée entre l'Empire et la Nouvelle République, Brakiss se retrouvait démuni. Pas pour longtemps ! Les Seigneurs de Guerre qui étaient encore vivants se rallièrent à lui et lui demandèrent de créer ce qui s'appellera le Second Imperium. Ils rassemblèrent leurs ressources et créèrent l'Académie des Ombres, un centre d'entraînement pour les Jedi Noirs dont Brakiss devint le chef. Il opérait dans une base dotée d'un hyperpropulseur. Ainsi, pour recruter ses étudiants, il s'arrêta à proximité de la planète Dathomir et recruta massivement des Sœurs de la Nuit. L'une de ces sœurs, Tamith Kai, devint la commandante en second de l'Académie. Brakiss croyait fermement qu'il était le descendant de Palpatine à la tête de l'Empire, et non que c'était Pellaeon. En réalité, c'était une poignée de membres de la Garde Royale Impériale qui contrôlait Brakiss et le manipulaient en lui donnant des visions d'un Palpatine holographique. Quatre ans après le traité de paix entre l'Empire et la Nouvelle République, le Second Imperium commença sa campagne.

A cause de son manque de moyen, notamment ses forces navales très inférieures en nombre, Brakiss fut contraint d'utiliser des méthodes terroristes. Dans l'Académie des Ombres, Brakiss enseigna à ses étudiants les limites de la philosophie Jedi de la Lumière et les poussa à se concentrer pleinement vers une puissance supérieure : le Côté Obscur. Il pensait que son ordre de Jedi Noirs deviendrait la gloire de l'Empire. Brakiss captura Jaina et Jacen Solo mais les jumeaux s'échappèrent avant qu'il ait pu les convertir. Sur Coruscant, il découvrit le jeune Zekk, qu'il entraîna comme son protégé. Brakiss donna à Zekk un Sabrelaser et celui-ci développa ses dons lors d'un duel contre un autre de ses camarades.

Brakiss rassembla alors ses forces en orbite de Yavin IV. La défaite de son ancien Maître contribuerait à la propagande Impériale. Une bataille spatiale s'engagea dans l'espace et au-dessus de la jungle de Yavin. Lorsque la bataille tourna au désavantage du Second Imperium, Brakiss tua les faux Gardes Royaux et découvrit la vérité sur « L'Empereur » holographique. Enragé par ce qu'il venait de découvrir, il essaya de tuer un autre garde mais celui-ci lui s'échappa et engagea le mécanisme d'autodestruction de la station. Brakiss mourut alors que l'Académie des Ombres explosait en milliers de morceaux.