La Guerre des Clones oppose la République Galactique du Chancelier Suprême Palpatine à la Confédération des Systèmes indépendants, emmenés par le Comte Dooku et le Général Grievous. De nouveaux personnages font également leur apparition aux côtés d'Anakin Skywalker, d'Obi-Wan Kenobi, de Mace Windu et de Yoda.