Au cours de la Seconde Guerre Civile Galactique, les tensions s'intensifièrent chaque jour de plus en plus entre les deux Co-Chefs d'Etat de l'Alliance Galactique, Cha Niathal et Jacen Solo désormais connu sous le nom de Darth Caedus. Au bout de quelque temps, Niathal finit par agir en secret dans le dos de son homologue pour contrecarrer des plans qu'elle jugeait bien trop agressifs. Sa manœuvre la plus lourde en conséquence fut sans doute de vendre la stratégie d'attaque de l'Alliance sur Fondor.

Ce fut justement au cours de la Seconde Bataille de Fondor que les deux Chefs d'Etat s'entredéchirèrent. Niathal accepta la reddition de Fondor alors que Caedus souhait exterminer la population pour l'exemple. Lorsque Niathal demanda au Seigneur Sith de cesser son attaque, ce dernier répondit qu'il ne reconnaissait plus son autorité et il appela les troupes qui lui étaient loyales à se retourner contre Niathal. La Mon Calamari fit de même et réussit à convaincre un tiers des forces de passer sous sa bannière. A l'issue de la bataille, où l'Alliance Galactique de Caedus fut mise en déroute par l'action conjointe de ses forces, de l'Amiral Daala et des Mandaloriens, Cha Niathal demanda à Fondor la possibilité d'établir le siège de son gouvernement provisoire sur place. Ainsi naquit le gouvernement de l'Alliance Galactique en Exil, qui rejoignit par la même occasion la Coalition Jedi, front uni contre Darth Caedus.

Dans les jours qui suivirent, l'Alliance en Exil prêta main forte à plusieurs batailles menées par la Coalition. Les plus notables furent les Batailles de Nickel One où les forces de la Coalition furent cependant vigoureusement repoussées par celles de l'Alliance Galactique menées par l'Amiral Nek Bwua'tu.

A l'issue de la guerre, avec la mort de Darth Caedus, Cha Niathal provoqua la dissolution de son gouvernement provisoire pour que l'ensemble de ses biens et de ses ressources retournent à l'Alliance Galactique originelle établie sur Coruscant, désormais dirigée par un nouveau Chef d'Etat, Natasi Daala.